PCDH12 (protocadherin 12)

symbol:
PCDH12
locus group:
protein-coding gene
location:
5q31.3
gene_family:
Non-clustered protocadherins
alias symbol:
None
alias name:
VE-cadherin-2
entrez id:
51294
ensembl gene id:
ENSG00000113555
ucsc gene id:
uc003llx.4
refseq accession:
NM_016580
hgnc_id:
HGNC:8657
approved reserved:
2000-06-28
5q31.3
基因染色体位置图

PCDH12(Protocadherin 12)属于原钙粘蛋白(Protocadherin)基因家族,该家族是钙粘蛋白超家族的一个亚群,主要参与细胞间粘附、信号传导以及神经系统的发育。原钙粘蛋白家族成员通常具有多个细胞外钙粘蛋白重复结构域、一个跨膜区和一个独特的胞内结构域,其特点是高度多样化的表达模式,尤其在神经系统中发挥重要作用。PCDH12在胚胎发育过程中广泛表达,特别是在神经系统、血管内皮细胞和胎盘组织中,参与细胞迁移、组织形态发生和血管生成等关键生物学过程。PCDH12通过同源或异源相互作用介导细胞间粘附,调控细胞极性、轴突导向和突触形成,对神经回路的建立至关重要。此外,它在胎盘发育中通过调节滋养层细胞与母体血管的相互作用,影响胎儿营养供应。PCDH12的突变或表达异常可能导致功能丧失,与多种疾病相关。例如,PCDH12突变与神经发育障碍(如智力障碍或自闭症谱系障碍)有关,因其影响突触可塑性和神经元连接。在血管异常方面,PCDH12表达失调可能破坏内皮屏障功能,参与先兆子痫或肿瘤血管生成的病理过程。过表达PCDH12可能增强细胞粘附,抑制迁移,潜在影响癌症转移;而低表达可能导致细胞连接松散,增加血管通透性或神经发育缺陷。在基因家族层面,原钙粘蛋白的共性包括通过可变剪接产生大量亚型,提供神经元表面分子多样性,从而精确调控神经回路。PCDH12与其他家族成员(如PCDH19)共享部分功能,但具有独特的时空表达谱和底物特异性。研究PCDH12有助于理解神经发育疾病和血管病理的机制,并为靶向治疗提供线索。

This gene belongs to the protocadherin gene family, a subfamily of the cadherin superfamily. The encoded protein consists of an extracellular domain containing 6 cadherin repeats, a transmembrane domain and a cytoplasmic tail that differs from those of the classical cadherins. The gene localizes to the region on chromosome 5 where the protocadherin gene clusters reside. The exon organization of this transcript is similar to that of the gene cluster transcripts, notably the first large exon, but no significant sequence homology exists. The function of this cellular adhesion protein is undetermined but mouse protocadherin 12 does not bind catenins and appears to have no affect on cell migration or growth. [provided by RefSeq, Jul 2008]

该基??因属于protocadherin基因家族,钙粘着蛋白超家族的亚家族。所编码的蛋白质由包含6钙粘蛋白重复序列??,跨膜结构域,并且从那些经典钙黏着蛋白的不同之处胞质尾的胞外域的。的基因定位于其中protocadherin基因簇位于染色体5上的区域。此转录物的外显子的组织是类似于基因簇转录,特别是在第一大外显子,但没有显著序列同源性存在。这种细胞粘附蛋白质的功能是未确定的,但鼠标protocadherin 12不结合连环蛋白和似乎对细胞迁移或生长没有影响。 [由RefSeq的,2008年7月提供]

PCDH12基因的碱基序列:[NCBI]
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PCDH12基因的碱基突变:           仅显示部分snp
rs105633       rs108042       rs108043       rs153148       rs164083       rs164084       rs164514       rs758460       rs880465       rs1863965       rs3833449       rs5871792       rs5871795       rs6863249       rs7737082       rs11284886       rs13188049      

PCDH12基因在不同组织中的表达:    [UniProt]

