COL9A3 (collagen type IX alpha 3 chain)

symbol:
COL9A3
locus group:
protein-coding gene
location:
20q13.33
gene_family:
Collagens|Collagen proteoglycans
alias symbol:
IDD|MED|EDM3|FLJ90759|DJ885L7.4.1
alias name:
collagen type IX proteoglycan
entrez id:
1299
ensembl gene id:
ENSG00000092758
ucsc gene id:
uc002ydm.3
refseq accession:
NM_001853
hgnc_id:
HGNC:2219
approved reserved:
1995-08-15
20q13.33
基因染色体位置图

COL9A3是胶原蛋白IX家族(COL9)的成员之一,编码胶原蛋白IX的α3链。胶原蛋白IX是一种纤维相关胶原蛋白,主要存在于软骨和其他结缔组织中,与II型胶原纤维相互作用,维持组织的结构和稳定性。COL9A3基因在软骨发育和关节功能中起关键作用,其表达产物参与细胞外基质的组装,影响组织的机械强度和弹性。该基因突变可能导致胶原蛋白IX结构异常,进而引发多种骨骼疾病,如多发性骨骺发育不良(MED)和椎间盘退行性疾病。突变还可能影响胶原纤维网络的形成,导致软骨脆弱和关节功能障碍。COL9A3过表达可能与某些肿瘤的发生相关,因其可能促进细胞外基质重塑和肿瘤微环境的形成;而表达降低则可能导致软骨发育不全或加速关节退行性变。胶原蛋白IX家族(COL9A1、COL9A2、COL9A3)的共同特点是编码异源三聚体胶原蛋白,参与细胞外基质的稳定性和细胞信号传导。家族成员在软骨、玻璃体和内耳等组织中高度表达,对维持组织的完整性和功能至关重要。COL9A3的异常表达或突变不仅影响自身功能,还可能干扰其他胶原蛋白(如II型和XI型胶原)的组装,进一步加剧组织病变。研究该基因有助于理解软骨相关疾病的机制,并为治疗提供潜在靶点。

This gene encodes one of the three alpha chains of type IX collagen, the major collagen component of hyaline cartilage. Type IX collagen, a heterotrimeric molecule, is usually found in tissues containing type II collagen, a fibrillar collagen. Mutations in this gene are associated with multiple epiphyseal dysplasia type 3. [provided by RefSeq, Jan 2010]

这个基因编码IX型胶原的三个阿尔法链之一,透明软骨的主要胶原??成分。 IX型胶原,异源分子,在含有II型胶原,纤丝胶原组织通常发现。在这个基因的突变与[由RefSeq的,2010年1月提供]多个骨骺发育不良型3.相关

COL9A3基因的碱基序列:[NCBI]
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COL9A3基因的碱基突变:           仅显示部分snp
rs3664       rs4203       rs4204       rs741757       rs741758       rs751557       rs751558       rs760084       rs760086       rs760087       rs909119       rs910152       rs926055       rs926056       rs959581       rs1018439       rs1018440      

COL9A3基因在不同组织中的表达:    [UniProt]

基因在不同组织中的表达图
正向引物序列
正向Tm值
反向引物序列
反向Tm值
评分
AAAGGAGAGTCTGGCAGTC
59
CCAAAGGCTTCCTTAGGTG
58
CCTCTAATCCAGAGCCTTCTC
60
GAACCTGCAATACCCTGGT
60
GGAGACCAGGGTATTGCAG
60
CAGACTCTCCTTTGGGTCC
59
AAAGGAGAGTCTGGCAGTC
59
AATTTGTTCGGAACTCCCG
59
CTGACTGGACGAGATGGAC
60
ATACTTGGGCACTGAAGGTC
60
CTAAGGAAGCCTTTGGCAC
59
CTTTGTCTCCTCTGTCACC
58
CCTCTAATCCAGAGCCTTCTC
60
GAACCTGCAATACCCTGGT
60
GGAAGGAAGTTACTTTGCGG
59
CAATTTGTTCGCTGATCATCC
58
GATCAGCGAACAAATTGCA
57
TTTGTCTCCTCTGTCACCC
59
GGATAAAGGAGAACTGGGTC
57
GATGGTGTCATCGGAACAG
58
      尚未收录相关数据

COL9A3基因(以及对应的蛋白质)的细胞分布位置:

[UniProt]     [GenomeNet]

