LSM2 (LSM2 homolog, U6 small nuclear RNA and mRNA degradation associated)

基因基本信息

基因基本信息

symbol:
LSM2
locus group:
protein-coding gene
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6p21.33
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HGNC:13940
approved reserved:
2002-04-05

基因染色体位置

基因染色体位置

6p21.33
基因染色体位置图

基因简述

基因简述

LSM2（Like Sm protein 2）属于LSM（Like Sm）基因家族，该家族成员编码的蛋白质参与RNA代谢过程，如剪接（splicing，将前体mRNA中的非编码区去除并拼接编码区形成成熟mRNA）、降解（degradation，分解不需要的RNA分子）和调控（regulation，控制基因表达水平）。LSM2蛋白是U6小核核糖核蛋白（U6 snRNP，一种参与剪接体的关键复合物）的核心组成部分，通过与LSM1-8形成七聚体复合物，稳定U6 snRNA（小核RNA）的结构，从而确保剪接体（spliceosome，负责mRNA剪接的大型分子机器）的正常功能。LSM2的主要作用位点是细胞核，尤其在剪接体组装和mRNA加工过程中发挥关键作用。若LSM2发生突变（如错义突变或缺失），可能导致剪接体功能障碍，引发mRNA剪接错误，进而影响蛋白质合成，甚至诱发脊髓性肌萎缩症（SMA，一种神经肌肉疾病）或癌症等疾病。LSM2过表达可能干扰剪接体平衡，导致异常剪接产物积累，促进肿瘤发生；而表达降低则可能削弱剪接效率，引发细胞凋亡（apoptosis，程序性细胞死亡）或发育缺陷。LSM基因家族的共性在于其成员均含有Sm样结构域（Sm-like domain，一种保守的RNA结合模体），并能与其他LSM蛋白形成环状复合物，参与不同RNA代谢途径。例如，LSM1-7复合物主要作用于细胞质RNA降解，而LSM2-8复合物则专注于核内剪接调控。目前LSM2的中文译名“类Sm蛋白2”尚无不妥，但需注意与Sm蛋白（另一类相关蛋白）区分。

This gene encodes a member of the LSm family of RNA-binding proteins. LSm proteins form stable heteromers that bind specifically to the 3'-terminal oligo(U) tract of U6 snRNA and may play a role in pre-mRNA splicing by mediating U4/U6 snRNP formation. Pseudogenes of this gene are located on the short arm of chromosomes 6 and 19. [provided by RefSeq, Nov 2011]

该基因编码的LSM家族RNA结合蛋白中的一员。 LSM蛋白形成特异性结合U6 snRNA启动的3‘-末端的寡（U）道，并且可以通过介导U4 / U6核蛋白的形成起到前mRNA剪接作用稳定异聚。该基因的假基因都位于[由RefSeq的，2011年11月提供]染色体6和19的短臂

OMIM数据库中对LSM2基因的介绍     Wikipedia数据库中对LSM2基因的介绍

基因序列

基因序列

LSM2基因的碱基序列：[NCBI]
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基因突变

基因突变

LSM2基因的碱基突变：           仅显示部分snp
rs480092       rs494718       rs523727       rs547828       rs604895       rs625421       rs681331       rs1144710       rs1150748       rs2242668       rs2736425       rs2763980       rs4711277       rs7774539       rs9279422       rs9281583       rs9296002      

基因表达

基因表达

LSM2基因在不同组织中的表达：    [UniProt]

基因在不同组织中的表达图

基因引物

基因引物

正向引物序列
正向Tm值
反向引物序列
反向Tm值
评分
AATGACCTGAGCATCTGTG
58
GGTCTGTGACACTGATGTC
58
GGCACTGAGAACAAATGGG
59
AGAATAGAAGAGCTGGCAGAG
59
ATGCATCTGTGGAACCCTC
60
CTTCACTGATAACATGTGAGGG
59
ATTCAGTGAGGATAGCGGG
59
GACAGGGCAAGACTCTCAG
60
GAATGACCTGAGCATCTGTG
59
GTCTGTGACACTGATGTCAG
58
TGGAACTAAAGAATGACCTGAG
58
TTCACTGATAACATGTGAGGG
58
CCTCCATTCTGTGGATCAG
57
TTCACTGATAACATGTGAGGG
58
AGAATGACCTGAGTTATCAGTG
58
CACCAATGAAAGAGGGAGG
58
AGAATGACCTGAGTTATCAGTG
58
GGAGCCATCACTGTTTCTG
59
CCTCCATTCTGTGGATCAG
57
TCACTGATAACATGTGAGGG
57

