PCDHA12 (protocadherin alpha 12)

symbol:
PCDHA12
locus group:
other
location:
5q31.3
gene_family:
Clustered protocadherins
alias symbol:
PCDH-ALPHA12
alias name:
KIAA0345-like 2
entrez id:
56137
ensembl gene id:
ENSG00000251664
ucsc gene id:
uc003lic.4
refseq accession:
NM_018903
hgnc_id:
HGNC:8666
approved reserved:
2000-06-28
5q31.3

PCDHA12(Protocadherin Alpha 12)属于原钙粘蛋白α基因家族(PCDHα家族),该家族是钙粘蛋白超家族的重要分支,主要参与细胞间粘附和信号传导,尤其在神经系统中发挥关键作用。PCDHα家族成员通常具有6个胞外钙粘蛋白重复结构域、一个跨膜区和一个保守的胞内结构域,其特点是基因组中紧密串联排列并通过可变剪接产生多样性,这种特性使其在神经突触形成、神经元迁移和神经回路特异性连接中起重要作用。PCDHA12编码的蛋白作为一种跨膜蛋白,通过同源或异源相互作用介导神经元间的选择性识别,对大脑发育和神经网络精确组装至关重要。该基因突变可能导致突触功能异常,与自闭症谱系障碍(ASD)、精神分裂症等神经发育疾病相关,某些错义突变会破坏其粘附功能,影响神经元通讯。PCDHA12过表达可能干扰正常神经连接模式,导致突触过度形成或错误导向,而表达降低则可能引发突触修剪缺陷或神经回路紊乱。研究还发现PCDHα家族基因(包括PCDHA12)的表观遗传沉默与多种癌症转移相关,可能通过影响细胞粘附促进肿瘤侵袭。该基因在非神经组织如睾丸中也有表达,暗示其可能参与生殖系统功能。家族成员间高度相似的胞内结构域可激活相同的下游信号通路(如Wnt或NF-κB),但胞外域的变异赋予各自特异的结合特性,这种"可变胞外域+保守胞内域"的设计使PCDHα家族既能维持基础功能又实现神经连接的多样性。

This gene is a member of the protocadherin alpha gene cluster, one of three related gene clusters tandemly linked on chromosome five that demonstrate an unusual genomic organization similar to that of B-cell and T-cell receptor gene clusters. The alpha gene cluster is composed of 15 cadherin superfamily genes related to the mouse CNR genes and consists of 13 highly similar and 2 more distantly related coding sequences. The tandem array of 15 N-terminal exons, or variable exons, are followed by downstream C-terminal exons, or constant exons, which are shared by all genes in the cluster. The large, uninterrupted N-terminal exons each encode six cadherin ectodomains while the C-terminal exons encode the cytoplasmic domain. These neural cadherin-like cell adhesion proteins are integral plasma membrane proteins that most likely play a critical role in the establishment and function of specific cell-cell connections in the brain. Alternative splicing has been observed and additional variants have been suggested but their full-length nature has yet to be determined. [provided by RefSeq, Jul 2008]

此基因是protocadherinα基因簇的一个成员,的三个相关的基因簇的五个染色体串联连接,展示类似于B细胞和T细胞受体基因簇的一个不寻常的基因组组织之一。阿尔法基因簇是由相关的小鼠的CNR基因15钙粘蛋白家族的基因和由13个高度相似和2更远亲编码序列。 15 N-末端外显子,或外显子可变的串联阵列,后跟下游C末端外显子,或外显子恒定,这是由该集群中的所有基因的共享。大的,不间断的N-末端的每个外显子编码6钙粘蛋白胞外结构域,而C末端的外显子编码的胞质域。这些神经钙粘蛋白样细胞粘附蛋白是一体的质膜蛋白,最有可能发挥在大脑细胞特异性细胞连接的建立和功能起关键作用。选择性剪接已经观察到的和额外的变体已经提出,但它们的全长性质尚未确定。 [由RefSeq的,2008年7月提供]

