HMGN3 (high mobility group nucleosomal binding domain 3)

基因基本信息

基因基本信息

symbol:
HMGN3
locus group:
protein-coding gene
location:
6q14.1
gene_family:
Canonical high mobility group
alias symbol:
None
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None
entrez id:
9324
ensembl gene id:
ENSG00000118418
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uc003pit.4
refseq accession:
NM_004242
hgnc_id:
HGNC:12312
approved reserved:
1999-03-19

基因染色体位置

基因染色体位置

6q14.1
基因染色体位置图

基因简述

基因简述

HMGN3（High Mobility Group Nucleosomal Binding Domain 3，高迁移率族核小体结合域3）是HMGN基因家族的一员，该家族以调控染色质结构和基因表达为主要功能。HMGN家族成员（如HMGN1、HMGN2等）通过结合核小体（染色质的基本单位）中的组蛋白，松散染色质结构，促进转录因子接近DNA，从而激活或抑制基因表达。HMGN3在多种组织中表达，尤其在睾丸、大脑和肝脏中活性较高，其表达产物是一种小分子核蛋白，通过竞争性结合核小体影响组蛋白修饰（如乙酰化或甲基化），进而调控下游基因的转录活性。HMGN3的功能特点包括参与细胞分化、DNA损伤修复和维持基因组稳定性。若HMGN3发生突变，可能导致其核小体结合能力下降，破坏染色质动态平衡，引发转录紊乱。研究发现，HMGN3表达异常与某些癌症（如肝癌和胶质瘤）相关，其过表达可能通过激活促癌信号通路（如Wnt/β-catenin）加速肿瘤进展，而低表达则可能削弱DNA修复能力，增加基因组不稳定性。在基因家族层面，HMGN成员均含有保守的核小体结合域（NBD）和染色质解聚模块，但各成员的组织分布和靶基因偏好存在差异。例如，HMGN3在神经发育中作用突出，而HMGN1更多参与免疫调控。实验表明，强制过表达HMGN3会干扰其他HMGN蛋白的功能平衡，导致染色质过度松散并引发非特异性基因激活；反之，敲低HMGN3可能使染色质紧缩，抑制依赖其开放的基因（如细胞周期相关基因）。这些效应提示HMGN3在表观遗传调控网络中具有剂量敏感性，其表达水平需精确调控以维持细胞稳态。

Thyroid hormone receptors are hormone-dependent transcription factors that regulate expression of a variety of specific target genes. The protein encoded by this gene binds thyroid hormone receptor beta, but only in the presence of thyroid hormone. The encoded protein, a member of the HMGN protein family, is thought to reduce the compactness of the chromatin fiber in nucleosomes, thereby enhancing transcription from chromatin templates. Alternatively spliced transcript variants encoding different isoforms have been found for this gene. [provided by RefSeq, Jan 2011]

甲状腺激素受体是调节的各种特定靶基因的表达激素依赖性转录因子。由该基因编码的蛋白质结合甲状腺激素受体β，但只有在甲状腺激素的存在。编码的蛋白质，所述HMGN蛋白家族的一个成员，被认为是降低的染色质纤维的致密性在核小体，从而增强从染色质模板转录。已发现该基因编码不同亚型选择性剪接转录变异体。 [由RefSeq的，2011年1月提供]

OMIM数据库中对HMGN3基因的介绍     Wikipedia数据库中对HMGN3基因的介绍

基因序列

基因序列

HMGN3基因的碱基序列：[NCBI]
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基因突变

基因突变

HMGN3基因的碱基突变：           仅显示部分snp
rs1060419       rs1335535       rs1335536       rs3076135       rs9294133       rs9294134       rs9350803       rs9361504       rs12191682       rs12193393       rs12202025       rs12661489       rs13220697       rs16879574       rs34937485       rs55773960       rs55775949      

基因表达

基因表达

HMGN3基因在不同组织中的表达：    [UniProt]

