COLCA1 (colorectal cancer associated 1)

基因基本信息

基因基本信息

symbol:
COLCA1
locus group:
non-coding RNA
location:
11q23.1
gene_family:
alias symbol:
FLJ45803|CASC12
alias name:
cancer susceptibility candidate 12
entrez id:
399948
ensembl gene id:
ENSG00000196167
ucsc gene id:
None
refseq accession:
NR_169237
hgnc_id:
HGNC:33789
approved reserved:
2009-03-03

基因染色体位置

基因染色体位置

11q23.1
基因染色体位置图

基因简述

基因简述

This gene encodes a transmembrane protein that localizes to granular structures, including crystalloid eosinophilic granules and other granular organelles. This gene, along with an overlapping opposite strand gene, has been implicated as a susceptibility locus for colorectal cancer. Alternative splicing of this gene results in multiple transcript variants. [provided by RefSeq, Nov 2014]

该基因编码定位于粒状结构，包括晶体嗜酸性颗粒等颗粒状细胞器跨膜蛋白。这个基因，与重叠相反链基因一起，已被认为是一个易感基因为结肠直肠癌。这个基因的选择性剪接的结果在多个转录变体。 [由RefSeq的，2014年11月提供]

OMIM数据库中对CCND1基因的介绍     Wikipedia数据库中对CCND1基因的介绍

基因序列

基因序列

CCND1基因的碱基序列：[NCBI]
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基因突变

基因突变

COLCA1基因的碱基突变：           仅显示部分snp
rs10244       rs1054768       rs1054791       rs3802840       rs3802841       rs3802842       rs3833764       rs4245174       rs4512891       rs4520624       rs4608113       rs5794739       rs6589218       rs6589219       rs6589220       rs7103178       rs7105857      

基因表达

基因表达

COLCA1基因在不同组织中的表达：    [UniProt]

基因在不同组织中的表达图

基因引物

基因引物

正向引物序列
正向Tm值
反向引物序列
反向Tm值
评分
TATTTCCAGGATTCAAGACCAG
58
GAACTCAGAGAATAAACAGCAG
57
CCACTCTGATTAGGTCGGG
59
GCATTTCAATCCGGGTGTG
60
GATGAGGACTATGTTTCTTTCTGC
60
GCATTTCAATCCGGGTGTG
60
ATTTCACAAAGCATCCGGC
60
ACTCAAACCTATACCCGAAGG
59
GGTTCCAGGAGTTAGGGTC
59
GCATTTCAATCCGGGTGTG
60
TGAGGACTATGTTTCTTTCTGC
59
GCATTTCAATCCGGGTGTG
60
ACAATGACAAGTTTGGCTCC
59
GGCTTGAACCTAAGTCCAC
58
ATTTCACAAAGCATCCGGC
60
CTCAAACCTATACCCGAAGGT
59
GTTCCAGGAGTTAGGGTCTC
59
GCATTTCAATCCGGGTGTG
60
GGAACCTTGGCTTTCAGAC
59
GCATTTCAATCCGGGTGTG
60

转录因子

转录因子

      尚未收录相关数据

基因本体信息

COLCA1基因（以及对应的蛋白质）的细胞分布位置：

[UniProt]     [GenomeNet]

" d="M482.414,245.296c3.539,4.293,4.455,10.009,0.202,11 c-4.244,0.996-4.983-10.983-8.293-8.438c-5.271,4.08,9.834,12.271,5.144,17.287c-3.717,3.607-6.172-5.75-10.839-1.976 c-4.673,3.776,6.781,7.299,2.831,11.326c-4.354,4.045-6.979-1.449-9.837-5.517c-1.193-1.742-2.059-3.851-3.595-2.748 c-1.516,1.078-1.854,1.795-0.938,3.666c2.374,4.854,9.235,10.119,5.156,12.535c-5.636,3.346-5.044-8.871-9.426-7.574 c-4.388,1.291,2.557,10.66-1.245,11.141c-4.089,0.545-3.483-10.239-6.979-8.575c-2.522,1.206-0.929,3.071-0.938,4.899 c0.004,1.32-0.964,3.6-2.372,4.062c-3.593,1.171-8.544-1.065-10.251-3.59c-6.04-8.93,0.396-15.997,4.639-7.015 c3.023,4.642,5.182,0.834,2.839-2.219c-1.032-1.354-4.309-5.901-0.781-7.252c2.904-1.113,4.271,1.941,5.985,4.592 c2.61,4.016,5.485,0.117,3.031-3.414c-1.828-2.633-2.74-3.803,3.156-7.42c6.405-4.369,6.52,3.869,10.077,0.646 c2.309-1.832-4.783-5.149,0.06-8.995c2.896-2.293,5.18,6.207,7.961,3.516c3.523-2.737-7.717-7.369,0.117-11.736 C473.413,240.77,480.519,242.891,482.414,245.296z"/> Extracellular space Cytosol Plasma membrane Cytoskeleton Lysosome Endosome Peroxisome ER Golgi Apparatus Nucleus Mitochondrion 0 1 2 3 4 5 Confidence
  • 质膜
  • 细胞质
  • 细胞外
  • 高尔基体
  • 囊泡
  • 细胞骨架
  • 内质网
  • 细胞核
  • 内体
  • 溶酶体
  • 线粒体

COLCA1基因的本体（GO）信息：

GO库代码
对应的蛋白质
来源代码
GO:0016020
Q6ZS62 (UniProtKB)
IDA
GO:0016021
Q6ZS62 (UniProtKB)
IEA

基因相关microRNA

基因相关microRNA

可能调控 COLCA1基因的相关microRNA：     

基因相互作用关系

基因相互作用关系

基因与其他基因之间的相互作用关系图
序号 作用方式 资源库来源/分值 基因名称 基因名称

基因通路

基因通路

基因相关疾病

基因相关疾病

疾病名称 关系值 NofPmids NofSnps 来源
疾病名称 关系值 NofPmids NofSnps 来源
Colorectal Cancer 0.125276948 8 3 BeFree_GAD_GWASCAT
Colorectal Carcinoma 0.000542884 2 2 BeFree
Colon Carcinoma 0.000271442 1 0 BeFree
Malignant tumor of colon 0.000271442 1 0 BeFree

基因相关服务

基因相关服务

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