PCDHAC2 (protocadherin alpha subfamily C, 2)

symbol:
PCDHAC2
locus group:
other
location:
5q31.3
gene_family:
Clustered protocadherins
alias symbol:
PCDH-ALPHA-C2
alias name:
None
entrez id:
56134
ensembl gene id:
ENSG00000243232
ucsc gene id:
uc003lii.4
refseq accession:
NM_018899
hgnc_id:
HGNC:8677
approved reserved:
2000-06-28
5q31.3
基因染色体位置图

PCDHAC2(Protocadherin Alpha Subfamily C2)属于原钙粘蛋白(Protocadherin)基因家族中的α亚家族。原钙粘蛋白是一类跨膜蛋白,主要参与细胞间粘附和信号传导,在神经系统发育中起关键作用,尤其是神经元连接的形成和突触可塑性。PCDHAC2编码的蛋白具有典型的原钙粘蛋白结构域,包括胞外钙粘蛋白重复序列、跨膜区和胞内尾区。该基因主要在脑组织中表达,尤其在神经元中高表达,参与神经回路的建立和维持。PCDHAC2通过同源或异源相互作用介导细胞识别,影响神经元迁移、轴突导向和突触形成。突变或表达异常可能导致神经发育障碍,如自闭症谱系障碍(ASD)和精神分裂症。PCDHAC2过表达可能干扰正常的神经元连接模式,导致突触功能异常或过度兴奋;而表达降低则可能影响神经元存活或突触稳定性,与神经退行性疾病相关。原钙粘蛋白α亚家族的共性包括:通过可变剪接产生多样性、在神经系统特异性表达、参与神经元自我回避和特异性识别。该基因家族成员通过组合表达模式为神经元提供独特的表面识别码,确保神经网络的精确连接。PCDHAC2的异常还可能影响其他神经发育相关基因的表达或功能,如突触蛋白基因或神经递质受体基因。研究表明,PCDHAC2的表观遗传调控异常可能与某些神经精神疾病的发病机制有关。

This gene is a member of the protocadherin alpha gene cluster, one of three related gene clusters tandemly linked on chromosome five that demonstrate an unusual genomic organization similar to that of B-cell and T-cell receptor gene clusters. The alpha gene cluster is composed of 15 cadherin superfamily genes related to the mouse CNR genes and consists of 13 highly similar and 2 more distantly related coding sequences. The tandem array of 15 N-terminal exons, or variable exons, are followed by downstream C-terminal exons, or constant exons, which are shared by all genes in the cluster. The large, uninterrupted N-terminal exons each encode six cadherin ectodomains while the C-terminal exons encode the cytoplasmic domain. These neural cadherin-like cell adhesion proteins are integral plasma membrane proteins that most likely play a critical role in the establishment and function of specific cell-cell connections in the brain. Alternative splicing has been observed and additional variants have been suggested but their full-length nature has yet to be determined. [provided by RefSeq, Jul 2008]

此基因是protocadherinα基因簇的一个成员,的三个相关的基因簇的五个染色体串联连接,展示类似于B细胞和T细胞受体基因簇的一个不寻常的基因组组织之一。阿尔法基因簇是由相关的小鼠的CNR基因15钙粘蛋白家族的基因和由13个高度相似和2更远亲编码序列。 15 N-末端外显子,或外显子可变的串联阵列,后跟下游C末端外显子,或外显子恒定,这是由该集群中的所有基因的共享。大的,不间断的N-末端的每个外显子编码6钙粘蛋白胞外结构域,而C末端的外显子编码的胞质域。这些神经钙粘蛋白样细胞粘附蛋白是一体的质膜蛋白,最有可能发挥在大脑细胞特异性细胞连接的建立和功能起关键作用。选择性剪接已经观察到的和额外的变体已经提出,但它们的全长性质尚未确定。 [由RefSeq的,2008年7月提供]

CCND1基因的碱基序列:[NCBI]
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PCDHAC2基因的碱基突变:           仅显示部分snp
rs14615       rs31749       rs31871       rs31872       rs31873       rs31874       rs155364       rs155365       rs155805       rs155806       rs155807       rs155808       rs155809       rs183824       rs246001       rs246582       rs538022      

PCDHAC2基因在不同组织中的表达:    [UniProt]

