PCDHA1 (protocadherin alpha 1)

symbol:
PCDHA1
locus group:
other
location:
5q31.3
gene_family:
Clustered protocadherins
alias symbol:
None
alias name:
KIAA0345-like 13
entrez id:
56147
ensembl gene id:
ENSG00000204970
ucsc gene id:
uc003lhb.4
refseq accession:
NM_018900
hgnc_id:
HGNC:8663
approved reserved:
2000-06-28
5q31.3
基因染色体位置图

PCDHA1(Protocadherin Alpha 1)属于原钙粘蛋白α基因家族(PCDHα家族),该家族是原钙粘蛋白超家族的一部分,主要参与细胞间粘附和信号传导,尤其在神经系统中发挥关键作用。PCDHα家族成员具有高度相似的胞外结构域,包含多个钙粘蛋白重复序列,能够介导同源或异源相互作用,但其胞内结构域较短,通常通过与其他蛋白质相互作用传递信号。PCDHA1主要在神经系统中表达,尤其在神经元中,参与突触形成、神经元迁移和神经回路建立等过程,对大脑发育和功能至关重要。PCDHA1通过其胞外结构域与其他原钙粘蛋白或钙粘蛋白相互作用,促进神经元之间的特异性识别和连接,而其胞内结构域可能参与细胞内信号传导或细胞骨架重组。PCDHA1的突变可能导致其功能异常,影响神经元连接和突触可塑性,与神经发育障碍如自闭症谱系障碍(ASD)、精神分裂症和智力障碍等疾病相关。某些研究表明,PCDHA1的突变可能破坏神经元网络的正常形成,导致认知和行为异常。PCDHA1的过表达可能增强神经元之间的粘附,但过度连接可能干扰神经回路的精确性,影响信息处理;而表达降低可能导致突触稳定性下降或神经元迁移缺陷,进而影响神经发育。PCDHA1与其他PCDH家族成员(如PCDHB和PCDHG家族)协同作用,共同调控神经系统的发育和功能。PCDH家族成员的共性包括参与细胞间识别、粘附和信号传导,尤其在神经系统中调控神经元多样性、突触特异性和神经网络组装。PCDHA1的功能异常或表达失调可能通过影响神经元连接和突触功能,间接影响其他基因的表达或信号通路,如Wnt或NF-κB通路,从而进一步扰乱神经发育或稳态。研究PCDHA1及其家族成员有助于理解神经发育疾病的机制,并为相关治疗策略提供潜在靶点。

This gene is a member of the protocadherin alpha gene cluster, one of three related gene clusters tandemly linked on chromosome five that demonstrate an unusual genomic organization similar to that of B-cell and T-cell receptor gene clusters. The alpha gene cluster is composed of 15 cadherin superfamily genes related to the mouse CNR genes and consists of 13 highly similar and 2 more distantly related coding sequences. The tandem array of 15 N-terminal exons, or variable exons, are followed by downstream C-terminal exons, or constant exons, which are shared by all genes in the cluster. The large, uninterrupted N-terminal exons each encode six cadherin ectodomains while the C-terminal exons encode the cytoplasmic domain. These neural cadherin-like cell adhesion proteins are integral plasma membrane proteins that most likely play a critical role in the establishment and function of specific cell-cell connections in the brain. Alternative splicing has been observed and additional variants have been suggested but their full-length nature has yet to be determined. [provided by RefSeq, Jul 2008]

此基因是protocadherinα基因簇的一个成员,的三个相关的基因簇的五个染色体串联连接,展示类似于B细胞和T细胞受体基因簇的一个不寻常的基因组组织之一。阿尔法基因簇是由相关的小鼠的CNR基因15钙粘蛋白家族的基因和由13个高度相似和2更远亲编码序列。 15 N-末端外显子,或外显子可变的串联阵列,后跟下游C末端外显子,或外显子恒定,这是由该集群中的所有基因的共享。大的,不间断的N-末端的每个外显子编码6钙粘蛋白胞外结构域,而C末端的外显子编码的胞质域。这些神经钙粘蛋白样细胞粘附蛋白是一体的质膜蛋白,最有可能发挥在大脑细胞特异性细胞连接的建立和功能起关键作用。选择性剪接已经观察到的和额外的变体已经提出,但它们的全长性质尚未确定。 [由RefSeq的,2008年7月提供]

CCND1基因的碱基序列:[NCBI]
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PCDHA1基因的碱基突变:           仅显示部分snp
rs14615       rs31749       rs31871       rs31872       rs31873       rs31874       rs56002       rs56003       rs59479       rs151988       rs155358       rs155359       rs155360       rs155361       rs155362       rs155363       rs155364      

PCDHA1基因在不同组织中的表达:    [UniProt]

