LCN1 (lipocalin 1)

symbol:
LCN1
locus group:
protein-coding gene
location:
9q34.3
gene_family:
Lipocalins
alias symbol:
VEGP|TP|PMFA|MGC71975|TLC
alias name:
Von Ebner gland protein|tear lipoc…
entrez id:
3933
ensembl gene id:
ENSG00000160349
ucsc gene id:
uc004cfz.3
refseq accession:
NM_002297
hgnc_id:
HGNC:6525
approved reserved:
1993-05-03
9q34.3
基因染色体位置图

LCN1(Lipocalin 1)属于脂质运载蛋白(lipocalin)基因家族,该家族成员通常具有保守的β-桶状结构,能够结合和运输疏水分子如脂类、类固醇和气味分子等。LCN1主要在泪液、唾液和其他外分泌液中被发现,其编码的蛋白质被称为泪液前白蛋白(tear lipocalin)或von Ebner腺蛋白,具有多种生物学功能。LCN1蛋白的主要作用包括结合和运输脂溶性分子(如脂肪酸、胆固醇等),参与泪液的稳定性和眼表保护,还具有抗菌和抗炎特性,能够抑制细菌生长并调节免疫反应。LCN1在眼表防御中起关键作用,通过与病原体竞争结合资源或直接中和毒素来保护眼睛免受感染。LCN1基因突变可能导致蛋白质功能异常,与干眼症、角膜炎等眼表疾病相关,某些突变可能影响泪液质量或导致脂质代谢紊乱。LCN1的过表达可能增强眼表防御能力,但过度结合脂质可能干扰正常泪膜结构;而表达降低则可能导致泪液不稳定、眼表炎症风险增加或抗菌功能减弱。脂质运载蛋白家族的共性包括:能够结合小分子疏水物质、参与信号传导、免疫调节和感官功能(如嗅觉)。LCN1与其他家族成员(如LCN2)具有结构相似性,但组织分布和功能存在特异性。研究表明LCN1还可能与某些癌症(如乳腺癌)的进展相关,可能通过调节细胞增殖或脂代谢发挥作用。

This gene encodes a member of the lipocalin family of small secretory proteins. Lipocalins are extracellular transport proteins that bind to a variety of hydrophobic ligands. The encoded protein is the primary lipid binding protein in tears and is overproduced in response to multiple stimuli including infection and stress. The encoded protein may be a marker for chromosome aneuploidy as well as an autoantigen in Sjogren's syndrome. Alternatively spliced transcript variants encoding multiple isoforms have been observed for this gene, and two pseudogenes of this gene are also located on the long arm of chromosome 9. [provided by RefSeq, Nov 2011]

该基因编码的脂笼蛋白家族的小分泌蛋白的一个成员。脂质运载蛋白是结合到各种疏水性配体的胞外转运蛋白。所编码的蛋白质是主要的脂质流泪结合蛋白,是响应于多种刺激,包括感染和应力过量产生。所编码的蛋白质可以是用于染色体非整倍性的标志物,以及在干燥综合征的自身抗原。另外剪接转录变体编码多种亚型已经观察到这种基因,而这种基因的两个假也位于[由RefSeq的,2011年11月提供的]的9号染色体长臂

LCN1基因的碱基序列:[NCBI]
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LCN1基因的碱基突变:           仅显示部分snp
rs210088       rs2120943       rs3216169       rs3827832       rs4841993       rs11103047       rs11103048       rs11103049       rs12379612       rs13284515       rs34042004       rs34145173       rs35905708       rs55678722       rs55713520       rs55773005       rs55775231      

LCN1基因在不同组织中的表达:    [UniProt]

基因在不同组织中的表达图
正向引物序列
正向Tm值
反向引物序列
反向Tm值
评分
GAGATTCAGGATGTGTCAGG
57
CGATTCCAGATTCATCTCAGG
58
GATTCAGGATGTGTCAGGG
57
ACCGATTCCAGATTCATCTC
57
AGATTCAGGATGTGTCAGGG
59
CCGATTCCAGATTCATCTCAG
58
      尚未收录相关数据

