SEMA3D (semaphorin 3D)

symbol:
SEMA3D
locus group:
protein-coding gene
location:
7q21.11
gene_family:
V-set domain containing|Semaphorins
alias symbol:
coll-2|Sema-Z2
alias name:
None
entrez id:
223117
ensembl gene id:
ENSG00000153993
ucsc gene id:
uc003uic.4
refseq accession:
NM_152754
hgnc_id:
HGNC:10726
approved reserved:
1999-06-25
7q21.11
基因染色体位置图

SEMA3D(Semaphorin 3D)属于Semaphorin基因家族,这是一类编码分泌型或膜结合型信号蛋白的基因,主要参与轴突导向(axon guidance,神经细胞生长锥的定向延伸)、血管生成(angiogenesis,新血管形成)及免疫调节等过程。该家族蛋白的共同特点是拥有一个约500个氨基酸的Sema结构域(负责蛋白间相互作用)和PSI结构域(介导二聚化)。SEMA3D编码的是一种分泌型蛋白,通过结合神经纤毛蛋白(Neuropilin)和丛蛋白(Plexin)受体复合物传递信号,调控细胞迁移和形态变化,尤其在神经系统发育和心血管系统形成中起关键作用。若SEMA3D发生功能丧失性突变(loss-of-function mutation,导致蛋白活性降低),可能导致神经通路连接异常或血管畸形;而增益性突变(gain-of-function mutation,使蛋白活性增强)可能与肿瘤转移相关,因其影响细胞侵袭能力。该基因过表达会抑制血管内皮细胞迁移,导致血管生成受阻,可能引发缺血性疾病;低表达则可能促进肿瘤血管增生(通过解除对血管生长的抑制)。研究发现SEMA3D在胶质瘤、乳腺癌中表达异常,其甲基化状态(DNA化学修饰导致的基因沉默)可作为癌症预后标志物。家族成员如SEMA3A/C还参与T细胞免疫应答,但SEMA3D在此方面的功能尚待深入探索。目前中文常将"Semaphorin"译为"信号素"或"导向素",但学界更倾向音译为"塞马福林"(英文原词)。

None

SEMA3D基因的碱基序列:[NCBI]
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SEMA3D基因的碱基突变:           仅显示部分snp
rs764077       rs957055       rs993312       rs1003292       rs1003293       rs1016027       rs1016181       rs1017041       rs1019203       rs1019204       rs1029563       rs1029564       rs1465289       rs1468396       rs1860584       rs1990106       rs1990107      

SEMA3D基因在不同组织中的表达:    [UniProt]

基因在不同组织中的表达图
正向引物序列
正向Tm值
反向引物序列
反向Tm值
评分
ATCGAGAGGAGTTGAAGCC
59
AATCCTTCTTCTGCAAACTTCG
60
TGACCATGTTGTTTCTTCCAG
59
GCAGCAAGTCTTTGTAGGT
58
GAGTTTGTAAGAATGATGTAGGAGG
59
TTGAGCAAATCAGTCTGGC
59
GTTTCTTGGAACAGACATTGGA
59
AGCACTACCTCTTCCATATTCC
60
GTTTGTAAGAATGATGTAGGAGGAC
60
AATTGAGCAAATCAGTCTGGC
60
TGACCATGTTGTTTCTTCCA
58
GCAGCAAGTCTTTGTAGGT
58
CATCGAGAGGAGTTGAAGC
58
ATCCTTCTTCTGCAAACTTCG
59
ACCATGTTGTTTCTTCCAGTC
59
AAGCAGCAAGTCTTTGTAGG
59
GTTTGTAAGAATGATGTAGGAGGAC
60
ATTGAGCAAATCAGTCTGGC
59
      尚未收录相关数据

SEMA3D基因(以及对应的蛋白质)的细胞分布位置:

[UniProt]     [GenomeNet]

" d="M482.414,245.296c3.539,4.293,4.455,10.009,0.202,11 c-4.244,0.996-4.983-10.983-8.293-8.438c-5.271,4.08,9.834,12.271,5.144,17.287c-3.717,3.607-6.172-5.75-10.839-1.976 c-4.673,3.776,6.781,7.299,2.831,11.326c-4.354,4.045-6.979-1.449-9.837-5.517c-1.193-1.742-2.059-3.851-3.595-2.748 c-1.516,1.078-1.854,1.795-0.938,3.666c2.374,4.854,9.235,10.119,5.156,12.535c-5.636,3.346-5.044-8.871-9.426-7.574 c-4.388,1.291,2.557,10.66-1.245,11.141c-4.089,0.545-3.483-10.239-6.979-8.575c-2.522,1.206-0.929,3.071-0.938,4.899 c0.004,1.32-0.964,3.6-2.372,4.062c-3.593,1.171-8.544-1.065-10.251-3.59c-6.04-8.93,0.396-15.997,4.639-7.015 c3.023,4.642,5.182,0.834,2.839-2.219c-1.032-1.354-4.309-5.901-0.781-7.252c2.904-1.113,4.271,1.941,5.985,4.592 c2.61,4.016,5.485,0.117,3.031-3.414c-1.828-2.633-2.74-3.803,3.156-7.42c6.405-4.369,6.52,3.869,10.077,0.646 c2.309-1.832-4.783-5.149,0.06-8.995c2.896-2.293,5.18,6.207,7.961,3.516c3.523-2.737-7.717-7.369,0.117-11.736 C473.413,240.77,480.519,242.891,482.414,245.296z"/> Extracellular space Cytosol Plasma membrane Cytoskeleton Lysosome Endosome Peroxisome ER Golgi Apparatus Nucleus Mitochondrion 0 1 2 3 4 5 Confidence
  • 质膜
  • 细胞质
  • 细胞外
  • 高尔基体
  • 囊泡
  • 细胞骨架
  • 内质网
  • 细胞核
  • 内体
  • 溶酶体
  • 线粒体

SEMA3D基因的本体(GO)信息:

GO库代码
对应的蛋白质
来源代码
GO:0016021
C9JYT6 (UniProtKB)
IEA
GO:0001755
O95025 (UniProtKB)
IBA
GO:0005615
O95025 (UniProtKB)
IBA
GO:0030215
O95025 (UniProtKB)
IBA
GO:0030335
O95025 (UniProtKB)
IBA
GO:0038191
O95025 (UniProtKB)
IBA
GO:0045499
O95025 (UniProtKB)
IBA
GO:0048843
O95025 (UniProtKB)
IBA
GO:0050919
O95025 (UniProtKB)
IBA
GO:0071526
O95025 (UniProtKB)
IBA

可能调控 SEMA3D基因的相关microRNA:     

String

基因与其他基因之间的相互作用关系图
序号 作用方式 资源库来源/分值 基因名称 基因名称
疾病名称 关系值 NofPmids NofSnps 来源
疾病名称 关系值 NofPmids NofSnps 来源
Hirschsprung Disease 0.120271442 1 0 BeFree_ORPHANET
Schizophrenia 0.002638474 2 0 BeFree_GAD
Behcet Syndrome 0.002367032 1 1 GAD
Menopause present (finding) 0.002367032 1 1 GAD
Glioma 0.000271442 1 0 BeFree
Coronary heart disease 0.000271442 1 0 BeFree
Hirschsprung disease 1 0.000271442 1 0 BeFree
Spots on skin 0.000271442 1 0 BeFree
Congenital Heart Defects 0.000271442 1 0 BeFree
Exanthema 0.000271442 1 0 BeFree

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