LTA (lymphotoxin alpha)

基因基本信息

基因基本信息

symbol:
LTA
locus group:
protein-coding gene
location:
6p21.33
gene_family:
Tumor necrosis factor (ligand) superfamily
alias symbol:
TNFSF1|LT
alias name:
TNF superfamily member 1
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4049
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uc011ioe.3
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NM_000595
hgnc_id:
HGNC:6709
approved reserved:
1986-01-01

基因染色体位置

基因染色体位置

6p21.33
基因染色体位置图

基因简述

基因简述

LTA（淋巴毒素α）是一种重要的细胞因子，属于肿瘤坏死因子（TNF）超家族成员，与TNF-α在结构和功能上具有相似性。LTA主要由活化的T细胞、B细胞和自然杀伤细胞分泌，通过与受体LTβR或TNFR1/2结合，激活NF-κB和MAPK等信号通路，参与免疫调节、淋巴器官发育及炎症反应。其主要作用位点包括淋巴结、脾脏等次级淋巴器官，通过调控高内皮微静脉（HEV）的形成维持淋巴细胞迁移。LTA基因突变可能导致免疫功能异常，如某些自身免疫性疾病（类风湿关节炎、多发性硬化）或免疫缺陷。若LTA过表达，可能加剧炎症反应，促进自身免疫病或慢性炎症性疾病（如克罗恩病）的发展；而低表达则可能削弱抗病毒或抗肿瘤免疫应答，增加感染风险。LTA与TNF-α、LTβ等共同构成TNF家族，该家族成员均以三聚体形式发挥作用，调控细胞存活、凋亡和免疫稳态。在癌症中，LTA可能通过促炎微环境影响肿瘤进展，但其具体作用因肿瘤类型而异（如抑制某些实体瘤却促进淋巴瘤）。此外，LTA基因多态性（如+252A/G）与疾病易感性相关，例如携带特定变异等位基因的人群更易患心肌梗死或银屑病。

The encoded protein, a member of the tumor necrosis factor family, is a cytokine produced by lymphocytes. The protein is highly inducible, secreted, and forms heterotrimers with lymphotoxin-beta which anchor lymphotoxin-alpha to the cell surface. This protein also mediates a large variety of inflammatory, immunostimulatory, and antiviral responses, is involved in the formation of secondary lymphoid organs during development and plays a role in apoptosis. Genetic variations in this gene are associated with susceptibility to leprosy type 4, myocardial infarction, non-Hodgkin's lymphoma, and psoriatic arthritis. Alternatively spliced transcript variants have been observed for this gene. [provided by RefSeq, Jul 2012]

的编码的蛋白，肿瘤坏死因子家族的一员，是由淋巴细胞产生的细胞因子。该蛋白质是高度可诱导的，分泌的，并与淋巴毒素-β形成异源三聚哪个锚淋巴毒素-α向细胞表面上。这种蛋白也介导了大量的各种炎症，免疫刺激的，和抗病毒反应，参与次级淋巴器官的发育过程中形成并在细胞凋亡的作用。在该基因的遗传变异与易感性相关麻风类型4，心肌梗死，非何杰金氏淋巴瘤和银屑病关节炎。可变剪接转录物变体已经观察到这种基因。 [由RefSeq的，2012年7月提供]

OMIM数据库中对LTA基因的介绍     Wikipedia数据库中对LTA基因的介绍

基因序列

基因序列

LTA基因的碱基序列：[NCBI]
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基因突变

基因突变

LTA基因的碱基突变：           仅显示部分snp
rs736160       rs736160       rs736160       rs736160       rs736160       rs736160       rs736160       rs746868       rs746868       rs746868       rs746868       rs746868       rs746868       rs746868       rs909253       rs909253       rs909253      

基因表达

基因表达

LTA基因在不同组织中的表达：    [UniProt]

基因在不同组织中的表达图

基因引物

基因引物

正向引物序列
正向Tm值
反向引物序列
反向Tm值
评分
CTCACCTCATTGGAGACCC
60
GGAGAAACCATCCTGGAGG
60
CTCACCTCATTGGAGACCC
60
GGAGAAACCATCCTGGAGG
60
CTCACCTCATTGGAGACCC
60
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60
CTCACCTCATTGGAGACCC
60
GGAGAAACCATCCTGGAGG
60
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59
AAACCATCCTGGAGGAAGG
59
TGCTCACCTCATTGGAGAC
59
AAACCATCCTGGAGGAAGG
59
TGCTCACCTCATTGGAGAC
59
AAACCATCCTGGAGGAAGG
59
TGCTCACCTCATTGGAGAC
59
AAACCATCCTGGAGGAAGG
59
CTCACCTCATTGGAGACCC
60
AAACCATCCTGGAGGAAGG
59
CTCACCTCATTGGAGACCC
60
AAACCATCCTGGAGGAAGG
59

转录因子

转录因子

转录因子
影响基因
影响类型
参考文献链接（PubMed）
MSC
LTA
Repression
15052269

基因本体信息

LTA基因（以及对应的蛋白质）的细胞分布位置：

[UniProt]     [GenomeNet]

