SNHG5 (small nucleolar RNA host gene 5)

symbol:
SNHG5
locus group:
non-coding RNA
location:
6q14.3
gene_family:
Long non-coding RNAs (published)
alias symbol:
MGC16362|bA33E24.2|U50HG|NCRNA00044|LINC00044
alias name:
non-protein coding RNA 44|long int…
entrez id:
387066
ensembl gene id:
ENSG00000203875
ucsc gene id:
uc063pxm.1
refseq accession:
NR_003038
hgnc_id:
HGNC:21026
approved reserved:
2003-11-26
6q14.3
基因染色体位置图

SNHG5(Small Nucleolar RNA Host Gene 5)是一种长链非编码RNA(lncRNA),属于小核仁RNA宿主基因家族(SNHG家族)的成员。SNHG家族是一类广泛存在于真核生物中的基因家族,其共性在于它们通常作为小核仁RNA(snoRNA)的前体基因,参与RNA的加工和修饰,尤其是核糖体RNA(rRNA)的甲基化和假尿苷酸化。SNHG5位于人类染色体6q14.3区域,其转录本本身不编码蛋白质,但可以通过多种机制调控基因表达。SNHG5在多种组织中表达,但其表达水平在不同组织和疾病状态下存在显著差异。研究表明,SNHG5在细胞增殖、凋亡、迁移和侵袭等生物学过程中发挥重要作用。它可以通过与微RNA(miRNA)结合,作为竞争性内源RNA(ceRNA)来调节下游靶基因的表达,例如通过吸附miR-26a来上调ITGAV的表达,从而促进肿瘤细胞的侵袭和转移。SNHG5还可以与蛋白质相互作用,影响信号通路的活性,如Wnt/β-catenin和PI3K/AKT通路。SNHG5的突变或表达异常与多种疾病相关,特别是在癌症中表现出双重作用。在结直肠癌、胃癌和肝细胞癌中,SNHG5通常过表达,促进肿瘤进展;而在乳腺癌和前列腺癌中,其表达可能受到抑制,表现出抑癌作用。SNHG5的过表达通常与不良预后相关,可能通过促进细胞周期进程和抑制凋亡来驱动肿瘤发生。相反,降低SNHG5表达可能抑制肿瘤生长和转移,但也可能影响正常细胞的生理功能。此外,SNHG5还参与其他疾病过程,如神经退行性疾病和心血管疾病,但其具体机制尚需进一步研究。SNHG5作为SNHG家族的一员,与其他家族成员共享调控RNA代谢和基因表达的功能,但每个成员具有独特的表达模式和靶基因网络。由于其在疾病中的重要作用,SNHG5已成为潜在的诊断标志物和治疗靶点,针对其的干预策略可能为相关疾病提供新的治疗方向。

This gene is a member of both the non-protein-coding multiple snoRNA host gene family and the 5'-terminal oligopyrimidine (5' TOP) class of genes. Two snoRNAs are derived from the introns of this host gene but, although many alternative splice variants have been observed, the gene is thought to have no protein-coding potential. The gene is located at the chromosomal translocation breakpoint involved in B-cell lymphoma. [provided by RefSeq, Jul 2008]

该基因是两个非蛋白编码多的snoRNA宿主基因家族的成员,并在5‘末端oligopyrimidine(5‘TOP)类基因。两个52]形成从该宿主基因的内含子衍生的,但是,尽管许多替代剪接变体已被观察到的,该基因被认为是没有蛋白编码潜力。该基因位于参与B细胞淋巴瘤的染色体易位断点。 [由RefSeq的,2008年7月提供]

SNHG5基因的碱基序列:[NCBI]
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SNHG5基因的碱基突变:           仅显示部分snp
rs1059306       rs1059307       rs3087978       rs11961028       rs13205599       rs13213292       rs41271631       rs57583099       rs62444968       rs73485438       rs75825763       rs76921471       rs77482651       rs79011497       rs79709865       rs79902587       rs80236938      

