SETD4 (SET domain containing 4)

symbol:
SETD4
locus group:
protein-coding gene
location:
21q22.12
gene_family:
alias symbol:
None
alias name:
None
entrez id:
54093
ensembl gene id:
ENSG00000185917
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uc021wiy.3
refseq accession:
NM_017438
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HGNC:1258
approved reserved:
2000-05-23
21q22.12
基因染色体位置图

SETD4(SET Domain Containing 4)是SET结构域蛋白家族成员之一,该家族以含有保守的SET(Suppressor of variegation, Enhancer of zeste, Trithorax)结构域为特征,主要参与组蛋白甲基化修饰从而调控基因表达。SETD4的生物学功能尚未完全明确,但研究表明它可能通过甲基化修饰组蛋白或其他非组蛋白底物影响染色质结构和基因转录调控。其表达产物可能参与细胞周期调控、DNA损伤修复等过程,作用位点可能集中在细胞核内。目前关于SETD4突变的研究较少,但SET家族基因的突变通常会导致表观遗传调控异常,可能引发发育缺陷或肿瘤发生。与疾病的关系尚在探索中,但有研究发现SETD4在部分癌症(如肝癌)中表达异常,提示其可能参与肿瘤发生发展。若SETD4过表达,可能通过异常甲基化导致下游基因沉默或激活紊乱,影响细胞增殖或分化;而表达降低则可能削弱其对靶基因的调控作用,破坏表观遗传稳态。SET基因家族的共性是通过SET结构域催化组蛋白甲基化(如H3K4、H3K27等位点),进而调控染色质开放状态和基因转录。SETD4与其他家族成员(如SETD1、SETD2)共享这一机制,但具体底物偏好和生物学功能可能存在差异。专业术语解释:SET结构域是介导甲基转移酶活性的功能区域;组蛋白甲基化指在组蛋白尾部添加甲基基团的修饰,可激活或抑制基因表达;表观遗传指不改变DNA序列的可遗传性调控方式。目前SETD4的中文译名"含SET结构域蛋白4"为直译,尚无争议。需注意其与SETD2(肾癌相关甲基转移酶)等家族成员的功能区分。

None

SETD4基因的碱基序列:[NCBI]
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SETD4基因的碱基突变:           仅显示部分snp
rs6517325       rs7275660       rs7280136       rs7280272       rs7281482       rs7282318       rs7282320       rs12483181       rs17814008       rs34202426       rs35631597       rs36034006       rs59615273       rs59699345       rs71326621       rs71326622       rs73207998      

SETD4基因在不同组织中的表达:    [UniProt]

基因在不同组织中的表达图
正向引物序列
正向Tm值
反向引物序列
反向Tm值
评分
TTTCCAGGTACAGGAAGAGG
58
CAAAGAACAGTTCTCACCTGC
59
TCAAGAGGAGTGAATGAGAGC
60
CTCATCAGCCCTCTTCCTG
60
AGATTCAAACTTAGCGCCT
57
TGTTTGACTCATCAGCCCT
59
TCAAGAGGAGTGAATGAGAGC
59
CTCATCAGCCCTCTTCCTG
59
ATTTGGATGGGATGGACCA
59
CCAGCATGTAAATTTCTCAGCT
59
ATTACTAAGTGGAAGCCTCCTC
59
CTTCCAAAGAGATCGGTGC
59
ATTACTAAGTGGAAGCCTCCTC
59
CTTCCAAAGAGATCGGTGC
59
ATTTGGATGGGATGGACCA
59
CCAGCATGTAAATTTCTCAGCT
59
AGATTCAAACTTAGCGCCTG
59
AATCATCTGTCCCTCCTGC
59
TCAAGAGGAGTGAATGAGAGC
60
CTCATCAGCCCTCTTCCTG
60
      尚未收录相关数据

SETD4基因(以及对应的蛋白质)的细胞分布位置:

[UniProt]     [GenomeNet]

" d="M482.414,245.296c3.539,4.293,4.455,10.009,0.202,11 c-4.244,0.996-4.983-10.983-8.293-8.438c-5.271,4.08,9.834,12.271,5.144,17.287c-3.717,3.607-6.172-5.75-10.839-1.976 c-4.673,3.776,6.781,7.299,2.831,11.326c-4.354,4.045-6.979-1.449-9.837-5.517c-1.193-1.742-2.059-3.851-3.595-2.748 c-1.516,1.078-1.854,1.795-0.938,3.666c2.374,4.854,9.235,10.119,5.156,12.535c-5.636,3.346-5.044-8.871-9.426-7.574 c-4.388,1.291,2.557,10.66-1.245,11.141c-4.089,0.545-3.483-10.239-6.979-8.575c-2.522,1.206-0.929,3.071-0.938,4.899 c0.004,1.32-0.964,3.6-2.372,4.062c-3.593,1.171-8.544-1.065-10.251-3.59c-6.04-8.93,0.396-15.997,4.639-7.015 c3.023,4.642,5.182,0.834,2.839-2.219c-1.032-1.354-4.309-5.901-0.781-7.252c2.904-1.113,4.271,1.941,5.985,4.592 c2.61,4.016,5.485,0.117,3.031-3.414c-1.828-2.633-2.74-3.803,3.156-7.42c6.405-4.369,6.52,3.869,10.077,0.646 c2.309-1.832-4.783-5.149,0.06-8.995c2.896-2.293,5.18,6.207,7.961,3.516c3.523-2.737-7.717-7.369,0.117-11.736 C473.413,240.77,480.519,242.891,482.414,245.296z"/> Extracellular space Cytosol Plasma membrane Cytoskeleton Lysosome Endosome Peroxisome ER Golgi Apparatus Nucleus Mitochondrion 0 1 2 3 4 5 Confidence
  • 质膜
  • 细胞质
  • 细胞外
  • 高尔基体
  • 囊泡
  • 细胞骨架
  • 内质网
  • 细胞核
  • 内体
  • 溶酶体
  • 线粒体

SETD4基因的本体(GO)信息:

GO库代码
对应的蛋白质
来源代码
GO:0005730
Q9NVD3 (UniProtKB)
IBA
GO:0016279
Q9NVD3 (UniProtKB)
IBA
GO:0018023
Q9NVD3 (UniProtKB)
IBA
GO:0018026
Q9NVD3 (UniProtKB)
IBA
GO:0042254
Q9NVD3 (UniProtKB)
IBA

可能调控 SETD4基因的相关microRNA:     

BioGrid

IntAct

mentha

String

基因与其他基因之间的相互作用关系图
序号 作用方式 资源库来源/分值 基因名称 基因名称
疾病名称 关系值 NofPmids NofSnps 来源
疾病名称 关系值 NofPmids NofSnps 来源
Muscle Weakness 0.12 1 0 CTD_human
Down Syndrome 0.12 1 0 CTD_human

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