XIST (X inactive specific transcript)

symbol:
XIST
locus group:
non-coding RNA
location:
Xq13.2
gene_family:
Long non-coding RNAs (published)
alias symbol:
NCRNA00001|DXS1089|swd66|LINC00001
alias name:
long intergenic non-protein coding…
entrez id:
7503
ensembl gene id:
ENSG00000229807
ucsc gene id:
uc004ebm.3
refseq accession:
NR_001564
hgnc_id:
HGNC:12810
approved reserved:
1991-02-04
Xq13.2
基因染色体位置图

XIST(X-inactive specific transcript)是一个长链非编码RNA基因(lncRNA),位于X染色体失活中心(XIC)区域,主要在雌性哺乳动物中发挥关键作用,其核心功能是触发并维持X染色体失活(XCI),即通过表观遗传沉默(通过化学修饰如DNA甲基化或组蛋白修饰关闭基因表达)使两条X染色体中的一条随机失活,从而实现雌雄个体间X连锁基因的剂量补偿(使两性X染色体基因表达量平衡)。XIST RNA不编码蛋白质,而是作为RNA分子直接发挥作用,其转录产物会"包裹"在即将失活的X染色体上,招募染色质重塑复合物(如PRC2多梳抑制复合物)和DNA甲基化酶,导致该染色体形成异染色质(紧密压缩的沉默状态)。XIST基因突变或缺失会导致X染色体失活失败,引发胚胎致死或发育异常,如特纳综合征(女性缺少一条X染色体)患者中部分病例与XIST异常相关。XIST过表达可能引发异常染色体沉默,导致基因表达失衡;而低表达则可能导致X染色体失活不稳定,引发X连锁基因的过度表达(如Rett综合征等神经发育疾病)。该基因属于X失活中心基因家族,家族成员还包括TSIX(XIST的反义抑制子)和XITE(X失活中心转录增强子),它们共同调控XIST的时空表达模式。XIST的研究对理解表观遗传调控、性别相关疾病及开发染色体沉默疗法(如唐氏综合征的潜在治疗)具有重要意义。

X inactivation is an early developmental process in mammalian females that transcriptionally silences one of the pair of X chromosomes, thus providing dosage equivalence between males and females. The process is regulated by several factors, including a region of chromosome X called the X inactivation center (XIC). The XIC comprises several non-coding and protein-coding genes, and this gene was the first non-coding gene identified within the XIC. This gene is expressed exclusively from the XIC of the inactive X chromosome, and is essential for the initiation and spread of X-inactivation. The transcript is a spliced RNA. Alternatively spliced transcript variants have been identified, but their full length sequences have not been determined. Mutations in the XIST promoter cause familial skewed X inactivation. [provided by RefSeq, Apr 2012]

X染色体失活是在哺乳动物雌性早期发育过程,转录沉默的一对X染色体中的一个,从而提供男性和女性之间的剂量等价。这个过程是由几个因素,包括染色体的一个区域X称为X染色体失活中心(XIC)调节。的XIC包括若干非编码和编码蛋白的基因,并且该基因是XIC内确定的第一非编码基因。该基因是从失活的X染色体的XIC完全表达,并??且是X染色体失活的启动和传播至关重要。该成绩单是剪接的RNA。可变剪接转录物变体已经确定,但其全长序列尚未确定。在XIST启动子家族事业倾斜的突变X染色体失活。 [由RefSeq的,2012年4月提供]

XIST基因的碱基序列:[NCBI]
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XIST基因的碱基突变:           仅显示部分snp
rs12502       rs1057464       rs1620574       rs1794213       rs2779095       rs5982487       rs12009304       rs16992436       rs16992442       rs16992443       rs41303699       rs41303715       rs41305399       rs41305401       rs41306111       rs41307371       rs45610036      

XIST基因在不同组织中的表达:    [UniProt]

