LSM1 (LSM1 homolog, mRNA degradation associated)

基因基本信息

基因基本信息

symbol:
LSM1
locus group:
protein-coding gene
location:
8p11.23
gene_family:
alias symbol:
CASM|YJL124C
alias name:
cancer-associated Sm protein
entrez id:
27257
ensembl gene id:
ENSG00000175324
ucsc gene id:
uc003xkw.4
refseq accession:
NM_014462
hgnc_id:
HGNC:20472
approved reserved:
2003-02-17

基因染色体位置

基因染色体位置

8p11.23
基因染色体位置图

基因简述

基因简述

This gene encodes a member of the LSm family of RNA-binding proteins. LSm proteins form stable heteromers that bind specifically to the 3'-terminal oligo(U) tract of U6 snRNA and may play a role in pre-mRNA splicing by mediating U4/U6 snRNP formation. Increased expression of this gene may play a role in cellular transformation and the progression of several malignancies including lung cancer, mesothelioma and breast cancer. Alternatively spliced transcript variants have been observed for this gene, and a pseudogene of this gene is located on the short arm of chromosome 9. [provided by RefSeq, Nov 2011]

该基因编码的LSM家族RNA结合蛋白中的一员。 LSM蛋白形成特异性结合U6 snRNA启动的3‘-末端的寡（U）道，并且可以通过介导U4 / U6核蛋白的形成起到前mRNA剪接作用稳定异聚。该基因的表达增加可能在细胞转化作用和几个恶性肿瘤包括肺癌，间皮瘤和乳腺癌的进展。另外剪接转录变体已经观察到这种基因，而这种基因的假基因位于[由RefSeq的，2011年11月提供的]的9号染色体短臂

OMIM数据库中对CCND1基因的介绍     Wikipedia数据库中对CCND1基因的介绍

基因序列

基因序列

CCND1基因的碱基序列：[NCBI]
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基因突变

基因突变

LSM1基因的碱基突变：           仅显示部分snp
rs2270376       rs3824288       rs7000184       rs10099971       rs11783967       rs12681876       rs13273494       rs16887245       rs17435276       rs28546327       rs55962869       rs59911155       rs61731142       rs61731143       rs73674130       rs74703048       rs75791635      

基因表达

基因表达

LSM1基因在不同组织中的表达：    [UniProt]

基因在不同组织中的表达图

基因引物

基因引物

正向引物序列
正向Tm值
反向引物序列
反向Tm值
评分
GTGGAGCGTATTCATGTGG
59
TTCCAAGTCTATTTCTCCTAGTAGG
59
GTGGAGCGTATTCATGTGG
59
TTCCAAGTCTATTTCTCCTAGTAGG
59
CTGTGGAGCGTATTCATGTG
59
TTCCAAGTCTATTTCTCCTAGTAGG
59
GATGGAAGGACACTTATAGGC
58
CACTAAGTTTGGTTTCTTCCTC
57
GTGGAGCGTATTCATGTGG
59
TTCCAAGTCTATTTCTCCTAGTAGG
59
GCATTGATCAATTTGGACTTGG
59
TTTCAACTTCTCTGCTTCCAG
59
TGGAGCGTATTCATGTGGG
60
TTCCAAGTCTATTTCTCCTAGTAGG
59
TGGAGCGTATTCATGTGGG
60
TTCCAAGTCTATTTCTCCTAGTAGG
59
TGGAGCGTATTCATGTGGG
60
TTCCAAGTCTATTTCTCCTAGTAGG
59
GTGGAGCGTATTCATGTGG
59
TTCCAAGTCTATTTCTCCTAGTAGG
59

转录因子

转录因子

      尚未收录相关数据

基因本体信息

LSM1基因（以及对应的蛋白质）的细胞分布位置：

[UniProt]     [GenomeNet]

