IKZF1 (IKAROS family zinc finger 1)

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IKZF1
locus group:
protein-coding gene
location:
7p12.2
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Zinc fingers, C2H2-type|Protein phosphatase 1 regulatory subunits
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hIk-1|LyF-1|Hs.54452|IKAROS|PPP1R92
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protein phosphatase 1, regulatory …
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HGNC:13176
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1999-08-23
7p12.2
基因染色体位置图

IKZF1(Ikaros家族锌指蛋白1)是Ikaros转录因子家族的核心成员,该家族还包括IKZF2(Helios)、IKZF3(Aiolos)等,共同特点是含有多个C2H2型锌指结构域(一种能结合DNA的蛋白模块),通过调控基因表达影响免疫系统发育和功能。IKZF1主要在造血干细胞和淋巴细胞中表达,其蛋白产物通过锌指结构结合特定DNA序列(如GGGAAT核心基序),作为转录因子激活或抑制靶基因(如CD4、CD8、IL-7R等),对B细胞和T细胞的分化、成熟及功能维持起关键作用。IKZF1突变可导致功能丧失(如显性负效应突变),引发免疫缺陷(如常见变异型免疫缺陷病)、白血病(如BCR-ABL1阳性ALL中IKZF1缺失与耐药相关)或自身免疫疾病。其单倍剂量不足(haploinsufficiency,即一个等位基因失效)与儿童急性淋巴细胞白血病(ALL)高风险相关,因IKZF1正常表达能抑制癌基因如NOTCH1的活性。过表达IKZF1会抑制细胞周期(如阻滞在G1期)并促进淋巴细胞凋亡,而表达降低则导致淋巴细胞发育异常(如前B细胞受体信号失调)和免疫监视功能缺陷。在基因家族层面,Ikaros成员均通过锌指介导的DNA结合和蛋白质互作(如与NuRD染色质重塑复合物结合)调控表观遗传修饰,但各成员具有组织特异性(如IKZF3侧重调节浆细胞)。临床中针对IKZF1异常的药物(如来那度胺)可通过促进IKZF1蛋白降解治疗多发性骨髓瘤。

This gene encodes a transcription factor that belongs to the family of zinc-finger DNA-binding proteins associated with chromatin remodeling. The expression of this protein is restricted to the fetal and adult hemo-lymphopoietic system, and it functions as a regulator of lymphocyte differentiation. Several alternatively spliced transcript variants encoding different isoforms have been described for this gene. Most isoforms share a common C-terminal domain, which contains two zinc finger motifs that are required for hetero- or homo-dimerization, and for interactions with other proteins. The isoforms, however, differ in the number of N-terminal zinc finger motifs that bind DNA and in nuclear localization signal presence, resulting in members with and without DNA-binding properties. Only a few isoforms contain the requisite three or more N-terminal zinc motifs that confer high affinity binding to a specific core DNA sequence element in the promoters of target genes. The non-DNA-binding isoforms are largely found in the cytoplasm, and are thought to function as dominant-negative factors. Overexpression of some dominant-negative isoforms have been associated with B-cell malignancies, such as acute lymphoblastic leukemia (ALL). [provided by RefSeq, May 2014]

这个基因编码属于该家族与染色质重塑相关的锌指DNA结合蛋白的转录因子。该蛋白质的表达被限制在胎儿和成人HEMO-lymphopoietic系统,并且它用作淋巴细胞分化的调节器。编码不同同种型的几个可变剪接转录物变体已被用于这个基因说明。最亚型共享共同的C-末端结构域,其中包含所需的异或同二聚化,并与其他蛋白的相互作用两个锌指基序。的同种型,但是,不同之处在于结合DNA N末端锌指基序的数目和在核定位信号存在,导致有和没有DNA结合性质的成员。只有几个同种型含有赋予高亲和力靶基因的启动子结合到特定的核心的DNA序列元件所需的三个或更多个N-末端锌基序。非DNA结合同种型是在细胞质基本上找到,并且被认为是作为显性负因素。一些显性负亚型的过度表达已与B-细胞恶性肿瘤,例如急性淋巴细胞白血病(ALL)相关联。 [由RefSeq的,2014年5月提供]

IKZF1基因的碱基序列:[NCBI]
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IKZF1基因的碱基突变:           仅显示部分snp
rs1135175       rs4129077       rs4132098       rs4132601       rs6421315       rs6583437       rs6583438       rs6583439       rs6583440       rs6583441       rs6583442       rs6592921       rs6592965       rs6592967       rs6592990       rs6948768       rs6952409      

IKZF1基因在不同组织中的表达:    [UniProt]