SNHG5基因在不同组织中的表达:    [UniProt]

基因在不同组织中的表达图
正向引物序列
正向Tm值
反向引物序列
反向Tm值
评分
GCATAGCATTTAATCCACACCT
59
CAGAACGCTGTTCACTGAC
59
GGTCAGAAGCTTGAGACCA
59
TCATGTTACCTGAGGGAGGA
60
TCTGAAGATGCAAAGATACACG
59
TGGGTTTCATGTCCATGGA
59
ACTTCCAGAACATCTGGGAG
59
CTCAGAACGCTGTTCACTG
59
TGAAGATGCAAAGTGAGGG
58
AGAAATCGTTGCAACTTTGG
58
TATGAAGTTAAGCTACTCGGG
57
TTTGAGATGGAGTTTCGCT
57
CTGAAGATGCAAAGATACACGA
59
GGTGTGGATTAAATGCTATGCT
59
TTAAATACCGATTTCCCGCAG
59
TAAACCTCGTGGCACTAGC
60
CTGAAGATGCAAAGATACACGA
59
GGTGTGGATTAAATGCTATGCT
59
TGAAGATGCAAAGTGAGGG
58
AGAAATCGTTGCAACTTTGG
58
      尚未收录相关数据

SNHG5基因(以及对应的蛋白质)的细胞分布位置:

[UniProt]     [GenomeNet]

" d="M482.414,245.296c3.539,4.293,4.455,10.009,0.202,11 c-4.244,0.996-4.983-10.983-8.293-8.438c-5.271,4.08,9.834,12.271,5.144,17.287c-3.717,3.607-6.172-5.75-10.839-1.976 c-4.673,3.776,6.781,7.299,2.831,11.326c-4.354,4.045-6.979-1.449-9.837-5.517c-1.193-1.742-2.059-3.851-3.595-2.748 c-1.516,1.078-1.854,1.795-0.938,3.666c2.374,4.854,9.235,10.119,5.156,12.535c-5.636,3.346-5.044-8.871-9.426-7.574 c-4.388,1.291,2.557,10.66-1.245,11.141c-4.089,0.545-3.483-10.239-6.979-8.575c-2.522,1.206-0.929,3.071-0.938,4.899 c0.004,1.32-0.964,3.6-2.372,4.062c-3.593,1.171-8.544-1.065-10.251-3.59c-6.04-8.93,0.396-15.997,4.639-7.015 c3.023,4.642,5.182,0.834,2.839-2.219c-1.032-1.354-4.309-5.901-0.781-7.252c2.904-1.113,4.271,1.941,5.985,4.592 c2.61,4.016,5.485,0.117,3.031-3.414c-1.828-2.633-2.74-3.803,3.156-7.42c6.405-4.369,6.52,3.869,10.077,0.646 c2.309-1.832-4.783-5.149,0.06-8.995c2.896-2.293,5.18,6.207,7.961,3.516c3.523-2.737-7.717-7.369,0.117-11.736 C473.413,240.77,480.519,242.891,482.414,245.296z"/> Extracellular space Cytosol Plasma membrane Cytoskeleton Lysosome Endosome Peroxisome ER Golgi Apparatus Nucleus Mitochondrion 0 1 2 3 4 5 Confidence
  • 质膜
  • 细胞质
  • 细胞外
  • 高尔基体
  • 囊泡
  • 细胞骨架
  • 内质网
  • 细胞核
  • 内体
  • 溶酶体
  • 线粒体

SNHG5基因的本体(GO)信息:

可能调控 SNHG5基因的相关microRNA:     

基因与其他基因之间的相互作用关系图
序号 作用方式 资源库来源/分值 基因名称 基因名称
疾病名称 关系值 NofPmids NofSnps 来源
疾病名称 关系值 NofPmids NofSnps 来源

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