FAM47E-STBD1 (FAM47E-STBD1 readthrough)

symbol:
FAM47E-STBD1
locus group:
other
location:
4q21.1
gene_family:
alias symbol:
None
alias name:
None
entrez id:
100631383
ensembl gene id:
ENSG00000272414
ucsc gene id:
uc003hjy.4
refseq accession:
NM_001242939
hgnc_id:
HGNC:44667
approved reserved:
2013-04-23
4q21.1
基因染色体位置图

FAM47E-STBD1是一个融合基因,由FAM47E(Family With Sequence Similarity 47 Member E)和STBD1(Starch Binding Domain 1)两个基因的部分序列组成。STBD1基因编码的蛋白质属于糖原结合蛋白家族,主要功能是参与糖原代谢,通过与糖原结合调节其分解或储存过程。STBD1在肝脏和肌肉组织中表达较高,这些组织是糖原储存和代谢的主要场所。STBD1的生物学功能包括促进糖原颗粒的形成和稳定,可能通过与其他糖原代谢酶(如糖原磷酸化酶或糖原合成酶)相互作用来调节糖原的动态平衡。如果STBD1基因发生突变,可能导致糖原代谢异常,进而引发糖原贮积症或其他代谢紊乱疾病。STBD1过表达可能增强糖原的积累,影响能量供应,而降低表达则可能导致糖原分解过快,引起低血糖或能量短缺。STBD1属于CBM20(Carbohydrate-Binding Module 20)基因家族,该家族成员通常含有淀粉或糖原结合结构域,能够特异性识别并结合多糖类物质,参与碳水化合物的代谢和运输。FAM47E的功能目前研究较少,可能与非编码RNA或调控其他基因表达有关。FAM47E-STBD1融合基因的形成可能是由于染色体易位或重排,其具体功能尚不明确,但可能与糖原代谢或细胞能量调控的异常有关,需进一步研究来揭示其作用机制及与疾病的潜在关联。

This locus represents naturally occurring read-through transcription between the neighboring FAM47E (family with sequence similarity 47, member E) and STBD1 (starch binding domain 1) genes on chromosome 4. The read-through transcript encodes a protein that shares sequence identity with the upstream gene product but its C-terminal region is distinct due to frameshifts relative to the downstream gene. [provided by RefSeq, Jul 2011]

这一位点代表自然发生的邻国之间FAM47E通读转录(家庭与序列相似性47,会员E)和STBD1(淀粉结合结构域1)4号染色体的通读转录基因编码的蛋白质的股份与上游的基因产物,但它的C-末端区序列同一性是不同由于相对于下游基因移码。 [由RefSeq的,2011年7月提供]

CCND1基因的碱基序列:[NCBI]
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FAM47E-STBD1基因的碱基突变:           仅显示部分snp
rs12548       rs13680       rs713097       rs717239       rs736634       rs736635       rs736636       rs768979       rs768980       rs768981       rs957346       rs964051       rs972113       rs1036787       rs1036788       rs1053464       rs1053465      

FAM47E-STBD1基因在不同组织中的表达:    [UniProt]

基因在不同组织中的表达图
正向引物序列
正向Tm值
反向引物序列
反向Tm值
评分
CTTCTGGAAGCTTCATCCTG
58
TGCTTTCTTGAAGATGCTCTC
58
CAGTCCCTGTAGTCTCCTG
59
TGAAGATGCTCTGGTTTGG
58
AGGTCCAGCTCTTATCAAAGG
59
TTCCTTTCCTGGTGTCCTG
59
CAGGAAAGGAATGAAGGAACC
59
AGACGTCTTCTTGGAAGGT
58
CACCAGGAAAGGAATGAAGG
58
GTCTTCTTGGAAGGTCCCA
59
AGGTCCAGCTCTTATCAAAGG
59
CTGGTGTCCTGACAATAAGC
58
TTCTGGAAGCTTCATCCTGG
59
TTGCTTTCTTGAAGATGCTCTC
59
CAGTCCCTGTAGTCTCCTG
59
GAAGATGCTCTGGTTTGGTG
59
AGGAAAGGAATGAAGGAACC
57
AGACGTCTTCTTGGAAGGT
58
CAGTCCCTGTAGTCTCCTG
59
GAAGATGCTCTGGTTTGGT
58
      尚未收录相关数据

FAM47E-STBD1基因(以及对应的蛋白质)的细胞分布位置:

[UniProt]     [GenomeNet]

" d="M482.414,245.296c3.539,4.293,4.455,10.009,0.202,11 c-4.244,0.996-4.983-10.983-8.293-8.438c-5.271,4.08,9.834,12.271,5.144,17.287c-3.717,3.607-6.172-5.75-10.839-1.976 c-4.673,3.776,6.781,7.299,2.831,11.326c-4.354,4.045-6.979-1.449-9.837-5.517c-1.193-1.742-2.059-3.851-3.595-2.748 c-1.516,1.078-1.854,1.795-0.938,3.666c2.374,4.854,9.235,10.119,5.156,12.535c-5.636,3.346-5.044-8.871-9.426-7.574 c-4.388,1.291,2.557,10.66-1.245,11.141c-4.089,0.545-3.483-10.239-6.979-8.575c-2.522,1.206-0.929,3.071-0.938,4.899 c0.004,1.32-0.964,3.6-2.372,4.062c-3.593,1.171-8.544-1.065-10.251-3.59c-6.04-8.93,0.396-15.997,4.639-7.015 c3.023,4.642,5.182,0.834,2.839-2.219c-1.032-1.354-4.309-5.901-0.781-7.252c2.904-1.113,4.271,1.941,5.985,4.592 c2.61,4.016,5.485,0.117,3.031-3.414c-1.828-2.633-2.74-3.803,3.156-7.42c6.405-4.369,6.52,3.869,10.077,0.646 c2.309-1.832-4.783-5.149,0.06-8.995c2.896-2.293,5.18,6.207,7.961,3.516c3.523-2.737-7.717-7.369,0.117-11.736 C473.413,240.77,480.519,242.891,482.414,245.296z"/> Extracellular space Cytosol Plasma membrane Cytoskeleton Lysosome Endosome Peroxisome ER Golgi Apparatus Nucleus Mitochondrion 0 1 2 3 4 5 Confidence
  • 质膜
  • 细胞质
  • 细胞外
  • 高尔基体
  • 囊泡
  • 细胞骨架
  • 内质网
  • 细胞核
  • 内体
  • 溶酶体
  • 线粒体

FAM47E-STBD1基因的本体(GO)信息:

可能调控 FAM47E-STBD1基因的相关microRNA:     

基因与其他基因之间的相互作用关系图
序号 作用方式 资源库来源/分值 基因名称 基因名称
疾病名称 关系值 NofPmids NofSnps 来源
疾病名称 关系值 NofPmids NofSnps 来源
Parkinson Disease 0.12 3 1 GWASCAT

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