SLX1B-SULT1A4 (SLX1B-SULT1A4 readthrough (NMD candidate))

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SLX1B-SULT1A4
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other
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16p11.2
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2013-05-10
16p11.2
基因染色体位置图

SLX1B-SULT1A4是一个融合基因,由SLX1B(结构特异性核酸酶SLX1亚基B)和SULT1A4(磺基转移酶家族1A成员4)基因的部分序列组成。SLX1B属于SLX1核酸酶家族,该家族成员在DNA修复和重组中发挥重要作用,特别是参与解决霍利迪连接体(Holliday junction)等DNA二级结构。SULT1A4则属于磺基转移酶家族,负责催化各种内源性和外源性化合物的硫酸化反应,影响它们的代谢和排泄。SLX1B-SULT1A4融合基因的产生通常是由于染色体易位或重排,可能导致基因功能的异常。SLX1B的核酸酶活性在DNA损伤修复中至关重要,而SULT1A4的异常表达可能影响药物代谢和激素调节。该融合基因的突变或异常表达可能干扰正常的DNA修复机制,增加基因组不稳定性,从而与某些癌症的发生发展相关。过表达SLX1B-SULT1A4可能导致DNA修复功能紊乱,增加突变积累的风险,而降低表达则可能削弱细胞对DNA损伤的应对能力。SLX1B属于SLX核酸酶家族,其成员具有保守的核酸酶结构域,参与DNA链的切割和重组。SULT1A4属于磺基转移酶家族,其成员共享硫酸基转移功能,参与多种生物转化过程。SLX1B-SULT1A4融合基因的研究有助于理解其在疾病中的作用,特别是在肿瘤发生中的潜在机制。

This locus represents naturally occurring read-through transcription between the neighboring SLX1B (SLX1 structure-specific endonuclease subunit homolog B) and SULT1A4 (sulfotransferase family, cytosolic, 1A, phenol-preferring, member 4) genes on the short arm of chromosome 16. A duplicate read-through locus also exists between the SLX1A and SULT1A3 genes located ~730 kb downstream on the same chromosome. The read-through transcript is a candidate for nonsense-mediated mRNA decay (NMD), and is thus unlikely to produce a protein product. [provided by RefSeq, Nov 2010]

此轨迹表示天然存在的相邻SLX1B之间和短臂通读转录(SLX1结构特异性内切酶亚基同源物B)的SULT1A4(磺家族,细胞内,1A,苯酚 - 宁愿,构件4)的基因染色体16.重复读通过基因也位于?730 kb的下游同一染色体上的SLX1A和SULT1A3基因之间存在。的通读转录为无义介导的mRNA降解(NMD)的候选,并且因此不太可能产生的蛋白质产物。 [由RefSeq的,2010年11月提供]

CCND1基因的碱基序列:[NCBI]
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SLX1B-SULT1A4基因的碱基突变:           仅显示部分snp
rs80050890       rs757243605       rs778765805       rs769595322       rs150339073       rs187911730       rs200435542       rs202088800       rs368119967       rs374994249       rs532106337       rs532167669       rs533889017       rs536178800       rs537800172       rs541902254       rs546191369      

SLX1B-SULT1A4基因在不同组织中的表达:    [UniProt]

基因在不同组织中的表达图
正向引物序列
正向Tm值
反向引物序列
反向Tm值
评分
ATCAGAAGGTCAAGGTGGT
58
TTTCCATACGGTGGAAATGG
58
CTGGAGAAGTGTCCTACGG
59
AAGAGGTAGAGAACAGGGTG
59
ACCATCCAGGATGAAGAGG
59
GAAGAAACTCCTCTGCCAG
58
CTGGAGAAGTGTCCTACGG
59
AAGAGGTAGAGAACAGGGTG
59
CTGGAGAAGTGTCCTACGG
59
GAGGTAGAGAACAGGGTGG
59
ACCATCCAGGATGAAGAGG
59
AAGAAACTCCTCTGCCAGG
59
GATCAGAAGGTCAAGGTGG
57
TTCCATACGGTGGAAATGG
57
CTGGAGAAGTGTCCTACGG
59
GAGGTAGAGAACAGGGTGG
59
GCTGGAGAAGTGTCCTACG
60
GTAGAGAACAGGGTGGGTG
59
CCATCCAGGATGAAGAGGG
59
AAGAAACTCCTCTGCCAGG
59
      尚未收录相关数据

SLX1B-SULT1A4基因(以及对应的蛋白质)的细胞分布位置:

[UniProt]     [GenomeNet]

" d="M482.414,245.296c3.539,4.293,4.455,10.009,0.202,11 c-4.244,0.996-4.983-10.983-8.293-8.438c-5.271,4.08,9.834,12.271,5.144,17.287c-3.717,3.607-6.172-5.75-10.839-1.976 c-4.673,3.776,6.781,7.299,2.831,11.326c-4.354,4.045-6.979-1.449-9.837-5.517c-1.193-1.742-2.059-3.851-3.595-2.748 c-1.516,1.078-1.854,1.795-0.938,3.666c2.374,4.854,9.235,10.119,5.156,12.535c-5.636,3.346-5.044-8.871-9.426-7.574 c-4.388,1.291,2.557,10.66-1.245,11.141c-4.089,0.545-3.483-10.239-6.979-8.575c-2.522,1.206-0.929,3.071-0.938,4.899 c0.004,1.32-0.964,3.6-2.372,4.062c-3.593,1.171-8.544-1.065-10.251-3.59c-6.04-8.93,0.396-15.997,4.639-7.015 c3.023,4.642,5.182,0.834,2.839-2.219c-1.032-1.354-4.309-5.901-0.781-7.252c2.904-1.113,4.271,1.941,5.985,4.592 c2.61,4.016,5.485,0.117,3.031-3.414c-1.828-2.633-2.74-3.803,3.156-7.42c6.405-4.369,6.52,3.869,10.077,0.646 c2.309-1.832-4.783-5.149,0.06-8.995c2.896-2.293,5.18,6.207,7.961,3.516c3.523-2.737-7.717-7.369,0.117-11.736 C473.413,240.77,480.519,242.891,482.414,245.296z"/> Extracellular space Cytosol Plasma membrane Cytoskeleton Lysosome Endosome Peroxisome ER Golgi Apparatus Nucleus Mitochondrion 0 1 2 3 4 5 Confidence
  • 质膜
  • 细胞质
  • 细胞外
  • 高尔基体
  • 囊泡
  • 细胞骨架
  • 内质网
  • 细胞核
  • 内体
  • 溶酶体
  • 线粒体

SLX1B-SULT1A4基因的本体(GO)信息:

可能调控 SLX1B-SULT1A4基因的相关microRNA:     

基因与其他基因之间的相互作用关系图
序号 作用方式 资源库来源/分值 基因名称 基因名称
疾病名称 关系值 NofPmids NofSnps 来源
疾病名称 关系值 NofPmids NofSnps 来源

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