LTB (lymphotoxin beta)

基因基本信息

基因基本信息

symbol:
LTB
locus group:
protein-coding gene
location:
6p21.33
gene_family:
Tumor necrosis factor (ligand) superfamily
alias symbol:
p33|TNFSF3
alias name:
TNF superfamily member 3
entrez id:
4050
ensembl gene id:
ENSG00000227507
ucsc gene id:
uc011feg.3
refseq accession:
NM_002341
hgnc_id:
HGNC:6711
approved reserved:
1995-11-22

基因染色体位置

基因染色体位置

6p21.33
基因染色体位置图

基因简述

基因简述

LTB（淋巴毒素β）是肿瘤坏死因子（TNF）家族的一员，属于TNF超家族基因家族。这个家族主要由参与免疫调节、炎症反应和细胞凋亡的细胞因子组成。LTB基因编码的淋巴毒素β是一种膜结合或可溶性细胞因子，主要通过与受体LTβR结合发挥作用。它在淋巴器官的发育和维持中起关键作用，特别是在淋巴结、派尔集合淋巴结和脾脏等次级淋巴组织的形成中。LTB与其受体结合后激活NF-κB和MAPK信号通路，促进趋化因子的产生和淋巴细胞的招募。LTB的突变或表达异常可能导致免疫系统发育缺陷，如淋巴组织形成不全或自身免疫疾病。LTB过表达可能引发慢性炎症或自身免疫性疾病，如类风湿性关节炎或多发性硬化症；而表达降低则可能导致免疫缺陷，增加感染风险或影响抗肿瘤免疫应答。LTB还与某些癌症的发展相关，如在霍奇金淋巴瘤中可能通过异常信号传导促进肿瘤细胞存活。该基因家族成员通常以三聚体形式发挥作用，并通过与特定受体结合调控多种生物学过程。

Lymphotoxin beta is a type II membrane protein of the TNF family. It anchors lymphotoxin-alpha to the cell surface through heterotrimer formation. The predominant form on the lymphocyte surface is the lymphotoxin-alpha 1/beta 2 complex (e.g. 1 molecule alpha/2 molecules beta) and this complex is the primary ligand for the lymphotoxin-beta receptor. The minor complex is lymphotoxin-alpha 2/beta 1. LTB is an inducer of the inflammatory response system and involved in normal development of lymphoid tissue. Lymphotoxin-beta isoform b is unable to complex with lymphotoxin-alpha suggesting a function for lymphotoxin-beta which is independent of lympyhotoxin-alpha. Alternative splicing results in multiple transcript variants encoding different isoforms. [provided by RefSeq, Jul 2008]

淋巴毒素测试是TNF家族的II型膜蛋白。它通过异源三聚形成锚淋巴毒素-α向细胞表面上。淋巴细胞表面上的主要形式是淋巴-α1 / Beta 2的复合物（例如1分子的α/ 2分子测试版），这是复杂的淋巴毒素β受体的主要配体。次要复杂的是淋巴毒素α - 2 /测试1. LTB是炎症反应系统的诱导和参与淋巴组织的正常发展。淋巴毒素-β同种型b为不能与淋巴毒素-α暗示为淋巴毒素-β的函数是独立lympyhotoxin-α的复合物。在多个转录剪接变异体导致编码不同亚型。 [由RefSeq的，2008年7月提供]

OMIM数据库中对LTB基因的介绍     Wikipedia数据库中对LTB基因的介绍

基因序列

基因序列

LTB基因的碱基序列：[NCBI]
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基因突变

基因突变

LTB基因的碱基突变：           仅显示部分snp
rs116646885       rs185171624       rs199696143       rs533381190       rs536057655       rs540049272       rs544723785       rs574049707       rs769174       rs769175       rs2022045       rs2229698       rs2229699       rs3093549       rs3093550       rs3093551       rs3093552      

基因表达

基因表达

LTB基因在不同组织中的表达：    [UniProt]

基因在不同组织中的表达图

基因引物

基因引物

正向引物序列
正向Tm值
反向引物序列
反向Tm值
评分
GAGGACTGGTAACGGAGAC
59
GAGATCTGTTTCTGGCTCCT
59
CAGAAACAGATCTCAGCCC
57
AGGTAATAGAGGCCGTCCT
59
GAGGACTGGTAACGGAGAC
59
AGATCTGTTTCTGGCTCCTC
59
CCAGAAACAGATCTCAGCC
57
GGTAATAGAGGCCGTCCTG
59
GAGGACTGGTAACGGAGAC
59
ATCTGTTTCTGGCTCCTCC
59
CAGAAACAGATCTCAGCCC
57
GGTAATAGAGGCCGTCCTG
59

转录因子

转录因子

转录因子
影响基因
影响类型
参考文献链接（PubMed）
EGR1
LTB
Unknown
8786306
NFAT5
LTB
Unknown
11485737