" d="M482.414,245.296c3.539,4.293,4.455,10.009,0.202,11 c-4.244,0.996-4.983-10.983-8.293-8.438c-5.271,4.08,9.834,12.271,5.144,17.287c-3.717,3.607-6.172-5.75-10.839-1.976 c-4.673,3.776,6.781,7.299,2.831,11.326c-4.354,4.045-6.979-1.449-9.837-5.517c-1.193-1.742-2.059-3.851-3.595-2.748 c-1.516,1.078-1.854,1.795-0.938,3.666c2.374,4.854,9.235,10.119,5.156,12.535c-5.636,3.346-5.044-8.871-9.426-7.574 c-4.388,1.291,2.557,10.66-1.245,11.141c-4.089,0.545-3.483-10.239-6.979-8.575c-2.522,1.206-0.929,3.071-0.938,4.899 c0.004,1.32-0.964,3.6-2.372,4.062c-3.593,1.171-8.544-1.065-10.251-3.59c-6.04-8.93,0.396-15.997,4.639-7.015 c3.023,4.642,5.182,0.834,2.839-2.219c-1.032-1.354-4.309-5.901-0.781-7.252c2.904-1.113,4.271,1.941,5.985,4.592 c2.61,4.016,5.485,0.117,3.031-3.414c-1.828-2.633-2.74-3.803,3.156-7.42c6.405-4.369,6.52,3.869,10.077,0.646 c2.309-1.832-4.783-5.149,0.06-8.995c2.896-2.293,5.18,6.207,7.961,3.516c3.523-2.737-7.717-7.369,0.117-11.736 C473.413,240.77,480.519,242.891,482.414,245.296z"/> Extracellular space Cytosol Plasma membrane Cytoskeleton Lysosome Endosome Peroxisome ER Golgi Apparatus Nucleus Mitochondrion 0 1 2 3 4 5 Confidence
  • 质膜
  • 细胞质
  • 细胞外
  • 高尔基体
  • 囊泡
  • 细胞骨架
  • 内质网
  • 细胞核
  • 内体
  • 溶酶体
  • 线粒体

LTA基因的本体（GO）信息：

GO库代码
对应的蛋白质
来源代码
GO:0001666
P01374 (UniProtKB)
IEA
GO:0002876
P01374 (UniProtKB)
IEA
GO:0002925
P01374 (UniProtKB)
IEA
GO:0005102
P01374 (UniProtKB)
TAS
GO:0005125
P01374 (UniProtKB)
IEA
GO:0005164
P01374 (UniProtKB)
IEA
GO:0005615
P01374 (UniProtKB)
IEA
GO:0005886
P01374 (UniProtKB)
TAS
GO:0005886
P01374 (UniProtKB)
TAS
GO:0005886
P01374 (UniProtKB)
TAS
GO:0005886
P01374 (UniProtKB)
TAS
GO:0005886
P01374 (UniProtKB)
TAS
GO:0005886
P01374 (UniProtKB)
TAS
GO:0006915
P01374 (UniProtKB)
TAS
GO:0006959
P01374 (UniProtKB)
IEA
GO:0007165
P01374 (UniProtKB)
TAS
GO:0007267
P01374 (UniProtKB)
TAS
GO:0007584
P01374 (UniProtKB)
IEA
GO:0032496
P01374 (UniProtKB)
IEA
GO:0032729
P01374 (UniProtKB)
IEA
GO:0033209
P01374 (UniProtKB)
TAS
GO:0033209
P01374 (UniProtKB)
TAS
GO:0042493
P01374 (UniProtKB)
IEA
GO:0043065
P01374 (UniProtKB)
IEA
GO:0044130
P01374 (UniProtKB)
IEA
GO:0048147
P01374 (UniProtKB)
IEA
GO:0048535
P01374 (UniProtKB)
IEA
GO:0050830
P01374 (UniProtKB)
IEA
GO:0060252
P01374 (UniProtKB)
IEA
GO:0005125
Q5ST95 (UniProtKB)
IEA
GO:0005164
Q5ST95 (UniProtKB)
IEA
GO:0005615
Q5ST95 (UniProtKB)
IEA
GO:0006955
Q5ST95 (UniProtKB)
IEA
GO:0016020
Q5ST95 (UniProtKB)
IEA
GO:0005125
Q6FG55 (UniProtKB)
IEA
GO:0005164
Q6FG55 (UniProtKB)
IEA
GO:0005615
Q6FG55 (UniProtKB)
IEA
GO:0006955
Q6FG55 (UniProtKB)
IEA
GO:0016020
Q6FG55 (UniProtKB)
IEA

基因相关microRNA

基因相关microRNA

可能调控 LTA基因的相关microRNA：     

基因相互作用关系

基因相互作用关系

MINT

BioGrid

IntAct

mentha

String

基因与其他基因之间的相互作用关系图
序号 作用方式 资源库来源/分值 基因名称 基因名称

基因通路

基因通路

基因相关疾病

基因相关疾病

疾病名称 关系值 NofPmids NofSnps 来源
疾病名称 关系值 NofPmids NofSnps 来源
Myocardial Infarction 0.295565891 29 2 BeFree_CLINVAR_CTD_human_GAD_LHGDN
Sepsis 0.147937445 15 0 BeFree_CTD_human_GAD
Coronary Artery Disease 0.144189459 15 0 BeFree_CTD_human_GAD_LHGDN
Crohn Disease 0.130911214 7 1 BeFree_GAD_GWASCAT_LHGDN
Arthritis, Psoriatic 0.127729856 3 0 BeFree_CTD_human_GAD_LHGDN
Leprosy 0.122638474 2 0 BeFree_CTD_human_GAD
PSORIATIC ARTHRITIS, SUSCEPTIBILITY TO (finding) 0.12 0 1 CLINVAR
Peripheral Neuropathy 0.12 1 0 CTD_human
Hepatic Encephalopathy 0.12 1 0 CTD_human
LEPROSY, EARLY-ONSET, SUSCEPTIBILITY TO 0.12 0 0 CLINVAR

基因相关服务

基因相关服务

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山东省济南市高新区舜华路750号大学科技园北区F座4单元2楼

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