OPN1LW (opsin 1, long wave sensitive)

symbol:
OPN1LW
locus group:
protein-coding gene
location:
Xq28
gene_family:
Opsin receptors
alias symbol:
COD5
alias name:
cone dystrophy 5 (X-linked)
entrez id:
5956
ensembl gene id:
ENSG00000102076
ucsc gene id:
uc033fax.1
refseq accession:
NM_020061
hgnc_id:
HGNC:9936
approved reserved:
2001-06-22
Xq28
基因染色体位置图

OPN1LW基因编码长波敏感视蛋白(L-视蛋白),是视觉系统中负责感知长波长光线(约560纳米,对应红-黄光区)的关键光敏色素。该基因位于X染色体(Xq28),属于视蛋白基因家族,该家族还包括中波(OPN1MW)、短波(OPN1SW)视蛋白及非视觉视蛋白(如黑视蛋白OPN4)。所有视蛋白均具有七次跨膜结构,通过11-顺式视黄醛发色团实现光信号转换,最终触发视觉光传导通路。OPN1LW主要在视网膜视锥细胞中表达,其功能异常会导致色觉缺陷:约8%男性因基因突变(如错义突变C203R或P307L)引发红绿色盲,表现为红绿区分能力下降;而基因缺失或重排可能造成更严重的全色盲。该基因具有高度多态性,部分变异体(如Ser180Ala)会导致光谱敏感性偏移。过表达OPN1LW可能干扰视锥细胞正常光响应平衡,动物模型显示可能引发视网膜变性;表达降低则直接削弱长波光感知能力。值得注意的是,OPN1LW常与同源基因OPN1MW形成串联重复阵列,两者间非等位基因同源重组是红绿色盲的主要遗传机制。该基因家族成员均参与G蛋白偶联受体信号通路,但各自具有特定的光谱敏感特性,共同构成脊椎动物的三色视觉基础。最新研究发现OPN1LW可能参与非视觉功能如昼夜节律调节,其罕见突变(如R283Q)还与进行性锥细胞营养不良相关。

This gene encodes for a light absorbing visual pigment of the opsin gene family. The encoded protein is called red cone photopigment or long-wavelength sensitive opsin. Opsins are G-protein coupled receptors with seven transmembrane domains, an N-terminal extracellular domain, and a C-terminal cytoplasmic domain. This gene and the medium-wavelength opsin gene are tandemly arrayed on the X chromosome and frequent unequal recombination and gene conversion may occur between these sequences. X chromosomes may have fusions of the medium- and long-wavelength opsin genes or may have more than one copy of these genes. Defects in this gene are the cause of partial, protanopic colorblindness. [provided by RefSeq, Jul 2008]

这个基因编码的调光吸收视蛋白基因家族的视色素。所编码的蛋白质被称为红锥感光色素或长波长敏感视蛋白。视蛋白是G蛋白偶联受体与七个跨膜结构域,N-末端细胞外结构域和C末端细胞质结构域。此基因和中波长视蛋白基因而串联排列的X染色体和频繁不等重组和基因转化这些序列之间可能会发生。 X染色体可具有中等和长波长视蛋白基因的融合体或可以具有这些基因的多于一个的拷贝。这种基因缺陷是局部的,protanopic色盲的原因。 [由RefSeq的,2008年7月提供]

OPN1LW基因的碱基序列:[NCBI]
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OPN1LW基因的碱基突变:           仅显示部分snp
rs782815809       rs782816361       rs782813028       rs782811955       rs782809344       rs782800914       rs782793124       rs782797093       rs782789511       rs782786685       rs782783784       rs782786462       rs782777199       rs782783558       rs782765931       rs782762187       rs782757739      

OPN1LW基因在不同组织中的表达:    [UniProt]

基因在不同组织中的表达图
正向引物序列
正向Tm值
反向引物序列
反向Tm值
评分
CAGGTCTCTGGCTACTTCG
60
GAGACCTGTGATCCCACAC
60
TTGGTTGGAGCAGGTACTG
60
GACAATCATGTAAGACTGCACC
60
TTGGTTGGAGCAGGTACTG
60
ACAATCATGTAAGACTGCACC
59
GGTCTCTGGCTACTTCGTG
60
CAGAGACCTGTGATCCCAC
60
GGTCTCTGGCTACTTCGTG
60
GAGACCTGTGATCCCACAC
60
TTGGTTGGAGCAGGTACTG
60
CAATCATGTAAGACTGCACCC
59
      尚未收录相关数据

OPN1LW基因(以及对应的蛋白质)的细胞分布位置:

[UniProt]     [GenomeNet]