基因在不同组织中的表达图
正向引物序列
正向Tm值
反向引物序列
反向Tm值
评分
CTGGCTCTTTAGAATACTGATCC
59
CAAGAGGAGCCTAAGGAGAC
59
CTTCTTTGAGCTTAGTCCATCC
59
GGAATTAGTTGGTCATCATCCC
59
TGAGGATAGCTGAATGAATGTG
58
GAAACATGGAAATGGGTAAGAC
58
TGAAGGAAGTCAGCCTTCC
59
GGGTAAGACACATTCATTCAGC
60
TTCCTTCTTTGAGCTTAGACAC
58
GTTGGTCATCATCCCTCCT
59
TGAAGGAAGTCAGCCTTCC
59
GGGTAAGACACATTCATTCAGC
60
CTGGCTCTTTAGAATACTGATCC
59
CAAGAGGAGCCTAAGGAGAC
59
CCAGTCTCATTGGTACCAG
57
TGCCAGAAACTTGTAAATGC
57
CTGTCAAGATACTTTCCTGGT
58
GGAACAATGAAGAGCTTGAC
57
GTTTCTGGCATCACTACCA
58
CACTTAATTCCTTGTGTCTGCA
59
      尚未收录相关数据

XIST基因(以及对应的蛋白质)的细胞分布位置:

[UniProt]     [GenomeNet]

" d="M482.414,245.296c3.539,4.293,4.455,10.009,0.202,11 c-4.244,0.996-4.983-10.983-8.293-8.438c-5.271,4.08,9.834,12.271,5.144,17.287c-3.717,3.607-6.172-5.75-10.839-1.976 c-4.673,3.776,6.781,7.299,2.831,11.326c-4.354,4.045-6.979-1.449-9.837-5.517c-1.193-1.742-2.059-3.851-3.595-2.748 c-1.516,1.078-1.854,1.795-0.938,3.666c2.374,4.854,9.235,10.119,5.156,12.535c-5.636,3.346-5.044-8.871-9.426-7.574 c-4.388,1.291,2.557,10.66-1.245,11.141c-4.089,0.545-3.483-10.239-6.979-8.575c-2.522,1.206-0.929,3.071-0.938,4.899 c0.004,1.32-0.964,3.6-2.372,4.062c-3.593,1.171-8.544-1.065-10.251-3.59c-6.04-8.93,0.396-15.997,4.639-7.015 c3.023,4.642,5.182,0.834,2.839-2.219c-1.032-1.354-4.309-5.901-0.781-7.252c2.904-1.113,4.271,1.941,5.985,4.592 c2.61,4.016,5.485,0.117,3.031-3.414c-1.828-2.633-2.74-3.803,3.156-7.42c6.405-4.369,6.52,3.869,10.077,0.646 c2.309-1.832-4.783-5.149,0.06-8.995c2.896-2.293,5.18,6.207,7.961,3.516c3.523-2.737-7.717-7.369,0.117-11.736 C473.413,240.77,480.519,242.891,482.414,245.296z"/> Extracellular space Cytosol Plasma membrane Cytoskeleton Lysosome Endosome Peroxisome ER Golgi Apparatus Nucleus Mitochondrion 0 1 2 3 4 5 Confidence
  • 质膜
  • 细胞质
  • 细胞外
  • 高尔基体
  • 囊泡
  • 细胞骨架
  • 内质网
  • 细胞核
  • 内体
  • 溶酶体
  • 线粒体

XIST基因的本体(GO)信息:

可能调控 XIST基因的相关microRNA:     

BioGrid

基因与其他基因之间的相互作用关系图
序号 作用方式 资源库来源/分值 基因名称 基因名称
疾病名称 关系值 NofPmids NofSnps 来源
疾病名称 关系值 NofPmids NofSnps 来源
Influenza 0.12 1 0 CTD_human
X INACTIVATION, FAMILIAL SKEWED, 1 (disorder) 0.12 0 0 CLINVAR
Mental Retardation 0.001357209 5 0 BeFree
Fibroid Tumor 0.000542884 2 0 BeFree
Uterine Fibroids 0.000542884 2 0 BeFree
Kabuki make-up syndrome 0.000542884 2 0 BeFree
Seminoma 0.000542884 2 0 BeFree
Preleukemia 0.000542884 2 0 BeFree
Testicular Germ Cell Tumor 0.000271442 1 0 BeFree
Neoplasm Metastasis 0.000271442 1 0 BeFree

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