SHOX (short stature homeobox)

symbol:
SHOX
locus group:
protein-coding gene
location:
Xp22.33 and Yp11.32
gene_family:
PRD class homeoboxes and pseudogenes|Pseudoautosomal region 1
alias symbol:
PHOG|GCFX|SS|SHOXY
alias name:
None
entrez id:
6473
ensembl gene id:
ENSG00000185960
ucsc gene id:
uc004fou.1
refseq accession:
NM_000451
hgnc_id:
HGNC:10853
approved reserved:
1998-06-05
Xp22.33 and Yp11.32
基因染色体位置图

SHOX(short stature homeobox-containing gene)是一种位于X和Y染色体拟常染色体区(PAR1)的同源框基因,属于HOX基因家族的分支。它编码的蛋白质是一种转录因子,通过调控下游靶基因的表达参与骨骼发育,尤其在四肢、脊柱和腭部的生长中起关键作用。SHOX的主要作用位点是生长板软骨细胞,通过促进软骨细胞增殖和抑制分化来调节骨骼线性生长。SHOX基因突变或缺失会导致Léri-Weill软骨骨生成障碍综合征(LWS),表现为身材矮小、马德隆畸形(腕关节畸形),而完全缺失则引发更严重的Langer肢体畸形(表现为极端矮小和骨骼异常)。SHOX单倍剂量不足(即一个拷贝缺失)是特发性矮小症(ISS)的常见原因之一。SHOX过表达可能与某些罕见的高身材表型相关,但具体机制尚不明确;而表达降低则直接导致生长障碍,因其无法充分激活生长相关基因如FGFR3和NPPB。SHOX属于HOXD基因家族,该家族共性为含有同源结构域(一段60个氨基酸的DNA结合区域),在胚胎发育中调控体轴和肢体模式形成。目前SHOX的临床检测已纳入儿童矮小症的常规诊断,重组人生长激素(rhGH)被批准用于SHOX缺陷患者的治疗。需要注意的是,SHOX的表达受表观遗传调控,其位于性染色体的特性也导致女性(XX)比男性(XY)更易出现症状轻重差异。

This gene belongs to the paired homeobox family and is located in the pseudoautosomal region 1 (PAR1) of X and Y chromosomes. Defects in this gene are associated with idiopathic growth retardation and in the short stature phenotype of Turner syndrome patients. This gene is highly conserved across species from mammals to fish to flies. Alternatively spliced transcript variants encoding different isoforms have been noted for this gene. [provided by RefSeq, Jul 2008]

此基因属于成对同源家族和位于X和Y染色体的假常染色体区域1(PAR1)。这种基因缺陷与特发性发育迟缓和Turner综合征患者身材矮小表型相关。该基因在物种间高度保守的哺乳动物鱼苍蝇。编码不同亚型选择性剪接转录变异体已经注意到了这个基因。 [由RefSeq的,2008年7月提供]

SHOX基因的碱基序列:[NCBI]
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SHOX基因的碱基突变:           仅显示部分snp
rs727578       rs964257       rs980934       rs1467878       rs1467879       rs1894339       rs2010786       rs2019138       rs2156998       rs2187644       rs2213234       rs2238842       rs2238843       rs2238844       rs2239401       rs2239402       rs2239403      

SHOX基因在不同组织中的表达:    [UniProt]

基因在不同组织中的表达图
正向引物序列
正向Tm值
反向引物序列
反向Tm值
评分
TGTTCAAGGACCACGTAGAC
60
ATTCATAAATCCCTTCTGCCAC
59
TGTTCAAGGACCACGTAGAC
60
ATTCATAAATCCCTTCTGCCAC
59
GTTCAAGGACCACGTAGAC
58
CATTCATAAATCCCTTCTGCCA
59
GTTCAAGGACCACGTAGAC
58
CATTCATAAATCCCTTCTGCCA
59
TGTTCAAGGACCACGTAGAC
60
ATTCATAAATCCCTTCTGCCAC
59
GTTCAAGGACCACGTAGAC
58
CATTCATAAATCCCTTCTGCCA
59
GTTCAAGGACCACGTAGAC
58
CATTCATAAATCCCTTCTGCCA
59
GTTCAAGGACCACGTAGAC
58
CATTCATAAATCCCTTCTGCCA
59
GTTCAAGGACCACGTAGAC
58
CATTCATAAATCCCTTCTGCC
57
GTTCAAGGACCACGTAGAC
58
CATTCATAAATCCCTTCTGCC
57
转录因子
影响基因
影响类型
参考文献链接(PubMed)
HOXA9
SHOX
Unknown
SHOX
ACAN
Unknown
SHOX
FGFR3
Activation
SHOX
NPPB
Activation
SHOX
NPPB
Unknown

