SGCD (sarcoglycan delta)

symbol:
SGCD
locus group:
protein-coding gene
location:
5q33.2-q33.3
gene_family:
alias symbol:
DAGD|LGMD2F|CMD1L
alias name:
None
entrez id:
6444
ensembl gene id:
ENSG00000170624
ucsc gene id:
uc003lwc.5
refseq accession:
NM_000337
hgnc_id:
HGNC:10807
approved reserved:
1997-07-22
5q33.2-q33.3
基因染色体位置图

SGCD基因编码δ-肌聚糖蛋白(delta-sarcoglycan),属于肌聚糖蛋白基因家族(sarcoglycan complex)的成员。该家族包含α、β、γ、δ四种亚基,共同构成横纹肌细胞膜上的重要跨膜蛋白复合体,主要功能是与肌营养不良蛋白(dystrophin)结合形成肌纤维膜稳定结构,维持肌肉收缩时的细胞膜完整性,同时参与细胞信号传导。SGCD基因主要在心肌和骨骼肌中高表达,其蛋白产物δ-肌聚糖蛋白通过N端与γ-sarcoglycan连接、C端与β-sarcoglycan结合,形成四聚体结构锚定在细胞膜上。当SGCD发生突变时(如错义突变或无义突变),会导致肌聚糖复合体组装失败,引发常染色体隐性遗传的肢带型肌营养不良症2F型(LGMD2F),临床表现为进行性肌肉萎缩和心肌病。研究发现SGCD缺失的小鼠模型会出现严重的心肌纤维化和收缩功能障碍。该基因过表达可能通过稳定肌膜结构减轻肌营养不良症状,但过度表达可能干扰其他肌聚糖亚基的平衡;而表达降低则直接导致肌膜脆弱,使肌肉在机械应力下易受损。SGCD还与扩张型心肌病相关,其突变可能影响钙离子调控相关蛋白(如SERCA2)的功能。该基因家族共性在于:均编码单次跨膜糖蛋白,依赖彼此结合形成功能复合体,任何亚基缺陷都会导致整个复合体降解(secondary deficiency)。目前"δ-肌聚糖蛋白"的中文译名存在争议,部分文献保留英文delta-sarcoglycan。

The protein encoded by this gene is one of the four known components of the sarcoglycan complex, which is a subcomplex of the dystrophin-glycoprotein complex (DGC). DGC forms a link between the F-actin cytoskeleton and the extracellular matrix. This protein is expressed most abundantly in skeletal and cardiac muscle. Mutations in this gene have been associated with autosomal recessive limb-girdle muscular dystrophy and dilated cardiomyopathy. Alternatively spliced transcript variants encoding distinct isoforms have been observed for this gene. [provided by RefSeq, Jul 2008]

由该基因编码的蛋白质是肌聚糖复合物,它是抗肌萎缩蛋白糖蛋白复合物(DGC)的亚复合的四个已知的部件中的一个。 DGC形成F-肌动蛋白细胞骨架和细胞外基质之间的链接。这种蛋白质被表达在骨骼肌和心肌最丰富。在这种基因突变与常染色体隐性遗传肢带型肌营养不良症和扩张性心肌病相关联。编码不同同种型的可变剪接转录物变体已经观察到这种基因。 [由RefSeq的,2008年7月提供]

SGCD基因的碱基序列:[NCBI]
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SGCD基因的碱基突变:           仅显示部分snp
rs153843       rs157336       rs157337       rs157338       rs157339       rs157340       rs157341       rs157342       rs157343       rs157344       rs157345       rs157346       rs157347       rs157348       rs157349       rs157350       rs157351      

SGCD基因在不同组织中的表达:    [UniProt]

基因在不同组织中的表达图
正向引物序列
正向Tm值
反向引物序列
反向Tm值
评分
TATTTCTTTGTCCTGCTCCTC
57
GCAGATGGATGCTAATTGTG
57
TCTAAAGCTAGAAGGAGACTCTG
58
AGTACAGGGCATTACCTGG
58
TCTAAAGCTAGAAGGAGACTCTG
58
GTACAGGGCATTACCTGGT
59
ATTTCTTTGTCCTGCTCCTC
57
GCAGATGGATGCTAATTGTG
57
TTTCTTTGTCCTGCTCCTC
57
GCAGATGGATGCTAATTGTG
57
TCTAAAGCTAGAAGGAGACTCTG
58
TACAGGGCATTACCTGGTC
58
      尚未收录相关数据

