PCDHA5 (protocadherin alpha 5)

symbol:
PCDHA5
locus group:
other
location:
5q31.3
gene_family:
Clustered protocadherins
alias symbol:
CNR6|CRNR6|CNRN6|PCDH-ALPHA5
alias name:
ortholog of mouse CNR6|KIAA0345-li…
entrez id:
56143
ensembl gene id:
ENSG00000204965
ucsc gene id:
uc003lhl.2
refseq accession:
NM_018908
hgnc_id:
HGNC:8671
approved reserved:
2000-06-28
5q31.3
基因染色体位置图

PCDHA5(Protocadherin Alpha 5)是原钙粘蛋白α基因家族(PCDHα家族)的成员之一,属于钙粘蛋白超家族。该基因家族在神经系统中高度表达,主要参与神经元间的识别、突触形成和神经回路建立,对大脑发育和功能至关重要。PCDHA5编码的蛋白质是一种跨膜蛋白,通过钙依赖性细胞粘附机制介导细胞间相互作用,其胞外结构域含有多个钙粘蛋白重复序列,能够与其他原钙粘蛋白或钙粘蛋白结合,从而调控神经元的连接特异性。PCDHA5在神经元轴突导向、树突形态发生和突触可塑性中发挥关键作用,尤其在建立神经元的特异性连接模式中具有选择性功能。PCDHA5的突变或表达异常可能导致神经发育障碍,如自闭症谱系障碍(ASD)、精神分裂症和智力障碍等。研究发现,PCDHA5的某些单核苷酸多态性(SNPs)与精神疾病风险相关,而缺失突变可能破坏神经网络的正常形成。PCDHA5过表达可能增强神经元间的异常连接,导致神经回路功能紊乱,而表达降低则可能损害突触稳定性和神经信号传递。PCDHα基因家族的共性包括:均由多个可变外显子编码胞外结构域,通过启动子选择实现单等位基因表达(每个神经元随机表达特定亚型),从而为神经系统提供巨大的分子多样性以支持复杂的神经连接模式。此外,PCDHA5可能通过表观遗传调控(如DNA甲基化)影响神经发育相关基因的表达。该基因在癌症中的异常表达也有报道,可能通过改变细胞粘附特性促进肿瘤转移。

This gene is a member of the protocadherin alpha gene cluster, one of three related gene clusters tandemly linked on chromosome five that demonstrate an unusual genomic organization similar to that of B-cell and T-cell receptor gene clusters. The alpha gene cluster is composed of 15 cadherin superfamily genes related to the mouse CNR genes and consists of 13 highly similar and 2 more distantly related coding sequences. The tandem array of 15 N-terminal exons, or variable exons, are followed by downstream C-terminal exons, or constant exons, which are shared by all genes in the cluster. The large, uninterrupted N-terminal exons each encode six cadherin ectodomains while the C-terminal exons encode the cytoplasmic domain. These neural cadherin-like cell adhesion proteins are integral plasma membrane proteins that most likely play a critical role in the establishment and function of specific cell-cell connections in the brain. Alternative splicing has been observed and additional variants have been suggested but their full-length nature has yet to be determined. [provided by RefSeq, Jul 2008]

此基因是protocadherinα基因簇的一个成员,的三个相关的基因簇的五个染色体串联连接,展示类似于B细胞和T细胞受体基因簇的一个不寻常的基因组组织之一。阿尔法基因簇是由相关的小鼠的CNR基因15钙粘蛋白家族的基因和由13个高度相似和2更远亲编码序列。 15 N-末端外显子,或外显子可变的串联阵列,后跟下游C末端外显子,或外显子恒定,这是由该集群中的所有基因的共享。大的,不间断的N-末端的每个外显子编码6钙粘蛋白胞外结构域,而C末端的外显子编码的胞质域。这些神经钙粘蛋白样细胞粘附蛋白是一体的质膜蛋白,最有可能发挥在大脑细胞特异性细胞连接的建立和功能起关键作用。选择性剪接已经观察到的和额外的变体已经提出,但它们的全长性质尚未确定。 [由RefSeq的,2008年7月提供]

CCND1基因的碱基序列:[NCBI]
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PCDHA5基因的碱基突变:           仅显示部分snp
rs14615       rs31749       rs31871       rs31872       rs31873       rs31874       rs56002       rs56003       rs59479       rs151988       rs155358       rs155359       rs155360       rs155361       rs155362       rs155363       rs155364      