SHOX基因(以及对应的蛋白质)的细胞分布位置:

[UniProt]     [GenomeNet]

" d="M482.414,245.296c3.539,4.293,4.455,10.009,0.202,11 c-4.244,0.996-4.983-10.983-8.293-8.438c-5.271,4.08,9.834,12.271,5.144,17.287c-3.717,3.607-6.172-5.75-10.839-1.976 c-4.673,3.776,6.781,7.299,2.831,11.326c-4.354,4.045-6.979-1.449-9.837-5.517c-1.193-1.742-2.059-3.851-3.595-2.748 c-1.516,1.078-1.854,1.795-0.938,3.666c2.374,4.854,9.235,10.119,5.156,12.535c-5.636,3.346-5.044-8.871-9.426-7.574 c-4.388,1.291,2.557,10.66-1.245,11.141c-4.089,0.545-3.483-10.239-6.979-8.575c-2.522,1.206-0.929,3.071-0.938,4.899 c0.004,1.32-0.964,3.6-2.372,4.062c-3.593,1.171-8.544-1.065-10.251-3.59c-6.04-8.93,0.396-15.997,4.639-7.015 c3.023,4.642,5.182,0.834,2.839-2.219c-1.032-1.354-4.309-5.901-0.781-7.252c2.904-1.113,4.271,1.941,5.985,4.592 c2.61,4.016,5.485,0.117,3.031-3.414c-1.828-2.633-2.74-3.803,3.156-7.42c6.405-4.369,6.52,3.869,10.077,0.646 c2.309-1.832-4.783-5.149,0.06-8.995c2.896-2.293,5.18,6.207,7.961,3.516c3.523-2.737-7.717-7.369,0.117-11.736 C473.413,240.77,480.519,242.891,482.414,245.296z"/> Extracellular space Cytosol Plasma membrane Cytoskeleton Lysosome Endosome Peroxisome ER Golgi Apparatus Nucleus Mitochondrion 0 1 2 3 4 5 Confidence
  • 质膜
  • 细胞质
  • 细胞外
  • 高尔基体
  • 囊泡
  • 细胞骨架
  • 内质网
  • 细胞核
  • 内体
  • 溶酶体
  • 线粒体

SHOX基因的本体(GO)信息:

GO库代码
对应的蛋白质
来源代码
GO:0001501
O15266 (UniProtKB)
TAS
GO:0003700
O15266 (UniProtKB)
TAS
GO:0005515
O15266 (UniProtKB)
IPI
GO:0005515
O15266 (UniProtKB)
IPI
GO:0005634
O15266 (UniProtKB)
IEA
GO:0006355
O15266 (UniProtKB)
IEA
GO:0006366
O15266 (UniProtKB)
TAS
GO:0043565
O15266 (UniProtKB)
IEA

可能调控 SHOX基因的相关microRNA:     

IntAct

mentha

String

基因与其他基因之间的相互作用关系图
序号 作用方式 资源库来源/分值 基因名称 基因名称
疾病名称 关系值 NofPmids NofSnps 来源
疾病名称 关系值 NofPmids NofSnps 来源
Leri-Weill dyschondrosteosis 0.497643722 67 9 BeFree_CLINVAR_CTD_human_ORPHANET_UNIPROT
Langer Mesomelic Dysplasia Syndrome 0.484071628 16 3 BeFree_CLINVAR_CTD_human_ORPHANET_UNIPROT
SHORT STATURE, IDIOPATHIC, X-LINKED 0.36 0 5 CLINVAR_CTD_human_ORPHANET
Short Stature, Idiopathic, Autosomal 0.12 0 0 CTD_human
Dwarfism 0.022725172 75 1 BeFree_GAD
Turner Syndrome 0.015220608 38 0 BeFree_LHGDN
Madelung Deformity 0.004885954 18 1 BeFree
Growth Disorders 0.004734064 2 0 GAD
Muscular Dystrophy 0.00272435 1 0 LHGDN
Skeletal dysplasia 0.002171535 8 0 BeFree

联系方式

山东省济南市章丘区文博路2号 齐鲁师范学院 genelibs生信实验室

山东省济南市高新区舜华路750号大学科技园北区F座4单元2楼

电话: 0531-88819269

E-mail: product@genelibs.com

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