PCDHA3 (protocadherin alpha 3)

symbol:
PCDHA3
locus group:
other
location:
5q31.3
gene_family:
Clustered protocadherins
alias symbol:
PCDH-ALPHA3
alias name:
KIAA0345-like 11
entrez id:
56145
ensembl gene id:
ENSG00000255408
ucsc gene id:
uc003lhf.2
refseq accession:
NM_018906
hgnc_id:
HGNC:8669
approved reserved:
2000-06-28
5q31.3
基因染色体位置图

PCDHA3属于原钙粘蛋白α(protocadherin alpha,PCDHα)基因家族,该家族是钙粘蛋白超家族的重要成员,主要参与细胞间粘附和信号传导。PCDHα家族由多个紧密串联排列的基因组成,其特点是具有高度相似的胞外钙粘蛋白重复结构域,但可变胞内域赋予其功能特异性。PCDHA3编码的蛋白在神经系统中高度表达,尤其在突触形成、神经元迁移和神经回路建立中起关键作用。它通过同源或异源相互作用介导神经元间的特异性识别,帮助建立精确的神经网络连接。PCDHA3的突变可能导致其粘附功能异常,与自闭症谱系障碍、精神分裂症等神经发育疾病相关。研究表明,PCDHA3表达降低会破坏神经元间连接稳定性,影响突触可塑性,导致学习记忆障碍;而过表达可能干扰正常神经回路形成,引发异常电活动。该基因还参与肿瘤抑制,在多种癌症中呈现表达下调。PCDHα家族成员通过组合表达模式为神经元提供表面识别码,这种机制对大脑复杂神经网络的建立至关重要。家族共性包括:含有6-7个胞外钙粘蛋白重复域、单个跨膜区和保守的胞内域,通过钙依赖性方式介导细胞间相互作用。PCDHA3与家族其他成员协同调控神经发育,其表达受表观遗传机制严格调控。最新研究发现PCDHA3多态性与药物成瘾易感性存在关联,提示其在神经适应性方面的广泛作用。

This gene is a member of the protocadherin alpha gene cluster, one of three related gene clusters tandemly linked on chromosome five that demonstrate an unusual genomic organization similar to that of B-cell and T-cell receptor gene clusters. The alpha gene cluster is composed of 15 cadherin superfamily genes related to the mouse CNR genes and consists of 13 highly similar and 2 more distantly related coding sequences. The tandem array of 15 N-terminal exons, or variable exons, are followed by downstream C-terminal exons, or constant exons, which are shared by all genes in the cluster. The large, uninterrupted N-terminal exons each encode six cadherin ectodomains while the C-terminal exons encode the cytoplasmic domain. These neural cadherin-like cell adhesion proteins are integral plasma membrane proteins that most likely play a critical role in the establishment and function of specific cell-cell connections in the brain. Alternative splicing has been observed and additional variants have been suggested but their full-length nature has yet to be determined. [provided by RefSeq, Jul 2008]

此基因是protocadherinα基因簇的一个成员,的三个相关的基因簇的五个染色体串联连接,展示类似于B细胞和T细胞受体基因簇的一个不寻常的基因组组织之一。阿尔法基因簇是由相关的小鼠的CNR基因15钙粘蛋白家族的基因和由13个高度相似和2更远亲编码序列。 15 N-末端外显子,或外显子可变的串联阵列,后跟下游C末端外显子,或外显子恒定,这是由该集群中的所有基因的共享。大的,不间断的N-末端的每个外显子编码6钙粘蛋白胞外结构域,而C末端的外显子编码的胞质域。这些神经钙粘蛋白样细胞粘附蛋白是一体的质膜蛋白,最有可能发挥在大脑细胞特异性细胞连接的建立和功能起关键作用。选择性剪接已经观察到的和额外的变体已经提出,但它们的全长性质尚未确定。 [由RefSeq的,2008年7月提供]

CCND1基因的碱基序列:[NCBI]
Loading Gene Browser...
PCDHA3基因的碱基突变:           仅显示部分snp
rs14615       rs31749       rs31871       rs31872       rs31873       rs31874       rs56002       rs56003       rs59479       rs151988       rs155358       rs155359       rs155360       rs155361       rs155362       rs155363       rs155364      