" d="M482.414,245.296c3.539,4.293,4.455,10.009,0.202,11 c-4.244,0.996-4.983-10.983-8.293-8.438c-5.271,4.08,9.834,12.271,5.144,17.287c-3.717,3.607-6.172-5.75-10.839-1.976 c-4.673,3.776,6.781,7.299,2.831,11.326c-4.354,4.045-6.979-1.449-9.837-5.517c-1.193-1.742-2.059-3.851-3.595-2.748 c-1.516,1.078-1.854,1.795-0.938,3.666c2.374,4.854,9.235,10.119,5.156,12.535c-5.636,3.346-5.044-8.871-9.426-7.574 c-4.388,1.291,2.557,10.66-1.245,11.141c-4.089,0.545-3.483-10.239-6.979-8.575c-2.522,1.206-0.929,3.071-0.938,4.899 c0.004,1.32-0.964,3.6-2.372,4.062c-3.593,1.171-8.544-1.065-10.251-3.59c-6.04-8.93,0.396-15.997,4.639-7.015 c3.023,4.642,5.182,0.834,2.839-2.219c-1.032-1.354-4.309-5.901-0.781-7.252c2.904-1.113,4.271,1.941,5.985,4.592 c2.61,4.016,5.485,0.117,3.031-3.414c-1.828-2.633-2.74-3.803,3.156-7.42c6.405-4.369,6.52,3.869,10.077,0.646 c2.309-1.832-4.783-5.149,0.06-8.995c2.896-2.293,5.18,6.207,7.961,3.516c3.523-2.737-7.717-7.369,0.117-11.736 C473.413,240.77,480.519,242.891,482.414,245.296z"/> Extracellular space Cytosol Plasma membrane Cytoskeleton Lysosome Endosome Peroxisome ER Golgi Apparatus Nucleus Mitochondrion 0 1 2 3 4 5 Confidence
  • 质膜
  • 细胞质
  • 细胞外
  • 高尔基体
  • 囊泡
  • 细胞骨架
  • 内质网
  • 细胞核
  • 内体
  • 溶酶体
  • 线粒体

OPN1LW基因的本体(GO)信息:

GO库代码
对应的蛋白质
来源代码
GO:0004930
H0Y622 (UniProtKB)
IEA
GO:0007186
H0Y622 (UniProtKB)
IEA
GO:0007601
H0Y622 (UniProtKB)
IEA
GO:0007602
H0Y622 (UniProtKB)
IEA
GO:0016021
H0Y622 (UniProtKB)
IEA
GO:0001523
P04000 (UniProtKB)
TAS
GO:0001750
P04000 (UniProtKB)
IBA
GO:0005887
P04000 (UniProtKB)
TAS
GO:0007165
P04000 (UniProtKB)
TAS
GO:0007186
P04000 (UniProtKB)
IBA
GO:0007601
P04000 (UniProtKB)
IEA
GO:0007602
P04000 (UniProtKB)
IBA
GO:0008020
P04000 (UniProtKB)
IBA
GO:0009584
P04000 (UniProtKB)
IEA
GO:0009881
P04000 (UniProtKB)
IMP
GO:0018298
P04000 (UniProtKB)
IEA
GO:0032467
P04000 (UniProtKB)
IMP
GO:0042622
P04000 (UniProtKB)
TAS
GO:0042622
P04000 (UniProtKB)
TAS
GO:0042622
P04000 (UniProtKB)
TAS
GO:0042622
P04000 (UniProtKB)
TAS
GO:0042622
P04000 (UniProtKB)
TAS
GO:0042622
P04000 (UniProtKB)
TAS
GO:0042622
P04000 (UniProtKB)
TAS
GO:0042622
P04000 (UniProtKB)
TAS
GO:0071482
P04000 (UniProtKB)
IBA

可能调控 OPN1LW基因的相关microRNA:     

Reactome

BioGrid

String

基因与其他基因之间的相互作用关系图
序号 作用方式 资源库来源/分值 基因名称 基因名称
疾病名称 关系值 NofPmids NofSnps 来源
疾病名称 关系值 NofPmids NofSnps 来源
Cone monochromatism 0.48 1 2 CLINVAR_CTD_human_ORPHANET_UNIPROT
COLORBLINDNESS, PARTIAL, PROTAN SERIES 0.24 1 0 CTD_human_UNIPROT
Color Blindness, Red 0.12 0 1 CLINVAR
Achromatopsia incomplete, X-linked 0.12 0 0 ORPHANET
Leukemia, Myelocytic, Acute 0.005157396 19 0 BeFree
Rubinstein-Taybi Syndrome 0.002985861 11 0 BeFree
leukemia 0.002714419 10 0 BeFree
Sarcoidosis 0.002367032 1 0 GAD
Retinal Diseases 0.002367032 1 0 GAD
Malignant neoplasm of prostate 0.001900093 7 0 BeFree

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