VENTXP1 (VENT homeobox pseudogene 1)

symbol:
VENTXP1
locus group:
pseudogene
location:
Xp21.3
gene_family:
NKL subclass homeoboxes and pseudogenes
alias symbol:
NA88A|CT18
alias name:
tumor antigen NA88A|cancer/testis …
entrez id:
139538
ensembl gene id:
ENSG00000259849
ucsc gene id:
uc004dbs.3
refseq accession:
NR_001559
hgnc_id:
HGNC:30900
approved reserved:
2005-09-27
Xp21.3
基因染色体位置图

VENTXP1(Ventral Anterior Homeobox 1 Pseudogene 1)是一个假基因,属于VENTX基因家族。假基因通常是由功能基因复制或逆转录转座产生的非功能性DNA序列,缺乏完整的编码能力或调控元件,因此不产生功能性蛋白。VENTX基因家族主要与胚胎发育和细胞分化相关,其成员通常编码同源盒(homeobox)转录因子,参与调控早期发育过程中的基因表达。VENTXP1作为假基因,可能通过竞争性结合miRNA或转录因子来间接影响其同源功能基因的表达,从而参与基因调控网络。目前关于VENTXP1的具体生物学功能研究较少,但假基因在进化过程中可能保留一定的调控作用,例如通过作为竞争性内源RNA(ceRNA)影响其他基因的表达。VENTXP1的突变或表达异常可能不会直接导致疾病,但可能通过干扰其同源功能基因的调控网络间接影响细胞功能。VENTXP1的过表达或降低表达可能通过ceRNA机制影响相关miRNA的可用性,从而间接调控靶基因的表达水平,但具体影响尚需进一步研究。VENTX基因家族的共性在于其成员通常含有同源盒结构域,能够结合DNA并调控下游基因的表达,在胚胎发育和细胞命运决定中发挥重要作用。VENTXP1作为该家族的假基因成员,可能保留了部分序列相似性,但缺乏完整的转录或翻译功能。目前尚未发现VENTXP1与特定疾病的直接关联,但假基因的异常表达可能与癌症等疾病的发生发展有关,例如通过调控肿瘤相关基因的表达。总体而言,VENTXP1的功能和影响仍需更多实验验证,但其作为假基因可能通过非编码RNA的形式参与基因表达的精细调控。

Homeobox genes encode DNA-binding proteins, many of which are thought to be involved in early embryonic development. Homeobox genes encode a DNA-binding domain of 60 to 63 amino acids referred to as the homeodomain. This pseudogene is a member of the Vent homeobox gene family. [provided by RefSeq, Jul 2008]

同源框基因编码DNA结合蛋白,其中许多被认为是参与早期胚胎发育。同源基因编码的称为同源异型域60至63个氨基酸的DNA结合结构域。这个假是放空同源盒基因家族的一个成员。 [由RefSeq的,2008年7月提供]

CCND1基因的碱基序列:[NCBI]
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VENTXP1基因的碱基突变:           仅显示部分snp
rs4537454       rs5944522       rs5944523       rs5944524       rs5944525       rs5944526       rs6628199       rs16997824       rs61578915       rs72623096       rs72623097       rs72623098       rs73505190       rs73505193       rs116086415       rs139560246       rs140844364      

VENTXP1基因在不同组织中的表达:    [UniProt]

基因在不同组织中的表达图
正向引物序列
正向Tm值
反向引物序列
反向Tm值
评分
GTAGCTAGGCACTCAATACAC
58
TACGATTCAGTTCTACATGCC
58
ATTAAAGCCACCTCTTCACTG
58
CCCTTCATTTACTTCCTAAACTGAC
60
TATTAAAGCCACCTCTTCACTG
58
CCTTCATTTACTTCCTAAACTGACC
60
      尚未收录相关数据

VENTXP1基因(以及对应的蛋白质)的细胞分布位置:

[UniProt]     [GenomeNet]

" d="M482.414,245.296c3.539,4.293,4.455,10.009,0.202,11 c-4.244,0.996-4.983-10.983-8.293-8.438c-5.271,4.08,9.834,12.271,5.144,17.287c-3.717,3.607-6.172-5.75-10.839-1.976 c-4.673,3.776,6.781,7.299,2.831,11.326c-4.354,4.045-6.979-1.449-9.837-5.517c-1.193-1.742-2.059-3.851-3.595-2.748 c-1.516,1.078-1.854,1.795-0.938,3.666c2.374,4.854,9.235,10.119,5.156,12.535c-5.636,3.346-5.044-8.871-9.426-7.574 c-4.388,1.291,2.557,10.66-1.245,11.141c-4.089,0.545-3.483-10.239-6.979-8.575c-2.522,1.206-0.929,3.071-0.938,4.899 c0.004,1.32-0.964,3.6-2.372,4.062c-3.593,1.171-8.544-1.065-10.251-3.59c-6.04-8.93,0.396-15.997,4.639-7.015 c3.023,4.642,5.182,0.834,2.839-2.219c-1.032-1.354-4.309-5.901-0.781-7.252c2.904-1.113,4.271,1.941,5.985,4.592 c2.61,4.016,5.485,0.117,3.031-3.414c-1.828-2.633-2.74-3.803,3.156-7.42c6.405-4.369,6.52,3.869,10.077,0.646 c2.309-1.832-4.783-5.149,0.06-8.995c2.896-2.293,5.18,6.207,7.961,3.516c3.523-2.737-7.717-7.369,0.117-11.736 C473.413,240.77,480.519,242.891,482.414,245.296z"/> Extracellular space Cytosol Plasma membrane Cytoskeleton Lysosome Endosome Peroxisome ER Golgi Apparatus Nucleus Mitochondrion 0 1 2 3 4 5 Confidence
  • 质膜
  • 细胞质
  • 细胞外
  • 高尔基体
  • 囊泡
  • 细胞骨架
  • 内质网
  • 细胞核
  • 内体
  • 溶酶体
  • 线粒体

VENTXP1基因的本体(GO)信息:

可能调控 VENTXP1基因的相关microRNA:     

基因与其他基因之间的相互作用关系图
序号 作用方式 资源库来源/分值 基因名称 基因名称
疾病名称 关系值 NofPmids NofSnps 来源
疾病名称 关系值 NofPmids NofSnps 来源
Atrial Fibrillation 0.002367032 1 1 GAD

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