LPP (LIM domain containing preferred translocation partner in lipoma)

基因基本信息

基因基本信息

symbol:
LPP
locus group:
protein-coding gene
location:
3q27.3-q28
gene_family:
alias symbol:
None
alias name:
lipoma preferred partner gene
entrez id:
4026
ensembl gene id:
ENSG00000145012
ucsc gene id:
uc032sne.1
refseq accession:
NM_005578
hgnc_id:
HGNC:6679
approved reserved:
1996-07-19

基因染色体位置

基因染色体位置

3q27.3-q28
基因染色体位置图

基因简述

基因简述

LPP（LIM domain containing preferred translocation partner in lipoma）基因位于人类染色体3号长臂（3q27-28），属于LIM蛋白家族成员。该基因编码的蛋白质含有三个LIM结构域，这是一种富含半胱氨酸和组氨酸的锌指结构域，介导蛋白质间的相互作用。LPP蛋白主要定位于细胞粘着斑和细胞核，参与细胞骨架重组、细胞迁移和转录调控等过程。在正常生理状态下，LPP通过其LIM结构域与多种蛋白质（如α-辅肌动蛋白、zyxin等）相互作用，调节细胞形态和运动。LPP基因的突变或染色体易位（如与HMGA2基因融合）与多种肿瘤发生相关，最常见于良性脂肪瘤，但也见于其他软组织肿瘤。当LPP基因发生易位时，其3'端与HMGA2基因的5'端融合，导致截短的HMGA2蛋白过度表达，促进细胞增殖。LPP过表达可能增强细胞迁移能力，这与肿瘤转移潜能相关；而敲低LPP表达则可能抑制细胞运动。LPP属于LIM蛋白家族，该家族成员均含有1-5个LIM结构域，参与细胞信号转导、基因表达调控和细胞骨架组织等过程。除肿瘤外，LPP还与心血管疾病相关，其在血管平滑肌细胞中表达，可能参与动脉粥样硬化和血管重塑。LPP在胚胎发育过程中也起重要作用，特别是在心脏和血管形成方面。最近研究还发现LPP可能参与T细胞活化，暗示其在免疫调节中的潜在功能。由于LPP的多功能性和广泛的组织分布，其表达失调可能影响多个生理系统，但具体机制仍需进一步研究。

This gene encodes a member of a subfamily of LIM domain proteins that are characterized by an N-terminal proline-rich region and three C-terminal LIM domains. The encoded protein localizes to the cell periphery in focal adhesions and may be involved in cell-cell adhesion and cell motility. This protein also shuttles through the nucleus and may function as a transcriptional co-activator. This gene is located at the junction of certain disease-related chromosomal translocations, which result in the expression of chimeric proteins that may promote tumor growth. Alternative splicing results in multiple transcript variants. [provided by RefSeq, Jul 2014]

这个基因编码LIM结构域的蛋白质的一个亚家族的特征在于N-末端富含脯氨酸区域和三个C末端LIM结构域的成员。所编码的蛋白质定位于在粘着细胞外围，并且可以参与细胞 - 细胞粘着和细胞运动。这种蛋白也穿梭通过核，并且可以作为一个转录共活化剂的作用。该基因位于某些疾病有关的染色体易位，其导致可能促进肿瘤生长的嵌合蛋白质的表达的交界处。选择性剪接结果在多个抄本变形。 [由RefSeq的，2014年7月提供]

OMIM数据库中对LPP基因的介绍     Wikipedia数据库中对LPP基因的介绍

基因序列

基因序列

LPP基因的碱基序列：[NCBI]
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基因突变

基因突变

LPP基因的碱基突变：           仅显示部分snp
rs168267       rs344949       rs344950       rs344951       rs344952       rs344953       rs344954       rs344955       rs344956       rs932154       rs1711000       rs2127519       rs4577458       rs7638087       rs7651670       rs9713434       rs9879946      

基因表达

基因表达

LPP基因在不同组织中的表达：    [UniProt]

基因在不同组织中的表达图

基因引物

基因引物

正向引物序列
正向Tm值
反向引物序列
反向Tm值
评分
CTATCTGAGATTCCAACAATGTCTC
59
GTTCCCAAAGGAATGGGTG
58
CTGACGAATACTTTGAATGCTG
58
GAGAGTGCAAAGTTGAAGGT
58
CTGACGAATACTTTGGCCG
59
AAGACCTGATCCATGGCAG
59
CTTTCCCGGGATAAGTAGC
57
CAAAGTTCCCACCTTGCAG
59
GACATCGTATTCCAACAATGTC
57
TAGACACTGAAATGCTGGG
57
CAGTTCTGTTCCCTTCAGG
57
AAAGTTCCCACACGATGTC
58
AGAAAGATAGACTGAGCTCCA
58
TGACCATTCTCTTGTGTCC
57
GCTACATTAATACTCTGGAGCAG
58
TGAGGATGATAGGCCTTCC
58
GACAAAGAAGGTTCTCTGATAAGAG
59
GTCGAAACTGGAGGAGAGG
59
AGATTGACTCCTTGACCAGC
59
TTGAACCAGTGGAGCTCTG
59