SGCD基因(以及对应的蛋白质)的细胞分布位置:

[UniProt]     [GenomeNet]

" d="M482.414,245.296c3.539,4.293,4.455,10.009,0.202,11 c-4.244,0.996-4.983-10.983-8.293-8.438c-5.271,4.08,9.834,12.271,5.144,17.287c-3.717,3.607-6.172-5.75-10.839-1.976 c-4.673,3.776,6.781,7.299,2.831,11.326c-4.354,4.045-6.979-1.449-9.837-5.517c-1.193-1.742-2.059-3.851-3.595-2.748 c-1.516,1.078-1.854,1.795-0.938,3.666c2.374,4.854,9.235,10.119,5.156,12.535c-5.636,3.346-5.044-8.871-9.426-7.574 c-4.388,1.291,2.557,10.66-1.245,11.141c-4.089,0.545-3.483-10.239-6.979-8.575c-2.522,1.206-0.929,3.071-0.938,4.899 c0.004,1.32-0.964,3.6-2.372,4.062c-3.593,1.171-8.544-1.065-10.251-3.59c-6.04-8.93,0.396-15.997,4.639-7.015 c3.023,4.642,5.182,0.834,2.839-2.219c-1.032-1.354-4.309-5.901-0.781-7.252c2.904-1.113,4.271,1.941,5.985,4.592 c2.61,4.016,5.485,0.117,3.031-3.414c-1.828-2.633-2.74-3.803,3.156-7.42c6.405-4.369,6.52,3.869,10.077,0.646 c2.309-1.832-4.783-5.149,0.06-8.995c2.896-2.293,5.18,6.207,7.961,3.516c3.523-2.737-7.717-7.369,0.117-11.736 C473.413,240.77,480.519,242.891,482.414,245.296z"/> Extracellular space Cytosol Plasma membrane Cytoskeleton Lysosome Endosome Peroxisome ER Golgi Apparatus Nucleus Mitochondrion 0 1 2 3 4 5 Confidence
  • 质膜
  • 细胞质
  • 细胞外
  • 高尔基体
  • 囊泡
  • 细胞骨架
  • 内质网
  • 细胞核
  • 内体
  • 溶酶体
  • 线粒体

SGCD基因的本体(GO)信息:

GO库代码
对应的蛋白质
来源代码
GO:0016012
E5RI34 (UniProtKB)
IEA
GO:0016021
E5RI34 (UniProtKB)
IEA
GO:0005737
Q92629 (UniProtKB)
IEA
GO:0005856
Q92629 (UniProtKB)
IEA
GO:0005886
Q92629 (UniProtKB)
TAS
GO:0007517
Q92629 (UniProtKB)
TAS
GO:0007517
Q92629 (UniProtKB)
TAS
GO:0016010
Q92629 (UniProtKB)
IDA
GO:0016012
Q92629 (UniProtKB)
IEA
GO:0016021
Q92629 (UniProtKB)
IEA
GO:0042383
Q92629 (UniProtKB)
IBA
GO:0048738
Q92629 (UniProtKB)
IBA
GO:0055001
Q92629 (UniProtKB)
IBA
GO:0060047
Q92629 (UniProtKB)
IBA
GO:0061024
Q92629 (UniProtKB)
IBA

可能调控 SGCD基因的相关microRNA:     

MINT

BioGrid

IntAct

mentha

String

基因与其他基因之间的相互作用关系图
序号 作用方式 资源库来源/分值 基因名称 基因名称
疾病名称 关系值 NofPmids NofSnps 来源
疾病名称 关系值 NofPmids NofSnps 来源
Limb-girdle muscular dystrophy type 2F 0.560814326 4 6 BeFree_CLINVAR_CTD_human_MGD_ORPHANET_UNIPROT
CARDIOMYOPATHY, DILATED, 1L 0.44 1 1 CLINVAR_CTD_human_MGD_UNIPROT
Cardiomyopathies 0.121900093 8 1 BeFree_CTD_human
Allergy to eggs 0.12 1 1 GWASCAT
Muscular Dystrophies, Limb-Girdle 0.006524536 14 1 BeFree_LHGDN
Hypertrophic Cardiomyopathy 0.00617715 4 0 BeFree_GAD_LHGDN
Cardiomyopathy, Dilated 0.005352893 12 1 BeFree_GAD
Blood pressure finding 0.004734064 1 3 GAD
Systemic arterial pressure 0.004734064 1 3 GAD
Heart failure 0.003724241 5 1 BeFree_GAD

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