" d="M482.414,245.296c3.539,4.293,4.455,10.009,0.202,11 c-4.244,0.996-4.983-10.983-8.293-8.438c-5.271,4.08,9.834,12.271,5.144,17.287c-3.717,3.607-6.172-5.75-10.839-1.976 c-4.673,3.776,6.781,7.299,2.831,11.326c-4.354,4.045-6.979-1.449-9.837-5.517c-1.193-1.742-2.059-3.851-3.595-2.748 c-1.516,1.078-1.854,1.795-0.938,3.666c2.374,4.854,9.235,10.119,5.156,12.535c-5.636,3.346-5.044-8.871-9.426-7.574 c-4.388,1.291,2.557,10.66-1.245,11.141c-4.089,0.545-3.483-10.239-6.979-8.575c-2.522,1.206-0.929,3.071-0.938,4.899 c0.004,1.32-0.964,3.6-2.372,4.062c-3.593,1.171-8.544-1.065-10.251-3.59c-6.04-8.93,0.396-15.997,4.639-7.015 c3.023,4.642,5.182,0.834,2.839-2.219c-1.032-1.354-4.309-5.901-0.781-7.252c2.904-1.113,4.271,1.941,5.985,4.592 c2.61,4.016,5.485,0.117,3.031-3.414c-1.828-2.633-2.74-3.803,3.156-7.42c6.405-4.369,6.52,3.869,10.077,0.646 c2.309-1.832-4.783-5.149,0.06-8.995c2.896-2.293,5.18,6.207,7.961,3.516c3.523-2.737-7.717-7.369,0.117-11.736 C473.413,240.77,480.519,242.891,482.414,245.296z"/> Extracellular space Cytosol Plasma membrane Cytoskeleton Lysosome Endosome Peroxisome ER Golgi Apparatus Nucleus Mitochondrion 0 1 2 3 4 5 Confidence
  • 质膜
  • 细胞质
  • 细胞外
  • 高尔基体
  • 囊泡
  • 细胞骨架
  • 内质网
  • 细胞核
  • 内体
  • 溶酶体
  • 线粒体

COL9A3基因的本体(GO)信息:

GO库代码
对应的蛋白质
来源代码
GO:0005576
Q14050 (UniProtKB)
TAS
GO:0005576
Q14050 (UniProtKB)
TAS
GO:0005576
Q14050 (UniProtKB)
TAS
GO:0005576
Q14050 (UniProtKB)
TAS
GO:0005576
Q14050 (UniProtKB)
TAS
GO:0005576
Q14050 (UniProtKB)
TAS
GO:0005578
Q14050 (UniProtKB)
IEA
GO:0005594
Q14050 (UniProtKB)
IDA
GO:0005788
Q14050 (UniProtKB)
TAS
GO:0005788
Q14050 (UniProtKB)
TAS
GO:0005788
Q14050 (UniProtKB)
TAS
GO:0008584
Q14050 (UniProtKB)
IEA
GO:0008585
Q14050 (UniProtKB)
IEA
GO:0030020
Q14050 (UniProtKB)
IC
GO:0030198
Q14050 (UniProtKB)
TAS

可能调控 COL9A3基因的相关microRNA:     

Reactome

BioGrid

IntAct

mentha

String

基因与其他基因之间的相互作用关系图
序号 作用方式 资源库来源/分值 基因名称 基因名称
疾病名称 关系值 NofPmids NofSnps 来源
疾病名称 关系值 NofPmids NofSnps 来源
EPIPHYSEAL DYSPLASIA, MULTIPLE, 3 0.36 1 0 CLINVAR_CTD_human_UNIPROT
Intervertebral disc disorder 0.122909916 2 0 BeFree_CTD_human_GAD
Peripheral Neuropathy 0.12 1 0 CTD_human
EPIPHYSEAL DYSPLASIA, MULTIPLE, 3, WITH MYOPATHY 0.12 0 1 CLINVAR
Intervertebral Disc Degeneration 0.005819831 5 0 BeFree_GAD
Degenerative polyarthritis 0.005276948 3 0 BeFree_GAD
Multiple Epiphyseal Dysplasia 0.004071628 15 0 BeFree
hearing impairment 0.00272435 1 0 LHGDN
Spinal Diseases 0.002367032 1 0 GAD
Intervertebral Disk Displacement 0.002367032 1 0 GAD

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