PCDHA5基因在不同组织中的表达:    [UniProt]

基因在不同组织中的表达图
正向引物序列
正向Tm值
反向引物序列
反向Tm值
评分
TTAGTGATTGCAACTGATGGAG
59
TGATCAACAACTGAACTGTACC
59
CTCTACAGACAACCCACGA
59
CTCCTCTAGGTGCACAGAG
59
CTCTACAGACAACCCACGA
59
CTCCTCTAGGTGCACAGAG
59
TCTACAGACAACCCACGAC
59
CTCCTCTAGGTGCACAGAG
59
TCTACAGACAACCCACGAC
59
CTCCTCTAGGTGCACAGAG
59
ACCCGAACTAACAGGTACAG
59
GGCGTTATCATTAGCATCCA
58
CCCGAACTAACAGGTACAG
57
GGGCGTTATCATTAGCATCC
59
TACAGACAACCCACGACAG
59
CTCCTCTAGGTGCACAGAG
59
TACAGACAACCCACGACAG
59
CTCCTCTAGGTGCACAGAG
59
      尚未收录相关数据

PCDHA5基因(以及对应的蛋白质)的细胞分布位置:

[UniProt]     [GenomeNet]

" d="M482.414,245.296c3.539,4.293,4.455,10.009,0.202,11 c-4.244,0.996-4.983-10.983-8.293-8.438c-5.271,4.08,9.834,12.271,5.144,17.287c-3.717,3.607-6.172-5.75-10.839-1.976 c-4.673,3.776,6.781,7.299,2.831,11.326c-4.354,4.045-6.979-1.449-9.837-5.517c-1.193-1.742-2.059-3.851-3.595-2.748 c-1.516,1.078-1.854,1.795-0.938,3.666c2.374,4.854,9.235,10.119,5.156,12.535c-5.636,3.346-5.044-8.871-9.426-7.574 c-4.388,1.291,2.557,10.66-1.245,11.141c-4.089,0.545-3.483-10.239-6.979-8.575c-2.522,1.206-0.929,3.071-0.938,4.899 c0.004,1.32-0.964,3.6-2.372,4.062c-3.593,1.171-8.544-1.065-10.251-3.59c-6.04-8.93,0.396-15.997,4.639-7.015 c3.023,4.642,5.182,0.834,2.839-2.219c-1.032-1.354-4.309-5.901-0.781-7.252c2.904-1.113,4.271,1.941,5.985,4.592 c2.61,4.016,5.485,0.117,3.031-3.414c-1.828-2.633-2.74-3.803,3.156-7.42c6.405-4.369,6.52,3.869,10.077,0.646 c2.309-1.832-4.783-5.149,0.06-8.995c2.896-2.293,5.18,6.207,7.961,3.516c3.523-2.737-7.717-7.369,0.117-11.736 C473.413,240.77,480.519,242.891,482.414,245.296z"/> Extracellular space Cytosol Plasma membrane Cytoskeleton Lysosome Endosome Peroxisome ER Golgi Apparatus Nucleus Mitochondrion 0 1 2 3 4 5 Confidence
  • 质膜
  • 细胞质
  • 细胞外
  • 高尔基体
  • 囊泡
  • 细胞骨架
  • 内质网
  • 细胞核
  • 内体
  • 溶酶体
  • 线粒体

PCDHA5基因的本体(GO)信息:

GO库代码
对应的蛋白质
来源代码
GO:0005509
Q9Y5H7 (UniProtKB)
IEA
GO:0005887
Q9Y5H7 (UniProtKB)
TAS
GO:0007155
Q9Y5H7 (UniProtKB)
TAS
GO:0007156
Q9Y5H7 (UniProtKB)
IEA
GO:0007399
Q9Y5H7 (UniProtKB)
TAS

可能调控 PCDHA5基因的相关microRNA:     

IntAct

mentha

基因与其他基因之间的相互作用关系图
序号 作用方式 资源库来源/分值 基因名称 基因名称
疾病名称 关系值 NofPmids NofSnps 来源
疾病名称 关系值 NofPmids NofSnps 来源

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电话: 0531-88819269

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