PCDHA3基因在不同组织中的表达:    [UniProt]

基因在不同组织中的表达图
正向引物序列
正向Tm值
反向引物序列
反向Tm值
评分
AGGAGAAACAGGATGTGGAC
60
CTCTAGGTGCACAGAGCTG
60
CCACGGATAAAGGAAATCCC
59
TCCACAATTTCGAGTAGAACTG
59
AGAAACAGGATGTGGACGT
59
CTCTAGGTGCACAGAGCTG
60
AAGGGTAACATAGATTTCGAGG
58
TATCCGTGGCTTCTACCTG
59
AGGATGTGGACGTTGATCTC
60
CTCTAGGTGCACAGAGCTG
60
TTTAGCCCTAGCCTTCCTC
59
CCACATCCTGTTTCTCCTC
58
      尚未收录相关数据

PCDHA3基因(以及对应的蛋白质)的细胞分布位置:

[UniProt]     [GenomeNet]

" d="M482.414,245.296c3.539,4.293,4.455,10.009,0.202,11 c-4.244,0.996-4.983-10.983-8.293-8.438c-5.271,4.08,9.834,12.271,5.144,17.287c-3.717,3.607-6.172-5.75-10.839-1.976 c-4.673,3.776,6.781,7.299,2.831,11.326c-4.354,4.045-6.979-1.449-9.837-5.517c-1.193-1.742-2.059-3.851-3.595-2.748 c-1.516,1.078-1.854,1.795-0.938,3.666c2.374,4.854,9.235,10.119,5.156,12.535c-5.636,3.346-5.044-8.871-9.426-7.574 c-4.388,1.291,2.557,10.66-1.245,11.141c-4.089,0.545-3.483-10.239-6.979-8.575c-2.522,1.206-0.929,3.071-0.938,4.899 c0.004,1.32-0.964,3.6-2.372,4.062c-3.593,1.171-8.544-1.065-10.251-3.59c-6.04-8.93,0.396-15.997,4.639-7.015 c3.023,4.642,5.182,0.834,2.839-2.219c-1.032-1.354-4.309-5.901-0.781-7.252c2.904-1.113,4.271,1.941,5.985,4.592 c2.61,4.016,5.485,0.117,3.031-3.414c-1.828-2.633-2.74-3.803,3.156-7.42c6.405-4.369,6.52,3.869,10.077,0.646 c2.309-1.832-4.783-5.149,0.06-8.995c2.896-2.293,5.18,6.207,7.961,3.516c3.523-2.737-7.717-7.369,0.117-11.736 C473.413,240.77,480.519,242.891,482.414,245.296z"/> Extracellular space Cytosol Plasma membrane Cytoskeleton Lysosome Endosome Peroxisome ER Golgi Apparatus Nucleus Mitochondrion 0 1 2 3 4 5 Confidence
  • 质膜
  • 细胞质
  • 细胞外
  • 高尔基体
  • 囊泡
  • 细胞骨架
  • 内质网
  • 细胞核
  • 内体
  • 溶酶体
  • 线粒体

PCDHA3基因的本体(GO)信息:

GO库代码
对应的蛋白质
来源代码
GO:0005509
Q9Y5H8 (UniProtKB)
IEA
GO:0005887
Q9Y5H8 (UniProtKB)
TAS
GO:0007155
Q9Y5H8 (UniProtKB)
TAS
GO:0007156
Q9Y5H8 (UniProtKB)
IEA
GO:0007399
Q9Y5H8 (UniProtKB)
TAS

可能调控 PCDHA3基因的相关microRNA:     

IntAct

mentha

基因与其他基因之间的相互作用关系图
序号 作用方式 资源库来源/分值 基因名称 基因名称
疾病名称 关系值 NofPmids NofSnps 来源
疾病名称 关系值 NofPmids NofSnps 来源
Spontaneous abortion 0.12 1 0 CTD_human
Schizophrenia 0.002367032 1 0 GAD

联系方式

山东省济南市 高新区 崇华路359号 三庆世纪财富中心C1115室

电话: 0531-88819269

E-mail: product@genelibs.com

微信公众号

关注微信订阅号,实时查看信息,关注医学生物学动态。