PCDHA11 (protocadherin alpha 11)

symbol:
PCDHA11
locus group:
other
location:
5q31.3
gene_family:
Clustered protocadherins
alias symbol:
CNR7|CRNR7|CNRN7|PCDH-ALPHA11
alias name:
KIAA0345-like 3|ortholog of mouse …
entrez id:
56138
ensembl gene id:
ENSG00000249158
ucsc gene id:
uc003lia.4
refseq accession:
NM_018902
hgnc_id:
HGNC:8665
approved reserved:
2000-06-28
5q31.3
基因染色体位置图

PCDHA11属于原钙粘蛋白α(protocadherin alpha,PCDHA)基因家族,该家族是钙粘蛋白超家族的重要分支,主要参与中枢神经系统的发育和功能调控。PCDHA基因家族共有15个成员(PCDHA1-PCDHA13、PCDHAC1和PCDHAC2),它们通过可变外显子的选择性剪接产生大量异构体,这种多样性使神经元能够建立特异的细胞间连接,对神经回路的形成和突触可塑性至关重要。PCDHA11编码的蛋白质具有典型的原钙粘蛋白结构特征,包括6个细胞外钙粘蛋白重复序列、一个跨膜结构域和一个相对保守的胞内区,主要通过同源亲和性相互作用介导细胞识别与粘附。该基因在脑组织中高表达,尤其在发育中的大脑皮层、海马和小脑中发挥重要作用,参与轴突导向、树突形态发生和突触特异性建立等过程。PCDHA11的突变可能导致其细胞粘附功能异常,与自闭症谱系障碍、精神分裂症等神经发育疾病相关,某些错义突变会破坏蛋白质折叠或钙离子结合能力,进而影响神经元迁移和环路组装。当PCDHA11过表达时,可能增强神经元间的异常连接,导致神经活动失衡;而表达降低则可能引起突触稳定性下降,影响学习记忆功能。值得注意的是,PCDHA基因簇采用独特的"一个基因一个启动子"调控机制,使得每个神经元随机选择表达特定的PCDHA亚型,这种单等位基因表达模式为神经系统提供了巨大的分子多样性,是神经细胞身份识别的重要基础。该基因家族成员虽然胞内结构域较短且缺乏经典钙粘蛋白的β-连环蛋白结合位点,但能通过与其他跨膜蛋白(如酪氨酸磷酸酶PTPδ)相互作用参与细胞内信号传导。最新研究发现PCDHA11可能通过调节Wnt/β-catenin通路影响神经前体细胞的增殖分化,其表达异常还与胶质瘤等神经系统肿瘤的侵袭性相关。

This gene is a member of the protocadherin alpha gene cluster, one of three related gene clusters tandemly linked on chromosome five that demonstrate an unusual genomic organization similar to that of B-cell and T-cell receptor gene clusters. The alpha gene cluster is composed of 15 cadherin superfamily genes related to the mouse CNR genes and consists of 13 highly similar and 2 more distantly related coding sequences. The tandem array of 15 N-terminal exons, or variable exons, are followed by downstream C-terminal exons, or constant exons, which are shared by all genes in the cluster. The large, uninterrupted N-terminal exons each encode six cadherin ectodomains while the C-terminal exons encode the cytoplasmic domain. These neural cadherin-like cell adhesion proteins are integral plasma membrane proteins that most likely play a critical role in the establishment and function of specific cell-cell connections in the brain. Alternative splicing has been observed and additional variants have been suggested but their full-length nature has yet to be determined. [provided by RefSeq, Jul 2008]

此基因是protocadherinα基因簇的一个成员,的三个相关的基因簇的五个染色体串联连接,展示类似于B细胞和T细胞受体基因簇的一个不寻常的基因组组织之一。阿尔法基因簇是由相关的小鼠的CNR基因15钙粘蛋白家族的基因和由13个高度相似和2更远亲编码序列。 15 N-末端外显子,或外显子可变的串联阵列,后跟下游C末端外显子,或外显子恒定,这是由该集群中的所有基因的共享。大的,不间断的N-末端的每个外显子编码6钙粘蛋白胞外结构域,而C末端的外显子编码的胞质域。这些神经钙粘蛋白样细胞粘附蛋白是一体的质膜蛋白,最有可能发挥在大脑细胞特异性细胞连接的建立和功能起关键作用。选择性剪接已经观察到的和额外的变体已经提出,但它们的全长性质尚未确定。 [由RefSeq的,2008年7月提供]

