SNORD12C (small nucleolar RNA, C/D box 12C)

symbol:
SNORD12C
locus group:
non-coding RNA
location:
20q13.13
gene_family:
Small nucleolar RNAs, C/D box
alias symbol:
U106
alias name:
None
entrez id:
26765
ensembl gene id:
ENSG00000209042
ucsc gene id:
uc010ghz.4
refseq accession:
NR_002433
hgnc_id:
HGNC:10105
approved reserved:
1999-12-14
20q13.13
基因染色体位置图

SNORD12C(Small Nucleolar RNA, C/D Box 12C)属于小核仁RNA(snoRNA)家族中的C/D box snoRNA亚类,这类RNA分子主要参与核糖体RNA(rRNA)的修饰,特别是2'-O-甲基化(一种化学修饰,可增强rRNA的稳定性和功能)。SNORD12C通过碱基互补配对定位到目标rRNA的特定位点,指导甲基转移酶对rRNA进行甲基化修饰,从而影响核糖体的组装和蛋白质翻译效率。C/D box snoRNA家族的共性包括保守的C(RUGAUGA)和D(CUGA)序列 motif(功能结构域),以及与特定蛋白质(如fibrillarin甲基转移酶)结合形成snoRNP复合物(小核仁核糖核蛋白复合体)。目前关于SNORD12C的具体靶点rRNA位点及其生物学功能的实验数据较少,但已知snoRNA的异常表达可能与癌症、神经退行性疾病(如阿尔茨海默病)和普拉德-威利综合征(Prader-Willi syndrome)等疾病相关。若SNORD12C过表达,可能导致rRNA过度甲基化,破坏核糖体功能,影响细胞增殖;而表达降低则可能减少rRNA修饰,损害蛋白质合成。由于snoRNA通常位于宿主基因的内含子中(如SNORD12C位于RPL13A基因的内含子区),其表达可能受宿主基因调控。突变或缺失可能影响其指导rRNA修饰的能力,但具体机制尚不明确。与其他snoRNA类似,SNORD12C可能具有冗余性(功能可由家族其他成员代偿),因此单一基因的突变影响可能有限。研究这类基因的挑战在于其非编码特性(不直接生成蛋白质)和高度保守的家族相似性。

None

SNORD12C基因的碱基序列:[NCBI]
Loading Gene Browser...
SNORD12C基因的碱基突变:           仅显示部分snp
rs6648       rs238193       rs479473       rs479474       rs3818064       rs3818065       rs3818066       rs3818067       rs3818068       rs3818070       rs3818071       rs28362648       rs73116127       rs80318192       rs111518602       rs113661823       rs115176866      

SNORD12C基因在不同组织中的表达:    [UniProt]

基因在不同组织中的表达图
正向引物序列
正向Tm值
反向引物序列
反向Tm值
评分
CTGGTGTAAATGATGACTTCAC
57
CGATGTATCAGAACTAACTGGC
59
CTGGTGTAAATGATGACTTCAC
57
GATGTATCAGAACTAACTGGCA
58
CTGGTGTAAATGATGACTTCAC
57
ATATAAGACGTCAGCATTGTCG
58
      尚未收录相关数据

SNORD12C基因(以及对应的蛋白质)的细胞分布位置:

[UniProt]     [GenomeNet]

" d="M482.414,245.296c3.539,4.293,4.455,10.009,0.202,11 c-4.244,0.996-4.983-10.983-8.293-8.438c-5.271,4.08,9.834,12.271,5.144,17.287c-3.717,3.607-6.172-5.75-10.839-1.976 c-4.673,3.776,6.781,7.299,2.831,11.326c-4.354,4.045-6.979-1.449-9.837-5.517c-1.193-1.742-2.059-3.851-3.595-2.748 c-1.516,1.078-1.854,1.795-0.938,3.666c2.374,4.854,9.235,10.119,5.156,12.535c-5.636,3.346-5.044-8.871-9.426-7.574 c-4.388,1.291,2.557,10.66-1.245,11.141c-4.089,0.545-3.483-10.239-6.979-8.575c-2.522,1.206-0.929,3.071-0.938,4.899 c0.004,1.32-0.964,3.6-2.372,4.062c-3.593,1.171-8.544-1.065-10.251-3.59c-6.04-8.93,0.396-15.997,4.639-7.015 c3.023,4.642,5.182,0.834,2.839-2.219c-1.032-1.354-4.309-5.901-0.781-7.252c2.904-1.113,4.271,1.941,5.985,4.592 c2.61,4.016,5.485,0.117,3.031-3.414c-1.828-2.633-2.74-3.803,3.156-7.42c6.405-4.369,6.52,3.869,10.077,0.646 c2.309-1.832-4.783-5.149,0.06-8.995c2.896-2.293,5.18,6.207,7.961,3.516c3.523-2.737-7.717-7.369,0.117-11.736 C473.413,240.77,480.519,242.891,482.414,245.296z"/> Extracellular space Cytosol Plasma membrane Cytoskeleton Lysosome Endosome Peroxisome ER Golgi Apparatus Nucleus Mitochondrion 0 1 2 3 4 5 Confidence
  • 质膜
  • 细胞质
  • 细胞外
  • 高尔基体
  • 囊泡
  • 细胞骨架
  • 内质网
  • 细胞核
  • 内体
  • 溶酶体
  • 线粒体

SNORD12C基因的本体(GO)信息:

可能调控 SNORD12C基因的相关microRNA:     

基因与其他基因之间的相互作用关系图
序号 作用方式 资源库来源/分值 基因名称 基因名称
疾病名称 关系值 NofPmids NofSnps 来源
疾病名称 关系值 NofPmids NofSnps 来源

联系方式

山东省济南市章丘区文博路2号 齐鲁师范学院 genelibs生信实验室

山东省济南市高新区舜华路750号大学科技园北区F座4单元2楼

电话: 0531-88819269

E-mail: product@genelibs.com

微信公众号

关注微信订阅号,实时查看信息,关注医学生物学动态。