LMCD1 (LIM and cysteine rich domains 1)

基因基本信息

基因基本信息

symbol:
LMCD1
locus group:
protein-coding gene
location:
3p25.3
gene_family:
alias symbol:
None
alias name:
dyxin
entrez id:
29995
ensembl gene id:
ENSG00000071282
ucsc gene id:
uc010hci.4
refseq accession:
NM_014583
hgnc_id:
HGNC:6633
approved reserved:
2000-02-29

基因染色体位置

基因染色体位置

3p25.3
基因染色体位置图

基因简述

基因简述

LMCD1（LIM and cysteine-rich domains protein 1）是一种含有LIM结构域的蛋白质，主要参与调控细胞增殖、分化和基因表达。其生物学功能包括作为转录共调节因子，通过与转录因子或其他调控蛋白相互作用来影响基因表达。LMCD1在心脏发育、肌肉分化和肿瘤发生中发挥重要作用，尤其在心肌细胞分化过程中通过调控GATA4等转录因子的活性来影响心脏基因的表达网络。该蛋白的主要作用位点包括细胞核和细胞质，通过与DNA结合蛋白或信号分子相互作用来调节下游通路。LMCD1的突变可能导致其功能异常，与心肌病、肺动脉高压和某些癌症（如肝癌和肺癌）的发生发展相关。例如，在肺动脉高压中，LMCD1的异常表达会促进血管平滑肌细胞增殖，加剧血管重塑。当LMCD1过表达时，可能促进细胞增殖和迁移，导致肿瘤进展或纤维化疾病；而降低其表达则可能抑制这些病理过程，但同时也可能影响正常组织发育（如心脏功能）。LMCD1属于LIM结构域蛋白家族，该家族成员通常通过LIM结构域介导蛋白质-蛋白质相互作用，参与细胞骨架组织、信号转导和基因表达调控等过程。这一家族的共性包括含有1-5个LIM结构域（每个约由50-60个氨基酸组成，形成锌指结构），并广泛参与发育调控和疾病进程。研究表明LMCD1与LMO家族蛋白功能相关，可能在转录复合物组装中发挥支架作用。

This gene encodes a member of the LIM-domain family of zinc finger proteins. The encoded protein contains an N-terminal cysteine-rich domain and two C-terminal LIM domains. The presence of LIM domains suggests involvement in protein-protein interactions. The protein may act as a co-regulator of transcription along with other transcription factors. Alternate splicing results in multiple transcript variants of this gene. [provided by RefSeq, May 2013]

该基因编码的LIM域家族锌指蛋白中的一员。所编码的蛋白质含有N-末端富含半胱氨酸的结构域和两个C-末端LIM结构域。 LIM结构域的存在表明在蛋白质 - 蛋白质相互作用的参与。该蛋白质可以充当转录与其它转录因子沿着共同调节器。选择性剪接的结果在该基因的多个转录物变体。 [由RefSeq的，2013年5月提供]

OMIM数据库中对LMCD1基因的介绍     Wikipedia数据库中对LMCD1基因的介绍

基因序列

基因序列

LMCD1基因的碱基序列：[NCBI]
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基因突变

基因突变

LMCD1基因的碱基突变：           仅显示部分snp
rs242382       rs779440       rs1566389       rs2324625       rs3066442       rs3755789       rs4349489       rs5846598       rs7427814       rs9861544       rs17049204       rs17049212       rs57064277       rs57546631       rs58040845       rs60759247       rs61540937      

基因表达

基因表达

LMCD1基因在不同组织中的表达：    [UniProt]

基因在不同组织中的表达图

基因引物

基因引物

正向引物序列
正向Tm值
反向引物序列
反向Tm值
评分
CTAAGGACCTCAACCCAGG
59
CATGTACTGCAGTCCCTCC
60
AATATAAGAGCGAGGCCCTC
59
GGACTGGCTTGTATTCCAC
58
GAGCCACATTCATGGAGGA
60
AGATGTTAGGCAGTGGTCC
59
ATTCATGGAGGGACTGCAG
60
GGGATCCTGGTCATAGATGG
59
ATTTCGACCGCATATGTCC
58
CTGCATTTGCAAGACTTGC
59
TTGCTACTGGGAAAGATCCC
60
TACTGCAGTCCCAGTTTCTG
60
TCGAGCCACATTCATGGAG
60
GATGTTAGGCAGTGGTCCT
59
TGCGATGAGATAATATTCGCTG
59
CAACCCTCACAGACAAAGTG
59
TGCGATGAGATAATATTCGCTG
59
CAACCCTCACAGACAAAGTG
59
CATTTCGACCGCATATGTCC
60
CTCCATGAATGTGGCTCGA
60