基因在不同组织中的表达图

基因引物

基因引物

正向引物序列
正向Tm值
反向引物序列
反向Tm值
评分
GGTGCTAAAGGGAAGAAGGA
60
TTTCTGTGCCTCTTCAGCT
59
AGCTGAAGAGATCCACATCTC
59
CCTTTACTGACAGTGTGCTG
59
GAGGGCAAAGATGGATCCA
60
TTTCTGTGCCTTCCTTTCCA
60
CTGCTAAGAAAGAACCTGGAG
59
CTTCCTTTCCAGCTTCCTG
58
GATGGATCCAAAGTAACTAAACAGG
60
TTTCTGTGCCTTCCTTTCCA
60
TGCTAAAGGGAAGAAGGAGG
59
TTTCTGTGCCTCTTCAGCT
59
CTGCTAAGAAAGAACCTGGA
57
CTTCCTTTCCAGCTTCCTG
58
GCTGAAGAGATCCACATCTC
58
CCTTTACTGACAGTGTGCT
57
GTAACTAAACAGGAGCCCAC
58
TCTTGGTTTGGGTTCAGGT
59
GCTAAAGGGAAGAAGGAGGA
59
TTTCTGTGCCTCTTCAGCT
59

转录因子

转录因子

      尚未收录相关数据

基因本体信息

HMGN3基因（以及对应的蛋白质）的细胞分布位置：

[UniProt]     [GenomeNet]

" d="M482.414,245.296c3.539,4.293,4.455,10.009,0.202,11 c-4.244,0.996-4.983-10.983-8.293-8.438c-5.271,4.08,9.834,12.271,5.144,17.287c-3.717,3.607-6.172-5.75-10.839-1.976 c-4.673,3.776,6.781,7.299,2.831,11.326c-4.354,4.045-6.979-1.449-9.837-5.517c-1.193-1.742-2.059-3.851-3.595-2.748 c-1.516,1.078-1.854,1.795-0.938,3.666c2.374,4.854,9.235,10.119,5.156,12.535c-5.636,3.346-5.044-8.871-9.426-7.574 c-4.388,1.291,2.557,10.66-1.245,11.141c-4.089,0.545-3.483-10.239-6.979-8.575c-2.522,1.206-0.929,3.071-0.938,4.899 c0.004,1.32-0.964,3.6-2.372,4.062c-3.593,1.171-8.544-1.065-10.251-3.59c-6.04-8.93,0.396-15.997,4.639-7.015 c3.023,4.642,5.182,0.834,2.839-2.219c-1.032-1.354-4.309-5.901-0.781-7.252c2.904-1.113,4.271,1.941,5.985,4.592 c2.61,4.016,5.485,0.117,3.031-3.414c-1.828-2.633-2.74-3.803,3.156-7.42c6.405-4.369,6.52,3.869,10.077,0.646 c2.309-1.832-4.783-5.149,0.06-8.995c2.896-2.293,5.18,6.207,7.961,3.516c3.523-2.737-7.717-7.369,0.117-11.736 C473.413,240.77,480.519,242.891,482.414,245.296z"/> Extracellular space Cytosol Plasma membrane Cytoskeleton Lysosome Endosome Peroxisome ER Golgi Apparatus Nucleus Mitochondrion 0 1 2 3 4 5 Confidence
  • 质膜
  • 细胞质
  • 细胞外
  • 高尔基体
  • 囊泡
  • 细胞骨架
  • 内质网
  • 细胞核
  • 内体
  • 溶酶体
  • 线粒体

HMGN3基因的本体（GO）信息：

GO库代码
对应的蛋白质
来源代码
GO:0000785
A0A087WZE9 (UniProtKB)
IEA
GO:0005634
A0A087WZE9 (UniProtKB)
IEA
GO:0031492
A0A087WZE9 (UniProtKB)
IEA
GO:0045944
A0A087WZE9 (UniProtKB)
IEA
GO:0051091
A0A087WZE9 (UniProtKB)
IEA
GO:0061178
A0A087WZE9 (UniProtKB)
IEA
GO:0000785
Q15651 (UniProtKB)
IEA
GO:0005654
Q15651 (UniProtKB)
IDA
GO:0005737
Q15651 (UniProtKB)
IDA
GO:0008150
Q15651 (UniProtKB)
ND
GO:0016568
Q15651 (UniProtKB)
IEA
GO:0031492
Q15651 (UniProtKB)
IEA
GO:0045944
Q15651 (UniProtKB)
IEA
GO:0046966
Q15651 (UniProtKB)
NAS
GO:0061178
Q15651 (UniProtKB)
IEA

基因相关microRNA

基因相关microRNA

可能调控 HMGN3基因的相关microRNA：     

基因相互作用关系

基因相互作用关系

BioGrid

IntAct

mentha

String

基因与其他基因之间的相互作用关系图
序号 作用方式 资源库来源/分值 基因名称 基因名称

基因通路

基因通路

基因相关疾病

基因相关疾病

疾病名称 关系值 NofPmids NofSnps 来源
疾病名称 关系值 NofPmids NofSnps 来源

基因相关服务

基因相关服务

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