COL21A1 (collagen type XXI alpha 1 chain)

symbol:
COL21A1
locus group:
protein-coding gene
location:
6p12.1
gene_family:
Collagens
alias symbol:
None
alias name:
None
entrez id:
81578
ensembl gene id:
ENSG00000124749
ucsc gene id:
uc003pcs.4
refseq accession:
NM_001318751
hgnc_id:
HGNC:17025
approved reserved:
2001-10-18
6p12.1
基因染色体位置图

COL21A1基因编码胶原蛋白XXI的α1链,属于纤维相关胶原蛋白家族(FACIT),该家族成员(如COL9A1、COL12A1等)的共同特点是其胶原结构域被非胶原序列隔开,并能与其他基质蛋白相互作用以调节组织结构和细胞行为。COL21A1主要在血管、皮肤和肌肉等结缔组织中表达,其蛋白产物参与细胞外基质(ECM)的组装,通过整合纤维网络维持组织机械稳定性,并影响细胞迁移、粘附和信号传导。该基因的突变可能导致胶原纤维结构异常,与埃勒斯-当洛斯综合征(Ehlers-Danlos syndrome,一种结缔组织脆弱性疾病)和动脉瘤等血管病变相关。若COL21A1过表达,可能增强ECM的刚性,促进纤维化疾病(如肺纤维化)或肿瘤微环境硬化;而表达降低则可能导致组织脆弱性增加,影响伤口愈合或血管完整性。该基因还通过调控TGF-β(转化生长因子-β)信号通路影响其他基因(如MMP2/9基质金属蛋白酶)的表达,进而改变ECM重塑过程。专业术语中,"细胞外基质(ECM)"指细胞分泌的支持性网状结构,"纤维化"指组织异常瘢痕化,"TGF-β通路"是调控细胞生长分化的关键信号途径。目前中文术语"FACIT家族"暂无不妥,但需标注原英文(fibril-associated collagens with interrupted triple helices)。

This gene encodes the alpha chain of type XXI collagen, a member of the FACIT collagen family (fibril-associated collagens with interrupted helices). Type XXI collagen is localized to tissues containing type I collagen so, like other members of this collagen family, it may serve to maintain the integrity of the extracellular matrix. An alternatively spliced transcript variant has been described, but its full-length nature has yet to be determined. [provided by RefSeq, Jul 2008]

这个基因编码XXI型胶原蛋白,所述FACIT胶原家族的一个成员(原纤维相关的胶原蛋白与中断螺旋)的α链。 XXI型胶原蛋白是局部含有I型胶原的话,像这样的胶原家族的其他成员的组织,它可以用于维持细胞外基质的完整性。可变剪接转录变体进行了说明,但其全长性质尚未被确定。 [由RefSeq的,2008年7月提供]

CCND1基因的碱基序列:[NCBI]
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COL21A1基因的碱基突变:           仅显示部分snp
rs1480       rs140863       rs724677       rs724678       rs735113       rs742496       rs742497       rs742498       rs761104       rs761105       rs763966       rs764517       rs885631       rs926530       rs926534       rs926535       rs969513      

COL21A1基因在不同组织中的表达:    [UniProt]

基因在不同组织中的表达图
正向引物序列
正向Tm值
反向引物序列
反向Tm值
评分
AATTCAAGGCCATCATGGT
57
CCATCTCTTCCTCTTATTACATCTG
59
GGCAACAGGGAATTCAAGG
59
CATCTGTGCAAACTTGTCG
57
GATCAAAGGGTGAAATGGGTG
60
ATGCTGGGTTAGAACTGCA
59
AAGGGAGAAATTGGGCCTC
59
ACCTTTGCTTCCCTTAGATCC
59
GTAAGATCAAGTTGTCGTACTG
57
ATAAACTTCGGCCCTATGTC
58
GATCTATGGAGGGAATCCCAG
59
TTTCCTTGCTGTCCTGGAG
60
GGATGCCTGGTTTAATGGG
59
TTCCAGGTTCACCTTTGCT
60
ATGTAGGTTCAACTCCAGCT
59
CAATTCCCTGATATCCTTTGGG
59
TACAAAGGAGAACCAGGGC
59
CCCATTTCACCCTTTGATCC
58
AGTTGCGAATCTACTGTGAC
58
TAAGGCACTCTCCATTAAATCC
58
      尚未收录相关数据

COL21A1基因(以及对应的蛋白质)的细胞分布位置:

[UniProt]     [GenomeNet]

" d="M482.414,245.296c3.539,4.293,4.455,10.009,0.202,11 c-4.244,0.996-4.983-10.983-8.293-8.438c-5.271,4.08,9.834,12.271,5.144,17.287c-3.717,3.607-6.172-5.75-10.839-1.976 c-4.673,3.776,6.781,7.299,2.831,11.326c-4.354,4.045-6.979-1.449-9.837-5.517c-1.193-1.742-2.059-3.851-3.595-2.748 c-1.516,1.078-1.854,1.795-0.938,3.666c2.374,4.854,9.235,10.119,5.156,12.535c-5.636,3.346-5.044-8.871-9.426-7.574 c-4.388,1.291,2.557,10.66-1.245,11.141c-4.089,0.545-3.483-10.239-6.979-8.575c-2.522,1.206-0.929,3.071-0.938,4.899 c0.004,1.32-0.964,3.6-2.372,4.062c-3.593,1.171-8.544-1.065-10.251-3.59c-6.04-8.93,0.396-15.997,4.639-7.015 c3.023,4.642,5.182,0.834,2.839-2.219c-1.032-1.354-4.309-5.901-0.781-7.252c2.904-1.113,4.271,1.941,5.985,4.592 c2.61,4.016,5.485,0.117,3.031-3.414c-1.828-2.633-2.74-3.803,3.156-7.42c6.405-4.369,6.52,3.869,10.077,0.646 c2.309-1.832-4.783-5.149,0.06-8.995c2.896-2.293,5.18,6.207,7.961,3.516c3.523-2.737-7.717-7.369,0.117-11.736 C473.413,240.77,480.519,242.891,482.414,245.296z"/> Extracellular space Cytosol Plasma membrane Cytoskeleton Lysosome Endosome Peroxisome ER Golgi Apparatus Nucleus Mitochondrion 0 1 2 3 4 5 Confidence
  • 质膜
  • 细胞质
  • 细胞外
  • 高尔基体
  • 囊泡
  • 细胞骨架
  • 内质网
  • 细胞核
  • 内体
  • 溶酶体
  • 线粒体

COL21A1基因的本体(GO)信息:

GO库代码
对应的蛋白质
来源代码
GO:0005576
Q96P44 (UniProtKB)
TAS
GO:0005578
Q96P44 (UniProtKB)
IEA
GO:0005581
Q96P44 (UniProtKB)
IEA
GO:0005788
Q96P44 (UniProtKB)
TAS
GO:0005788
Q96P44 (UniProtKB)
TAS
GO:0005788
Q96P44 (UniProtKB)
TAS
GO:0031012
Q96P44 (UniProtKB)
IDA

可能调控 COL21A1基因的相关microRNA:     

Reactome

String

基因与其他基因之间的相互作用关系图
序号 作用方式 资源库来源/分值 基因名称 基因名称
疾病名称 关系值 NofPmids NofSnps 来源
疾病名称 关系值 NofPmids NofSnps 来源
Psychotic Disorders 0.12 1 1 GWASCAT
IGA Glomerulonephritis 0.12 1 0 CTD_human
Cocaine-Related Disorders 0.12 1 0 CTD_human
Tobacco Use Disorder 0.002367032 1 0 GAD

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电话: 0531-88819269

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