基因在不同组织中的表达图
正向引物序列
正向Tm值
反向引物序列
反向Tm值
评分
CCTTTATGCTGTCAACTCCT
58
CTCCACAGTCACAAAGAACTC
59
CAAAGTGGTCAGAATGCTGG
60
CTCTAGGTGCACAGAGCTG
60
TATTCAGCTCTGTGCACCT
59
GACACTTCTCCTGCCTCTG
60
TAATGCAGGAACCAGAGGC
60
CCGTATTTAAAGGTCCAGCTG
59
CAGCTCTGTGCACCTAGAG
60
GACACTTCTCCTGCCTCTG
60
CTGGAGAGGGAGATTCAAGG
59
CACTGGCACTGTTAATGGAG
59
AGGCTAATGCAGGAACCAG
60
ATTTAAAGGTCCAGCTGTTGC
60
GTCAGAATGCTGGGAACCT
60
CTCTAGGTGCACAGAGCTG
60
TCAGAATGCTGGGAACCTG
60
CTCTAGGTGCACAGAGCTG
60
CTGGAGAGGGAGATTCAAGG
59
CACTGGCACTGTTAATGGA
58
      尚未收录相关数据

PCDHAC2基因(以及对应的蛋白质)的细胞分布位置:

[UniProt]     [GenomeNet]

" d="M482.414,245.296c3.539,4.293,4.455,10.009,0.202,11 c-4.244,0.996-4.983-10.983-8.293-8.438c-5.271,4.08,9.834,12.271,5.144,17.287c-3.717,3.607-6.172-5.75-10.839-1.976 c-4.673,3.776,6.781,7.299,2.831,11.326c-4.354,4.045-6.979-1.449-9.837-5.517c-1.193-1.742-2.059-3.851-3.595-2.748 c-1.516,1.078-1.854,1.795-0.938,3.666c2.374,4.854,9.235,10.119,5.156,12.535c-5.636,3.346-5.044-8.871-9.426-7.574 c-4.388,1.291,2.557,10.66-1.245,11.141c-4.089,0.545-3.483-10.239-6.979-8.575c-2.522,1.206-0.929,3.071-0.938,4.899 c0.004,1.32-0.964,3.6-2.372,4.062c-3.593,1.171-8.544-1.065-10.251-3.59c-6.04-8.93,0.396-15.997,4.639-7.015 c3.023,4.642,5.182,0.834,2.839-2.219c-1.032-1.354-4.309-5.901-0.781-7.252c2.904-1.113,4.271,1.941,5.985,4.592 c2.61,4.016,5.485,0.117,3.031-3.414c-1.828-2.633-2.74-3.803,3.156-7.42c6.405-4.369,6.52,3.869,10.077,0.646 c2.309-1.832-4.783-5.149,0.06-8.995c2.896-2.293,5.18,6.207,7.961,3.516c3.523-2.737-7.717-7.369,0.117-11.736 C473.413,240.77,480.519,242.891,482.414,245.296z"/> Extracellular space Cytosol Plasma membrane Cytoskeleton Lysosome Endosome Peroxisome ER Golgi Apparatus Nucleus Mitochondrion 0 1 2 3 4 5 Confidence
  • 质膜
  • 细胞质
  • 细胞外
  • 高尔基体
  • 囊泡
  • 细胞骨架
  • 内质网
  • 细胞核
  • 内体
  • 溶酶体
  • 线粒体

PCDHAC2基因的本体(GO)信息:

GO库代码
对应的蛋白质
来源代码
GO:0005509
Q9Y5I4 (UniProtKB)
IEA
GO:0005887
Q9Y5I4 (UniProtKB)
TAS
GO:0007155
Q9Y5I4 (UniProtKB)
TAS
GO:0007156
Q9Y5I4 (UniProtKB)
IEA
GO:0007399
Q9Y5I4 (UniProtKB)
IEA

可能调控 PCDHAC2基因的相关microRNA:     

String

基因与其他基因之间的相互作用关系图
序号 作用方式 资源库来源/分值 基因名称 基因名称
疾病名称 关系值 NofPmids NofSnps 来源
疾病名称 关系值 NofPmids NofSnps 来源

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山东省济南市 高新区 崇华路359号 三庆世纪财富中心C1115室

电话: 0531-88819269

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