转录因子

转录因子

      尚未收录相关数据

基因本体信息

LSM2基因（以及对应的蛋白质）的细胞分布位置：

[UniProt]     [GenomeNet]

" d="M482.414,245.296c3.539,4.293,4.455,10.009,0.202,11 c-4.244,0.996-4.983-10.983-8.293-8.438c-5.271,4.08,9.834,12.271,5.144,17.287c-3.717,3.607-6.172-5.75-10.839-1.976 c-4.673,3.776,6.781,7.299,2.831,11.326c-4.354,4.045-6.979-1.449-9.837-5.517c-1.193-1.742-2.059-3.851-3.595-2.748 c-1.516,1.078-1.854,1.795-0.938,3.666c2.374,4.854,9.235,10.119,5.156,12.535c-5.636,3.346-5.044-8.871-9.426-7.574 c-4.388,1.291,2.557,10.66-1.245,11.141c-4.089,0.545-3.483-10.239-6.979-8.575c-2.522,1.206-0.929,3.071-0.938,4.899 c0.004,1.32-0.964,3.6-2.372,4.062c-3.593,1.171-8.544-1.065-10.251-3.59c-6.04-8.93,0.396-15.997,4.639-7.015 c3.023,4.642,5.182,0.834,2.839-2.219c-1.032-1.354-4.309-5.901-0.781-7.252c2.904-1.113,4.271,1.941,5.985,4.592 c2.61,4.016,5.485,0.117,3.031-3.414c-1.828-2.633-2.74-3.803,3.156-7.42c6.405-4.369,6.52,3.869,10.077,0.646 c2.309-1.832-4.783-5.149,0.06-8.995c2.896-2.293,5.18,6.207,7.961,3.516c3.523-2.737-7.717-7.369,0.117-11.736 C473.413,240.77,480.519,242.891,482.414,245.296z"/> Extracellular space Cytosol Plasma membrane Cytoskeleton Lysosome Endosome Peroxisome ER Golgi Apparatus Nucleus Mitochondrion 0 1 2 3 4 5 Confidence
  • 质膜
  • 细胞质
  • 细胞外
  • 高尔基体
  • 囊泡
  • 细胞骨架
  • 内质网
  • 细胞核
  • 内体
  • 溶酶体
  • 线粒体

LSM2基因的本体（GO）信息：

GO库代码
对应的蛋白质
来源代码
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IC
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TAS
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Q9Y333 (UniProtKB)
TAS
GO:0005829
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TAS
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NAS
GO:0017160
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IPI
GO:0043928
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TAS
GO:0044822
Q9Y333 (UniProtKB)
IDA
GO:0044822
Q9Y333 (UniProtKB)
IDA
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GO:0003723
Q9Y333 (UniProtKB)
IBA

基因相关microRNA

基因相关microRNA

可能调控 LSM2基因的相关microRNA：     

基因相互作用关系

基因相互作用关系

Reactome

MINT

BioGrid

IntAct

mentha

String

基因与其他基因之间的相互作用关系图
序号 作用方式 资源库来源/分值 基因名称 基因名称

基因通路

基因通路

基因相关疾病

基因相关疾病

疾病名称 关系值 NofPmids NofSnps 来源
疾病名称 关系值 NofPmids NofSnps 来源
Lupus Erythematosus, Systemic 0.004810009 10 0 BeFree_GAD
Spinal Muscular Atrophy 0.003800186 14 0 BeFree
Malignant neoplasm of breast 0.002367032 1 0 GAD
Mixed Connective Tissue Disease 0.001357209 5 0 BeFree
Retinitis Pigmentosa 0.000814326 3 0 BeFree
Amyotrophic Lateral Sclerosis 0.000542884 2 0 BeFree
Carcinogenesis 0.000271442 1 0 BeFree
Parvovirus B19 (disease) 0.000271442 1 0 BeFree
Motor Neuron Disease 0.000271442 1 0 BeFree
Poliomyelitis 0.000271442 1 0 BeFree

基因相关服务

基因相关服务

联系方式

山东省济南市章丘区文博路2号 齐鲁师范学院 genelibs生信实验室

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