CCND1基因的碱基序列:[NCBI]
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PCDHA11基因的碱基突变:           仅显示部分snp
rs14615       rs31749       rs31871       rs31872       rs31873       rs31874       rs56002       rs56003       rs59479       rs151988       rs155358       rs155359       rs155360       rs155361       rs155362       rs155363       rs155364      

PCDHA11基因在不同组织中的表达:    [UniProt]

基因在不同组织中的表达图
正向引物序列
正向Tm值
反向引物序列
反向Tm值
评分
CCTCTAGGTCTGAATAAAGAGGAG
60
CTCTAGGTGCACAGAGCTG
60
CCTCTAGGTCTGAATAAAGAGGAG
60
CTCTAGGTGCACAGAGCTG
60
TTGTGCTCAAACTAAACGCC
60
GAGTATGTTACCTCTCCATTGAC
59
CTCTAGGTCTGAATAAAGAGGAGG
60
CTCTAGGTGCACAGAGCTG
60
CTCTAGGTCTGAATAAAGAGGAGG
60
CTCTAGGTGCACAGAGCTG
60
GCGGAATCTAAGCAATCGG
59
CAATGTCAGCATCAGAAGCTC
60
TCTGAATAAAGAGGAGGAAGGG
59
CTCTAGGTGCACAGAGCTG
60
TCTGAATAAAGAGGAGGAAGGG
59
CTCTAGGTGCACAGAGCTG
60
TAAGCCCAATGGAAGACAC
57
ATTGACCCTCACTTCTCCA
58
      尚未收录相关数据

PCDHA11基因(以及对应的蛋白质)的细胞分布位置:

[UniProt]     [GenomeNet]

" d="M482.414,245.296c3.539,4.293,4.455,10.009,0.202,11 c-4.244,0.996-4.983-10.983-8.293-8.438c-5.271,4.08,9.834,12.271,5.144,17.287c-3.717,3.607-6.172-5.75-10.839-1.976 c-4.673,3.776,6.781,7.299,2.831,11.326c-4.354,4.045-6.979-1.449-9.837-5.517c-1.193-1.742-2.059-3.851-3.595-2.748 c-1.516,1.078-1.854,1.795-0.938,3.666c2.374,4.854,9.235,10.119,5.156,12.535c-5.636,3.346-5.044-8.871-9.426-7.574 c-4.388,1.291,2.557,10.66-1.245,11.141c-4.089,0.545-3.483-10.239-6.979-8.575c-2.522,1.206-0.929,3.071-0.938,4.899 c0.004,1.32-0.964,3.6-2.372,4.062c-3.593,1.171-8.544-1.065-10.251-3.59c-6.04-8.93,0.396-15.997,4.639-7.015 c3.023,4.642,5.182,0.834,2.839-2.219c-1.032-1.354-4.309-5.901-0.781-7.252c2.904-1.113,4.271,1.941,5.985,4.592 c2.61,4.016,5.485,0.117,3.031-3.414c-1.828-2.633-2.74-3.803,3.156-7.42c6.405-4.369,6.52,3.869,10.077,0.646 c2.309-1.832-4.783-5.149,0.06-8.995c2.896-2.293,5.18,6.207,7.961,3.516c3.523-2.737-7.717-7.369,0.117-11.736 C473.413,240.77,480.519,242.891,482.414,245.296z"/> Extracellular space Cytosol Plasma membrane Cytoskeleton Lysosome Endosome Peroxisome ER Golgi Apparatus Nucleus Mitochondrion 0 1 2 3 4 5 Confidence
  • 质膜
  • 细胞质
  • 细胞外
  • 高尔基体
  • 囊泡
  • 细胞骨架
  • 内质网
  • 细胞核
  • 内体
  • 溶酶体
  • 线粒体

PCDHA11基因的本体(GO)信息:

GO库代码
对应的蛋白质
来源代码
GO:0005509
Q9Y5I1 (UniProtKB)
IEA
GO:0005887
Q9Y5I1 (UniProtKB)
TAS
GO:0007155
Q9Y5I1 (UniProtKB)
TAS
GO:0007156
Q9Y5I1 (UniProtKB)
IEA
GO:0007399
Q9Y5I1 (UniProtKB)
TAS

可能调控 PCDHA11基因的相关microRNA:     

IntAct

mentha

基因与其他基因之间的相互作用关系图
序号 作用方式 资源库来源/分值 基因名称 基因名称
疾病名称 关系值 NofPmids NofSnps 来源
疾病名称 关系值 NofPmids NofSnps 来源

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电话: 0531-88819269

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