基因本体信息

LTB基因（以及对应的蛋白质）的细胞分布位置：

[UniProt]     [GenomeNet]

" d="M482.414,245.296c3.539,4.293,4.455,10.009,0.202,11 c-4.244,0.996-4.983-10.983-8.293-8.438c-5.271,4.08,9.834,12.271,5.144,17.287c-3.717,3.607-6.172-5.75-10.839-1.976 c-4.673,3.776,6.781,7.299,2.831,11.326c-4.354,4.045-6.979-1.449-9.837-5.517c-1.193-1.742-2.059-3.851-3.595-2.748 c-1.516,1.078-1.854,1.795-0.938,3.666c2.374,4.854,9.235,10.119,5.156,12.535c-5.636,3.346-5.044-8.871-9.426-7.574 c-4.388,1.291,2.557,10.66-1.245,11.141c-4.089,0.545-3.483-10.239-6.979-8.575c-2.522,1.206-0.929,3.071-0.938,4.899 c0.004,1.32-0.964,3.6-2.372,4.062c-3.593,1.171-8.544-1.065-10.251-3.59c-6.04-8.93,0.396-15.997,4.639-7.015 c3.023,4.642,5.182,0.834,2.839-2.219c-1.032-1.354-4.309-5.901-0.781-7.252c2.904-1.113,4.271,1.941,5.985,4.592 c2.61,4.016,5.485,0.117,3.031-3.414c-1.828-2.633-2.74-3.803,3.156-7.42c6.405-4.369,6.52,3.869,10.077,0.646 c2.309-1.832-4.783-5.149,0.06-8.995c2.896-2.293,5.18,6.207,7.961,3.516c3.523-2.737-7.717-7.369,0.117-11.736 C473.413,240.77,480.519,242.891,482.414,245.296z"/> Extracellular space Cytosol Plasma membrane Cytoskeleton Lysosome Endosome Peroxisome ER Golgi Apparatus Nucleus Mitochondrion 0 1 2 3 4 5 Confidence
  • 质膜
  • 细胞质
  • 细胞外
  • 高尔基体
  • 囊泡
  • 细胞骨架
  • 内质网
  • 细胞核
  • 内体
  • 溶酶体
  • 线粒体

LTB基因的本体（GO）信息：

GO库代码
对应的蛋白质
来源代码
GO:0005102
Q06643 (UniProtKB)
TAS
GO:0005125
Q06643 (UniProtKB)
IEA
GO:0005164
Q06643 (UniProtKB)
IEA
GO:0005575
Q06643 (UniProtKB)
ND
GO:0005615
Q06643 (UniProtKB)
IEA
GO:0005886
Q06643 (UniProtKB)
TAS
GO:0005886
Q06643 (UniProtKB)
TAS
GO:0005886
Q06643 (UniProtKB)
TAS
GO:0005886
Q06643 (UniProtKB)
TAS
GO:0005886
Q06643 (UniProtKB)
TAS
GO:0006955
Q06643 (UniProtKB)
IEA
GO:0007165
Q06643 (UniProtKB)
TAS
GO:0007267
Q06643 (UniProtKB)
TAS
GO:0010467
Q06643 (UniProtKB)
IEA
GO:0016021
Q06643 (UniProtKB)
IEA
GO:0033209
Q06643 (UniProtKB)
TAS
GO:0033209
Q06643 (UniProtKB)
TAS
GO:0043588
Q06643 (UniProtKB)
IEA
GO:0045084
Q06643 (UniProtKB)
ISS
GO:0048535
Q06643 (UniProtKB)
IEA

基因相关microRNA

基因相关microRNA

可能调控 LTB基因的相关microRNA：     

基因相互作用关系

基因相互作用关系

BioGrid

IntAct

mentha

String

基因与其他基因之间的相互作用关系图
序号 作用方式 资源库来源/分值 基因名称 基因名称

基因通路

基因通路

基因相关疾病

基因相关疾病

疾病名称 关系值 NofPmids NofSnps 来源
疾病名称 关系值 NofPmids NofSnps 来源
Rheumatoid Arthritis 0.005634266 3 0 BeFree_GAD_LHGDN
Asthma 0.003452799 4 0 BeFree_GAD
Myocardial Infarction 0.002638474 2 0 BeFree_GAD
Malaria 0.002638474 2 0 BeFree_GAD
Atherosclerosis 0.002638474 2 0 BeFree_GAD
Lupus Erythematosus, Systemic 0.002367032 1 0 GAD
Brain Ischemia 0.002367032 1 0 GAD
Coronary Artery Disease 0.002367032 1 0 GAD
Malaria, Falciparum 0.002367032 1 0 GAD
Intracranial Arteriosclerosis 0.002367032 1 0 GAD

基因相关服务

基因相关服务

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