PCDHA12基因的碱基序列:[NCBI]
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PCDHA12基因的碱基突变:           仅显示部分snp
rs14615       rs31749       rs31871       rs31872       rs31873       rs31874       rs56002       rs56003       rs59479       rs151988       rs155358       rs155359       rs155360       rs155361       rs155362       rs155363       rs155364      

PCDHA12基因在不同组织中的表达:    [UniProt]

基因在不同组织中的表达图
正向引物序列
正向Tm值
反向引物序列
反向Tm值
评分
GAGAAGATTGTTTAAATCCTCCCAG
60
CTCTAGGTGCACAGAGCTG
60
GCGGTAAACCAGAACTAACAG
59
TCATTCACATCCAGGACGG
60
AACGACACAAGAGTGATCCA
59
TTTCTCCATTAAGTCCTTCGTC
58
TAAATCCTCCCAGTGAACCAC
60
CTCCTCTAGGTGCACAGAG
59
TCACTGACACCTCATGTTCC
60
CCAACGAGTAGTAATTCTTGTAGG
59
AATCCTCCCAGTGAACCAC
59
CTCCTCTAGGTGCACAGAG
59
      尚未收录相关数据

PCDHA12基因(以及对应的蛋白质)的细胞分布位置:

[UniProt]     [GenomeNet]

" d="M482.414,245.296c3.539,4.293,4.455,10.009,0.202,11 c-4.244,0.996-4.983-10.983-8.293-8.438c-5.271,4.08,9.834,12.271,5.144,17.287c-3.717,3.607-6.172-5.75-10.839-1.976 c-4.673,3.776,6.781,7.299,2.831,11.326c-4.354,4.045-6.979-1.449-9.837-5.517c-1.193-1.742-2.059-3.851-3.595-2.748 c-1.516,1.078-1.854,1.795-0.938,3.666c2.374,4.854,9.235,10.119,5.156,12.535c-5.636,3.346-5.044-8.871-9.426-7.574 c-4.388,1.291,2.557,10.66-1.245,11.141c-4.089,0.545-3.483-10.239-6.979-8.575c-2.522,1.206-0.929,3.071-0.938,4.899 c0.004,1.32-0.964,3.6-2.372,4.062c-3.593,1.171-8.544-1.065-10.251-3.59c-6.04-8.93,0.396-15.997,4.639-7.015 c3.023,4.642,5.182,0.834,2.839-2.219c-1.032-1.354-4.309-5.901-0.781-7.252c2.904-1.113,4.271,1.941,5.985,4.592 c2.61,4.016,5.485,0.117,3.031-3.414c-1.828-2.633-2.74-3.803,3.156-7.42c6.405-4.369,6.52,3.869,10.077,0.646 c2.309-1.832-4.783-5.149,0.06-8.995c2.896-2.293,5.18,6.207,7.961,3.516c3.523-2.737-7.717-7.369,0.117-11.736 C473.413,240.77,480.519,242.891,482.414,245.296z"/> Extracellular space Cytosol Plasma membrane Cytoskeleton Lysosome Endosome Peroxisome ER Golgi Apparatus Nucleus Mitochondrion 0 1 2 3 4 5 Confidence
  • 质膜
  • 细胞质
  • 细胞外
  • 高尔基体
  • 囊泡
  • 细胞骨架
  • 内质网
  • 细胞核
  • 内体
  • 溶酶体
  • 线粒体

PCDHA12基因的本体(GO)信息:

GO库代码
对应的蛋白质
来源代码
GO:0007156
Q9UN75 (UniProtKB)
IEA

可能调控 PCDHA12基因的相关microRNA:     

IntAct

mentha

基因与其他基因之间的相互作用关系图
序号 作用方式 资源库来源/分值 基因名称 基因名称
疾病名称 关系值 NofPmids NofSnps 来源
疾病名称 关系值 NofPmids NofSnps 来源

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