转录因子

转录因子

      尚未收录相关数据

基因本体信息

LMCD1基因（以及对应的蛋白质）的细胞分布位置：

[UniProt]     [GenomeNet]

" d="M482.414,245.296c3.539,4.293,4.455,10.009,0.202,11 c-4.244,0.996-4.983-10.983-8.293-8.438c-5.271,4.08,9.834,12.271,5.144,17.287c-3.717,3.607-6.172-5.75-10.839-1.976 c-4.673,3.776,6.781,7.299,2.831,11.326c-4.354,4.045-6.979-1.449-9.837-5.517c-1.193-1.742-2.059-3.851-3.595-2.748 c-1.516,1.078-1.854,1.795-0.938,3.666c2.374,4.854,9.235,10.119,5.156,12.535c-5.636,3.346-5.044-8.871-9.426-7.574 c-4.388,1.291,2.557,10.66-1.245,11.141c-4.089,0.545-3.483-10.239-6.979-8.575c-2.522,1.206-0.929,3.071-0.938,4.899 c0.004,1.32-0.964,3.6-2.372,4.062c-3.593,1.171-8.544-1.065-10.251-3.59c-6.04-8.93,0.396-15.997,4.639-7.015 c3.023,4.642,5.182,0.834,2.839-2.219c-1.032-1.354-4.309-5.901-0.781-7.252c2.904-1.113,4.271,1.941,5.985,4.592 c2.61,4.016,5.485,0.117,3.031-3.414c-1.828-2.633-2.74-3.803,3.156-7.42c6.405-4.369,6.52,3.869,10.077,0.646 c2.309-1.832-4.783-5.149,0.06-8.995c2.896-2.293,5.18,6.207,7.961,3.516c3.523-2.737-7.717-7.369,0.117-11.736 C473.413,240.77,480.519,242.891,482.414,245.296z"/> Extracellular space Cytosol Plasma membrane Cytoskeleton Lysosome Endosome Peroxisome ER Golgi Apparatus Nucleus Mitochondrion 0 1 2 3 4 5 Confidence
  • 质膜
  • 细胞质
  • 细胞外
  • 高尔基体
  • 囊泡
  • 细胞骨架
  • 内质网
  • 细胞核
  • 内体
  • 溶酶体
  • 线粒体

LMCD1基因的本体（GO）信息：

GO库代码
对应的蛋白质
来源代码
GO:0008270
B4DEY6 (UniProtKB)
IEA
GO:0008270
C9IYS1 (UniProtKB)
IEA
GO:0008270
H7C3D2 (UniProtKB)
IEA
GO:0000122
Q9NZU5 (UniProtKB)
IEA
GO:0002230
Q9NZU5 (UniProtKB)
IMP
GO:0003714
Q9NZU5 (UniProtKB)
ISS
GO:0003714
Q9NZU5 (UniProtKB)
IBA
GO:0005615
Q9NZU5 (UniProtKB)
IDA
GO:0005634
Q9NZU5 (UniProtKB)
IBA
GO:0005654
Q9NZU5 (UniProtKB)
TAS
GO:0005737
Q9NZU5 (UniProtKB)
IEA
GO:0006351
Q9NZU5 (UniProtKB)
IEA
GO:0008270
Q9NZU5 (UniProtKB)
IEA
GO:0010611
Q9NZU5 (UniProtKB)
IMP
GO:0044267
Q9NZU5 (UniProtKB)
TAS
GO:0070886
Q9NZU5 (UniProtKB)
IMP
GO:0098779
Q9NZU5 (UniProtKB)
IGI
GO:0098792
Q9NZU5 (UniProtKB)
IMP
GO:0031012
Q9NZU5 (UniProtKB)
IDA

基因相关microRNA

基因相关microRNA

可能调控 LMCD1基因的相关microRNA：     

基因相互作用关系

基因相互作用关系

MINT

BioGrid

IntAct

mentha

String

基因与其他基因之间的相互作用关系图
序号 作用方式 资源库来源/分值 基因名称 基因名称

基因通路

基因通路

基因相关疾病

基因相关疾病

疾病名称 关系值 NofPmids NofSnps 来源
疾病名称 关系值 NofPmids NofSnps 来源
Mitral Valve Insufficiency 0.12 1 0 CTD_human
Mitral Valve Prolapse Syndrome 0.12 1 0 CTD_human
Tobacco Use Disorder 0.002367032 1 0 GAD
Regurgitation 0.000271442 1 0 BeFree
Liver carcinoma 0.000271442 1 0 BeFree
Secondary malignant neoplasm of lung 0.000271442 1 1 BeFree
Neoplasm Metastasis 0.000271442 1 0 BeFree

基因相关服务

基因相关服务

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