转录因子

转录因子

      尚未收录相关数据

基因本体信息

LPP基因（以及对应的蛋白质）的细胞分布位置：

[UniProt]     [GenomeNet]

" d="M482.414,245.296c3.539,4.293,4.455,10.009,0.202,11 c-4.244,0.996-4.983-10.983-8.293-8.438c-5.271,4.08,9.834,12.271,5.144,17.287c-3.717,3.607-6.172-5.75-10.839-1.976 c-4.673,3.776,6.781,7.299,2.831,11.326c-4.354,4.045-6.979-1.449-9.837-5.517c-1.193-1.742-2.059-3.851-3.595-2.748 c-1.516,1.078-1.854,1.795-0.938,3.666c2.374,4.854,9.235,10.119,5.156,12.535c-5.636,3.346-5.044-8.871-9.426-7.574 c-4.388,1.291,2.557,10.66-1.245,11.141c-4.089,0.545-3.483-10.239-6.979-8.575c-2.522,1.206-0.929,3.071-0.938,4.899 c0.004,1.32-0.964,3.6-2.372,4.062c-3.593,1.171-8.544-1.065-10.251-3.59c-6.04-8.93,0.396-15.997,4.639-7.015 c3.023,4.642,5.182,0.834,2.839-2.219c-1.032-1.354-4.309-5.901-0.781-7.252c2.904-1.113,4.271,1.941,5.985,4.592 c2.61,4.016,5.485,0.117,3.031-3.414c-1.828-2.633-2.74-3.803,3.156-7.42c6.405-4.369,6.52,3.869,10.077,0.646 c2.309-1.832-4.783-5.149,0.06-8.995c2.896-2.293,5.18,6.207,7.961,3.516c3.523-2.737-7.717-7.369,0.117-11.736 C473.413,240.77,480.519,242.891,482.414,245.296z"/> Extracellular space Cytosol Plasma membrane Cytoskeleton Lysosome Endosome Peroxisome ER Golgi Apparatus Nucleus Mitochondrion 0 1 2 3 4 5 Confidence
  • 质膜
  • 细胞质
  • 细胞外
  • 高尔基体
  • 囊泡
  • 细胞骨架
  • 内质网
  • 细胞核
  • 内体
  • 溶酶体
  • 线粒体

LPP基因的本体（GO）信息：

GO库代码
对应的蛋白质
来源代码
GO:0008270
A0A087WZF1 (UniProtKB)
IEA
GO:0005737
C9JUT4 (UniProtKB)
IDA
GO:0005925
C9JUT4 (UniProtKB)
IDA
GO:0005737
C9JXK9 (UniProtKB)
IDA
GO:0005925
C9JXK9 (UniProtKB)
IDA
GO:0005515
Q93052 (UniProtKB)
IPI
GO:0005515
Q93052 (UniProtKB)
IPI
GO:0005634
Q93052 (UniProtKB)
IEA
GO:0005737
Q93052 (UniProtKB)
IDA
GO:0005886
Q93052 (UniProtKB)
IEA
GO:0005925
Q93052 (UniProtKB)
IDA
GO:0005925
Q93052 (UniProtKB)
IDA
GO:0007155
Q93052 (UniProtKB)
IEA
GO:0008150
Q93052 (UniProtKB)
ND
GO:0008270
Q93052 (UniProtKB)
IEA

基因相关microRNA

基因相关microRNA

可能调控 LPP基因的相关microRNA：     

基因相互作用关系

基因相互作用关系

BioGrid

IntAct

mentha

基因与其他基因之间的相互作用关系图
序号 作用方式 资源库来源/分值 基因名称 基因名称

基因通路

基因通路

基因相关疾病

基因相关疾病

疾病名称 关系值 NofPmids NofSnps 来源
疾病名称 关系值 NofPmids NofSnps 来源
Celiac Disease 0.130011012 6 1 BeFree_GAD_GWASCAT
Juvenile arthritis 0.122638474 2 1 BeFree_CTD_human_GAD
Vitiligo 0.122367032 2 2 GAD_GWASCAT
Lymphoma, Follicular 0.120271442 1 5 BeFree_GWASCAT
Leukemia, Myelocytic, Acute 0.120271442 1 0 BeFree_CTD_human
Allergic sensitization 0.12 1 1 GWASCAT
Hamartoma 0.006263026 4 0 BeFree_LHGDN
Autoimmune Diseases 0.004734064 2 0 GAD
Diabetes Mellitus, Insulin-Dependent 0.004734064 2 0 GAD
Lipoma 0.003800186 14 0 BeFree

基因相关服务

基因相关服务

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