LINC00858 (long intergenic non-protein coding RNA 858)

基因基本信息

基因基本信息

symbol:
LINC00858
locus group:
non-coding RNA
location:
10q23.1
gene_family:
alias symbol:
CRCAL-2
alias name:
colorectal cancer associated lncRNA
entrez id:
170425
ensembl gene id:
ENSG00000229404
ucsc gene id:
uc001kdf.1
refseq accession:
NR_038220
hgnc_id:
HGNC:27276
approved reserved:
2013-02-15

基因染色体位置

基因染色体位置

10q23.1
基因染色体位置图

基因序列

基因序列

CCND1基因的碱基序列：[NCBI]
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基因突变

基因突变

LINC00858基因的碱基突变：           仅显示部分snp
rs4281435       rs4366428       rs4933318       rs4933997       rs7068652       rs7085624       rs7894492       rs7895411       rs7897738       rs7897842       rs7898126       rs7898509       rs7899852       rs7903999       rs7914940       rs7922596       rs10749484      

基因表达

基因表达

LINC00858基因在不同组织中的表达：    [UniProt]

基因在不同组织中的表达图

基因引物

基因引物

正向引物序列
正向Tm值
反向引物序列
反向Tm值
评分
GAATAGGAACAGCTCCGGT
59
CCAAGCCTAACTCAGATGGA
59
TTCCATCTGAGTTAGGCTTGG
60
TGACAAGGTGACTGAGCTG
60
CCTACTAACAAAGCACTGGT
58
TCTGGACTTCTGTAGTAGTCAG
59
AATAGGAACAGCTCCGGTC
59
CCAAGCCTAACTCAGATGGA
59
TCCATCTGAGTTAGGCTTGG
59
TGACAAGGTGACTGAGCTG
60
CCTGACTACTACAGAAGTCCAG
59
AACCATTTGTGATGGAATCACC
60
CCCTGACTACTACAGAAGTCC
59
ACCATTTGTGATGGAATCACC
59
GAACAGCTCCGGTCTACAG
60
CCAAGCCTAACTCAGATGGA
59
GAACAGCTCCGGTCTACAG
59
CCAAGCCTAACTCAGATGGA
59

转录因子

转录因子

      尚未收录相关数据

基因本体信息

LINC00858基因（以及对应的蛋白质）的细胞分布位置：

[UniProt]     [GenomeNet]

" d="M482.414,245.296c3.539,4.293,4.455,10.009,0.202,11 c-4.244,0.996-4.983-10.983-8.293-8.438c-5.271,4.08,9.834,12.271,5.144,17.287c-3.717,3.607-6.172-5.75-10.839-1.976 c-4.673,3.776,6.781,7.299,2.831,11.326c-4.354,4.045-6.979-1.449-9.837-5.517c-1.193-1.742-2.059-3.851-3.595-2.748 c-1.516,1.078-1.854,1.795-0.938,3.666c2.374,4.854,9.235,10.119,5.156,12.535c-5.636,3.346-5.044-8.871-9.426-7.574 c-4.388,1.291,2.557,10.66-1.245,11.141c-4.089,0.545-3.483-10.239-6.979-8.575c-2.522,1.206-0.929,3.071-0.938,4.899 c0.004,1.32-0.964,3.6-2.372,4.062c-3.593,1.171-8.544-1.065-10.251-3.59c-6.04-8.93,0.396-15.997,4.639-7.015 c3.023,4.642,5.182,0.834,2.839-2.219c-1.032-1.354-4.309-5.901-0.781-7.252c2.904-1.113,4.271,1.941,5.985,4.592 c2.61,4.016,5.485,0.117,3.031-3.414c-1.828-2.633-2.74-3.803,3.156-7.42c6.405-4.369,6.52,3.869,10.077,0.646 c2.309-1.832-4.783-5.149,0.06-8.995c2.896-2.293,5.18,6.207,7.961,3.516c3.523-2.737-7.717-7.369,0.117-11.736 C473.413,240.77,480.519,242.891,482.414,245.296z"/> Extracellular space Cytosol Plasma membrane Cytoskeleton Lysosome Endosome Peroxisome ER Golgi Apparatus Nucleus Mitochondrion 0 1 2 3 4 5 Confidence
  • 质膜
  • 细胞质
  • 细胞外
  • 高尔基体
  • 囊泡
  • 细胞骨架
  • 内质网
  • 细胞核
  • 内体
  • 溶酶体
  • 线粒体

LINC00858基因的本体（GO）信息：

基因相关microRNA

基因相关microRNA

可能调控 LINC00858基因的相关microRNA：     

基因相互作用关系

基因相互作用关系

基因与其他基因之间的相互作用关系图
序号 作用方式 资源库来源/分值 基因名称 基因名称

基因通路

基因通路

基因相关疾病

基因相关疾病

疾病名称 关系值 NofPmids NofSnps 来源
疾病名称 关系值 NofPmids NofSnps 来源

基因相关服务

基因相关服务

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