基因在不同组织中的表达图
正向引物序列
正向Tm值
反向引物序列
反向Tm值
评分
CGATACTCCAGATGAGGGC
59
ACATTACTGGCCACGACTC
59
CAAGAGTGACAGAGTCGTG
58
TTCTCCTTCTCGTAGCTGG
59
CTTCAAATGCCACCTCTGC
60
TCTTTAATGACGGAGTGCGT
60
CCTTCAAATGCCACCTCTG
59
GTGAGGTTTACCAACGGAG
58
AAGTTTCAGGGAAGGAAAGC
58
CACTCTTGGAGCTTTGCTG
59
CTCTCCTGGTATCACAACCC
60
GAAGATAGTCACAATTCCAACAGAG
60
CTTCAAATGCCACCTCTGC
60
TCTTTAATGACGGAGTGCGT
60
CAAATCCACATAACCTGAGGAC
59
TTCTCCTTCTCGTAGCTGG
59
CGATACTCCAGATGAGGGC
59
ACATTACTGGCCACGACTC
60
CAAATCCACATAACCTGAGGAC
59
TCTTCTGCCATTTCACTGTG
59
转录因子
影响基因
影响类型
参考文献链接(PubMed)
IKZF1
FGFR4
Activation

IKZF1基因(以及对应的蛋白质)的细胞分布位置:

[UniProt]     [GenomeNet]

" d="M482.414,245.296c3.539,4.293,4.455,10.009,0.202,11 c-4.244,0.996-4.983-10.983-8.293-8.438c-5.271,4.08,9.834,12.271,5.144,17.287c-3.717,3.607-6.172-5.75-10.839-1.976 c-4.673,3.776,6.781,7.299,2.831,11.326c-4.354,4.045-6.979-1.449-9.837-5.517c-1.193-1.742-2.059-3.851-3.595-2.748 c-1.516,1.078-1.854,1.795-0.938,3.666c2.374,4.854,9.235,10.119,5.156,12.535c-5.636,3.346-5.044-8.871-9.426-7.574 c-4.388,1.291,2.557,10.66-1.245,11.141c-4.089,0.545-3.483-10.239-6.979-8.575c-2.522,1.206-0.929,3.071-0.938,4.899 c0.004,1.32-0.964,3.6-2.372,4.062c-3.593,1.171-8.544-1.065-10.251-3.59c-6.04-8.93,0.396-15.997,4.639-7.015 c3.023,4.642,5.182,0.834,2.839-2.219c-1.032-1.354-4.309-5.901-0.781-7.252c2.904-1.113,4.271,1.941,5.985,4.592 c2.61,4.016,5.485,0.117,3.031-3.414c-1.828-2.633-2.74-3.803,3.156-7.42c6.405-4.369,6.52,3.869,10.077,0.646 c2.309-1.832-4.783-5.149,0.06-8.995c2.896-2.293,5.18,6.207,7.961,3.516c3.523-2.737-7.717-7.369,0.117-11.736 C473.413,240.77,480.519,242.891,482.414,245.296z"/> Extracellular space Cytosol Plasma membrane Cytoskeleton Lysosome Endosome Peroxisome ER Golgi Apparatus Nucleus Mitochondrion 0 1 2 3 4 5 Confidence
  • 质膜
  • 细胞质
  • 细胞外
  • 高尔基体
  • 囊泡
  • 细胞骨架
  • 内质网
  • 细胞核
  • 内体
  • 溶酶体
  • 线粒体

IKZF1基因的本体(GO)信息:

GO库代码
对应的蛋白质
来源代码
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Q13422 (UniProtKB)
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R9R4D9 (UniProtKB)
IEA
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R9R4D9 (UniProtKB)
IEA

可能调控 IKZF1基因的相关microRNA:     

MINT

BioGrid

IntAct

mentha

String

基因与其他基因之间的相互作用关系图
序号 作用方式 资源库来源/分值 基因名称 基因名称
疾病名称 关系值 NofPmids NofSnps 来源
疾病名称 关系值 NofPmids NofSnps 来源
Precursor Cell Lymphoblastic Leukemia Lymphoma 0.265946256 44 2 BeFree_CTD_human_GAD_GWASCAT_LHGDN
Lupus Erythematosus, Systemic 0.126634157 8 1 BeFree_CTD_human_GAD
Lymphoma 0.125991584 5 0 BeFree_CTD_human_LHGDN
Leukemia, Lymphocytic, Acute, L1 0.125428837 23 6 BeFree_GWASCAT
Stevens-Johnson Syndrome 0.120271442 1 0 BeFree_ORPHANET
Precursor B-Cell Lymphoblastic Leukemia-Lymphoma 0.120271442 2 0 BeFree_CTD_human
Ulcerative Colitis 0.12 1 0 CTD_human
LEUKEMIA, ACUTE LYMPHOBLASTIC, SUSCEPTIBILITY TO, 3 0.12 0 0 ORPHANET
Acute lymphocytic leukemia 0.011400559 42 1 BeFree
leukemia 0.008348685 13 0 BeFree_GAD_LHGDN

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