LCN1基因(以及对应的蛋白质)的细胞分布位置:

[UniProt]     [GenomeNet]

" d="M482.414,245.296c3.539,4.293,4.455,10.009,0.202,11 c-4.244,0.996-4.983-10.983-8.293-8.438c-5.271,4.08,9.834,12.271,5.144,17.287c-3.717,3.607-6.172-5.75-10.839-1.976 c-4.673,3.776,6.781,7.299,2.831,11.326c-4.354,4.045-6.979-1.449-9.837-5.517c-1.193-1.742-2.059-3.851-3.595-2.748 c-1.516,1.078-1.854,1.795-0.938,3.666c2.374,4.854,9.235,10.119,5.156,12.535c-5.636,3.346-5.044-8.871-9.426-7.574 c-4.388,1.291,2.557,10.66-1.245,11.141c-4.089,0.545-3.483-10.239-6.979-8.575c-2.522,1.206-0.929,3.071-0.938,4.899 c0.004,1.32-0.964,3.6-2.372,4.062c-3.593,1.171-8.544-1.065-10.251-3.59c-6.04-8.93,0.396-15.997,4.639-7.015 c3.023,4.642,5.182,0.834,2.839-2.219c-1.032-1.354-4.309-5.901-0.781-7.252c2.904-1.113,4.271,1.941,5.985,4.592 c2.61,4.016,5.485,0.117,3.031-3.414c-1.828-2.633-2.74-3.803,3.156-7.42c6.405-4.369,6.52,3.869,10.077,0.646 c2.309-1.832-4.783-5.149,0.06-8.995c2.896-2.293,5.18,6.207,7.961,3.516c3.523-2.737-7.717-7.369,0.117-11.736 C473.413,240.77,480.519,242.891,482.414,245.296z"/> Extracellular space Cytosol Plasma membrane Cytoskeleton Lysosome Endosome Peroxisome ER Golgi Apparatus Nucleus Mitochondrion 0 1 2 3 4 5 Confidence
  • 质膜
  • 细胞质
  • 细胞外
  • 高尔基体
  • 囊泡
  • 细胞骨架
  • 内质网
  • 细胞核
  • 内体
  • 溶酶体
  • 线粒体

LCN1基因的本体(GO)信息:

GO库代码
对应的蛋白质
来源代码
GO:0001895
P31025 (UniProtKB)
IEP
GO:0004869
P31025 (UniProtKB)
TAS
GO:0005576
P31025 (UniProtKB)
TAS
GO:0005615
P31025 (UniProtKB)
IDA
GO:0005615
P31025 (UniProtKB)
IDA
GO:0006508
P31025 (UniProtKB)
TAS
GO:0010951
P31025 (UniProtKB)
IEA
GO:0015909
P31025 (UniProtKB)
TAS
GO:0050896
P31025 (UniProtKB)
IEA
GO:0050909
P31025 (UniProtKB)
IEA
GO:0070062
P31025 (UniProtKB)
IDA

可能调控 LCN1基因的相关microRNA:     

BioGrid

IntAct

mentha

String

基因与其他基因之间的相互作用关系图
序号 作用方式 资源库来源/分值 基因名称 基因名称
疾病名称 关系值 NofPmids NofSnps 来源
疾病名称 关系值 NofPmids NofSnps 来源
Sjogren's Syndrome 0.00272435 1 0 LHGDN
Alzheimer's Disease 0.002367032 1 0 GAD
Carcinoma breast stage IV 0.000271442 1 0 BeFree
Exanthema 0.000271442 1 0 BeFree
Teratocarcinoma 0.000271442 1 0 BeFree
Spots on skin 0.000271442 1 0 BeFree
Carcinoma, Transitional Cell 0.000271442 1 0 BeFree
Mycoses 0.000271442 1 0 BeFree
Bronchiolitis Obliterans 0.000271442 1 0 BeFree
invasive cancer 0.000271442 1 0 BeFree

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