基因在不同组织中的表达图
正向引物序列
正向Tm值
反向引物序列
反向Tm值
评分
ACTTGTCCCAGATGACACC
59
CCAAACAGTTGCTAGGCTG
59
CCTGTTCAGCAAATCTCCC
59
CTTATTTCCTCGGTGGTTTGG
59
GACCTACCCTACAAGATTTCAG
58
CTATCTTCTGTCCTTTCCTCTG
58
AGTTCCTCATGACCTACCCT
60
TCCTTTCCTCTGAATTGAGGT
59
TCCTGTTCAGCAAATCTCC
58
TTATTTCCTCGGTGGTTTGG
58
GACTTGTCCCAGATGACAC
58
CAAACAGTTGCTAGGCTGG
59
ACTTGTCCCAGATGACACC
59
CAAACAGTTGCTAGGCTGG
59
CCTCCTGTTCAGCAAATCTC
59
ATTTCCTCGGTGGTTTGGT
60
AGTTCCTCATGACCTACCC
58
TCCTTTCCTCTGAATTGAGGT
59
      尚未收录相关数据

PCDH12基因(以及对应的蛋白质)的细胞分布位置:

[UniProt]     [GenomeNet]

" d="M482.414,245.296c3.539,4.293,4.455,10.009,0.202,11 c-4.244,0.996-4.983-10.983-8.293-8.438c-5.271,4.08,9.834,12.271,5.144,17.287c-3.717,3.607-6.172-5.75-10.839-1.976 c-4.673,3.776,6.781,7.299,2.831,11.326c-4.354,4.045-6.979-1.449-9.837-5.517c-1.193-1.742-2.059-3.851-3.595-2.748 c-1.516,1.078-1.854,1.795-0.938,3.666c2.374,4.854,9.235,10.119,5.156,12.535c-5.636,3.346-5.044-8.871-9.426-7.574 c-4.388,1.291,2.557,10.66-1.245,11.141c-4.089,0.545-3.483-10.239-6.979-8.575c-2.522,1.206-0.929,3.071-0.938,4.899 c0.004,1.32-0.964,3.6-2.372,4.062c-3.593,1.171-8.544-1.065-10.251-3.59c-6.04-8.93,0.396-15.997,4.639-7.015 c3.023,4.642,5.182,0.834,2.839-2.219c-1.032-1.354-4.309-5.901-0.781-7.252c2.904-1.113,4.271,1.941,5.985,4.592 c2.61,4.016,5.485,0.117,3.031-3.414c-1.828-2.633-2.74-3.803,3.156-7.42c6.405-4.369,6.52,3.869,10.077,0.646 c2.309-1.832-4.783-5.149,0.06-8.995c2.896-2.293,5.18,6.207,7.961,3.516c3.523-2.737-7.717-7.369,0.117-11.736 C473.413,240.77,480.519,242.891,482.414,245.296z"/> Extracellular space Cytosol Plasma membrane Cytoskeleton Lysosome Endosome Peroxisome ER Golgi Apparatus Nucleus Mitochondrion 0 1 2 3 4 5 Confidence
  • 质膜
  • 细胞质
  • 细胞外
  • 高尔基体
  • 囊泡
  • 细胞骨架
  • 内质网
  • 细胞核
  • 内体
  • 溶酶体
  • 线粒体

PCDH12基因的本体(GO)信息:

GO库代码
对应的蛋白质
来源代码
GO:0005509
Q9NPG4 (UniProtKB)
IEA
GO:0005886
Q9NPG4 (UniProtKB)
TAS
GO:0005887
Q9NPG4 (UniProtKB)
TAS
GO:0005911
Q9NPG4 (UniProtKB)
IEA
GO:0005977
Q9NPG4 (UniProtKB)
IEA
GO:0007156
Q9NPG4 (UniProtKB)
IEA
GO:0008038
Q9NPG4 (UniProtKB)
TAS
GO:0016339
Q9NPG4 (UniProtKB)
IEA
GO:0060711
Q9NPG4 (UniProtKB)
IEA
GO:0070062
Q9NPG4 (UniProtKB)
IDA
GO:0070062
Q9NPG4 (UniProtKB)
IDA

可能调控 PCDH12基因的相关microRNA:     

IntAct

mentha

String

基因与其他基因之间的相互作用关系图
序号 作用方式 资源库来源/分值 基因名称 基因名称
疾病名称 关系值 NofPmids NofSnps 来源
疾病名称 关系值 NofPmids NofSnps 来源
Schizophrenia 0.002367032 1 0 GAD

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