" d="M482.414,245.296c3.539,4.293,4.455,10.009,0.202,11 c-4.244,0.996-4.983-10.983-8.293-8.438c-5.271,4.08,9.834,12.271,5.144,17.287c-3.717,3.607-6.172-5.75-10.839-1.976 c-4.673,3.776,6.781,7.299,2.831,11.326c-4.354,4.045-6.979-1.449-9.837-5.517c-1.193-1.742-2.059-3.851-3.595-2.748 c-1.516,1.078-1.854,1.795-0.938,3.666c2.374,4.854,9.235,10.119,5.156,12.535c-5.636,3.346-5.044-8.871-9.426-7.574 c-4.388,1.291,2.557,10.66-1.245,11.141c-4.089,0.545-3.483-10.239-6.979-8.575c-2.522,1.206-0.929,3.071-0.938,4.899 c0.004,1.32-0.964,3.6-2.372,4.062c-3.593,1.171-8.544-1.065-10.251-3.59c-6.04-8.93,0.396-15.997,4.639-7.015 c3.023,4.642,5.182,0.834,2.839-2.219c-1.032-1.354-4.309-5.901-0.781-7.252c2.904-1.113,4.271,1.941,5.985,4.592 c2.61,4.016,5.485,0.117,3.031-3.414c-1.828-2.633-2.74-3.803,3.156-7.42c6.405-4.369,6.52,3.869,10.077,0.646 c2.309-1.832-4.783-5.149,0.06-8.995c2.896-2.293,5.18,6.207,7.961,3.516c3.523-2.737-7.717-7.369,0.117-11.736 C473.413,240.77,480.519,242.891,482.414,245.296z"/> Extracellular space Cytosol Plasma membrane Cytoskeleton Lysosome Endosome Peroxisome ER Golgi Apparatus Nucleus Mitochondrion 0 1 2 3 4 5 Confidence
  • 质膜
  • 细胞质
  • 细胞外
  • 高尔基体
  • 囊泡
  • 细胞骨架
  • 内质网
  • 细胞核
  • 内体
  • 溶酶体
  • 线粒体

LSM1基因的本体（GO）信息：

GO库代码
对应的蛋白质
来源代码
GO:0000290
O15116 (UniProtKB)
IBA
GO:0000339
O15116 (UniProtKB)
IBA
GO:0000375
O15116 (UniProtKB)
TAS
GO:0000932
O15116 (UniProtKB)
IBA
GO:0003729
O15116 (UniProtKB)
IEA
GO:0005515
O15116 (UniProtKB)
IPI
GO:0005515
O15116 (UniProtKB)
IPI
GO:0005515
O15116 (UniProtKB)
IPI
GO:0005515
O15116 (UniProtKB)
IPI
GO:0005515
O15116 (UniProtKB)
IPI
GO:0005515
O15116 (UniProtKB)
IPI
GO:0005515
O15116 (UniProtKB)
IPI
GO:0005634
O15116 (UniProtKB)
IDA
GO:0005737
O15116 (UniProtKB)
IDA
GO:0005829
O15116 (UniProtKB)
TAS
GO:0005829
O15116 (UniProtKB)
TAS
GO:0006397
O15116 (UniProtKB)
IEA
GO:0008380
O15116 (UniProtKB)
TAS
GO:0019827
O15116 (UniProtKB)
IEA
GO:0030424
O15116 (UniProtKB)
IEA
GO:0030425
O15116 (UniProtKB)
IEA
GO:0036002
O15116 (UniProtKB)
IEA
GO:0043025
O15116 (UniProtKB)
IEA
GO:0043928
O15116 (UniProtKB)
TAS
GO:0044822
O15116 (UniProtKB)
IDA
GO:0044822
O15116 (UniProtKB)
IDA
GO:0045665
O15116 (UniProtKB)
IEA
GO:0071044
O15116 (UniProtKB)
IMP
GO:1990124
O15116 (UniProtKB)
IEA

基因相关microRNA

基因相关microRNA

可能调控 LSM1基因的相关microRNA：     

基因相互作用关系

基因相互作用关系

Reactome

BioGrid

IntAct

mentha

String

基因与其他基因之间的相互作用关系图
序号 作用方式 资源库来源/分值 基因名称 基因名称

基因通路

基因通路

基因相关疾病

基因相关疾病

疾病名称 关系值 NofPmids NofSnps 来源
疾病名称 关系值 NofPmids NofSnps 来源
Schizophrenia 0.122367032 1 1 GAD_GWASCAT
Peripheral Neuropathy 0.12 1 0 CTD_human
Mammary Neoplasms 0.00272435 1 0 LHGDN
Prostatic Neoplasms 0.00272435 1 0 LHGDN
Tobacco Use Disorder 0.002367032 1 0 GAD
Malignant neoplasm of breast 0.000542884 2 0 BeFree
Breast Carcinoma 0.000542884 2 0 BeFree
Malignant neoplasm of pancreas 0.000542884 2 0 BeFree
Pancreatic carcinoma 0.000542884 2 0 BeFree
Pancreatic Neoplasm 0.000542884 2 0 BeFree

基因相关服务

基因相关服务

联系方式

山东省济南市 高新区 崇华路359号 三庆世纪财富中心C1115室

电话： 0531-88819269

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