基因在不同组织中的表达图
正向引物序列
正向Tm值
反向引物序列
反向Tm值
评分
TCTGGTAATCCACGACAGC
60
CTCCTCTAGGTGCACAGAG
59
GATCTTTCTGGTAATCCACGAC
59
CTCCTCTAGGTGCACAGAG
59
TACTACTCGTTGGTGTTGGAC
60
CCAGCTCATAGACCGACAG
60
CTGTCGAACTACGTGTCAG
58
CTCTAGGTGCACAGAGCTG
60
CCAGGCCTATCTCCAAGTC
59
CTCTAGGTGCACAGAGCTG
60
GACATTGGTGCTAACGCTC
59
CCAAAGAGAAATAATCACTCGGG
60
CTTTCTGGTAATCCACGACAG
59
CTCCTCTAGGTGCACAGAG
59
GTCGAACTACGTGTCAGTG
58
CTCTAGGTGCACAGAGCTG
60
GAACAACCAGAAGCAAATTTGG
59
CTCTAGGTGCACAGAGCTG
60
TCTGGTAATCCACGACAGC
60
CTCCTCTAGGTGCACAGAG
59
      尚未收录相关数据

PCDHA1基因(以及对应的蛋白质)的细胞分布位置:

[UniProt]     [GenomeNet]

" d="M482.414,245.296c3.539,4.293,4.455,10.009,0.202,11 c-4.244,0.996-4.983-10.983-8.293-8.438c-5.271,4.08,9.834,12.271,5.144,17.287c-3.717,3.607-6.172-5.75-10.839-1.976 c-4.673,3.776,6.781,7.299,2.831,11.326c-4.354,4.045-6.979-1.449-9.837-5.517c-1.193-1.742-2.059-3.851-3.595-2.748 c-1.516,1.078-1.854,1.795-0.938,3.666c2.374,4.854,9.235,10.119,5.156,12.535c-5.636,3.346-5.044-8.871-9.426-7.574 c-4.388,1.291,2.557,10.66-1.245,11.141c-4.089,0.545-3.483-10.239-6.979-8.575c-2.522,1.206-0.929,3.071-0.938,4.899 c0.004,1.32-0.964,3.6-2.372,4.062c-3.593,1.171-8.544-1.065-10.251-3.59c-6.04-8.93,0.396-15.997,4.639-7.015 c3.023,4.642,5.182,0.834,2.839-2.219c-1.032-1.354-4.309-5.901-0.781-7.252c2.904-1.113,4.271,1.941,5.985,4.592 c2.61,4.016,5.485,0.117,3.031-3.414c-1.828-2.633-2.74-3.803,3.156-7.42c6.405-4.369,6.52,3.869,10.077,0.646 c2.309-1.832-4.783-5.149,0.06-8.995c2.896-2.293,5.18,6.207,7.961,3.516c3.523-2.737-7.717-7.369,0.117-11.736 C473.413,240.77,480.519,242.891,482.414,245.296z"/> Extracellular space Cytosol Plasma membrane Cytoskeleton Lysosome Endosome Peroxisome ER Golgi Apparatus Nucleus Mitochondrion 0 1 2 3 4 5 Confidence
  • 质膜
  • 细胞质
  • 细胞外
  • 高尔基体
  • 囊泡
  • 细胞骨架
  • 内质网
  • 细胞核
  • 内体
  • 溶酶体
  • 线粒体

PCDHA1基因的本体(GO)信息:

GO库代码
对应的蛋白质
来源代码
GO:0005509
Q9Y5I3 (UniProtKB)
IEA
GO:0005576
Q9Y5I3 (UniProtKB)
IEA
GO:0005783
Q9Y5I3 (UniProtKB)
IEA
GO:0005886
Q9Y5I3 (UniProtKB)
IDA
GO:0005887
Q9Y5I3 (UniProtKB)
TAS
GO:0007155
Q9Y5I3 (UniProtKB)
TAS
GO:0007156
Q9Y5I3 (UniProtKB)
IEA
GO:0007399
Q9Y5I3 (UniProtKB)
TAS

可能调控 PCDHA1基因的相关microRNA:     

IntAct

mentha

String

基因与其他基因之间的相互作用关系图
序号 作用方式 资源库来源/分值 基因名称 基因名称
疾病名称 关系值 NofPmids NofSnps 来源
疾病名称 关系值 NofPmids NofSnps 来源
Schizophrenia 0.005091382 1 0 GAD_LHGDN
Bipolar Disorder 0.005091382 1 0 GAD_LHGDN
Malignant neoplasm of ovary 0.000271442 1 0 BeFree
Ovarian Carcinoma 0.000271442 1 0 BeFree

联系方式

山东省济南市 高新区 崇华路359号 三庆世纪财富中心C1115室

电话: 0531-88819269

E-mail: product@genelibs.com

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