CDH13 (cadherin 13)

基因基本信息

基因基本信息

symbol:
CDH13
locus group:
protein-coding gene
location:
16q23.3
gene_family:
Major cadherins
alias symbol:
CDHH
alias name:
T-cadherin|H-cadherin (heart)
entrez id:
1012
ensembl gene id:
ENSG00000140945
ucsc gene id:
uc010vns.3
refseq accession:
NM_001257
hgnc_id:
HGNC:1753
approved reserved:
1997-02-10

基因染色体位置

基因染色体位置

16q23.3
基因染色体位置图

基因简述

基因简述

CDH13基因编码一种名为T-钙黏蛋白（T-cadherin）的蛋白质，属于钙黏蛋白（cadherin）基因家族。钙黏蛋白家族是一类依赖钙离子的细胞黏附分子，主要参与细胞间的识别和黏附，对组织形成和维持细胞极性至关重要。与其他钙黏蛋白不同，CDH13缺乏跨膜和胞内结构域，而是通过糖基磷脂酰肌醇（GPI）锚定在细胞膜上，这使得它具有独特的信号传导功能。CDH13在多种组织中表达，包括血管内皮细胞、神经元和脂肪细胞，参与血管生成、神经元迁移和代谢调节等过程。CDH13的突变或表达异常与多种疾病相关，包括心血管疾病、癌症和精神障碍。例如，CDH13的低表达与动脉粥样硬化和高血压相关，可能因其在血管平滑肌细胞中的抗增殖作用减弱。在癌症中，CDH13常作为抑癌基因发挥作用，其启动子区域的甲基化导致表达降低，与乳腺癌、肺癌和黑色素瘤的进展和转移相关。此外，CDH13的多态性与精神分裂症和注意力缺陷多动障碍（ADHD）等神经精神疾病有关，可能通过影响神经元迁移和突触可塑性发挥作用。CDH13过表达可能抑制肿瘤细胞的侵袭和转移，但同时也可能影响血管生成，导致组织缺血。降低CDH13表达则可能促进肿瘤进展和心血管疾病的发生。CDH13还参与脂肪代谢，其表达水平与肥胖和胰岛素抵抗相关。CDH13与脂联素（adiponectin）的相互作用可能在代谢综合征中起重要作用。该基因的调控涉及表观遗传修饰（如DNA甲基化）和转录因子（如PPARγ）。CDH13作为钙黏蛋白家族成员，虽然结构独特，但仍保留细胞黏附的基本功能，并在多种生理和病理过程中发挥关键作用。

This gene encodes a member of the cadherin superfamily. The encoded protein is localized to the surface of the cell membrane and is anchored by a GPI moiety, rather than by a transmembrane domain. The protein lacks the cytoplasmic domain characteristic of other cadherins, and so is not thought to be a cell-cell adhesion glycoprotein. This protein acts as a negative regulator of axon growth during neural differentiation. It also protects vascular endothelial cells from apoptosis due to oxidative stress, and is associated with resistance to atherosclerosis. The gene is hypermethylated in many types of cancer. Alternative splicing results in multiple transcript variants encoding different isoforms. [provided by RefSeq, May 2011]

该基因编码的钙粘蛋白家族的一个成员。所编码的蛋白质被定位于细胞膜的表面，并通过一个GPI部分锚定，而不是由一个跨膜结构域。该蛋白质缺少其它钙粘蛋白的胞质结构域的特征，因此不被认为是细胞 - 细胞粘着的糖蛋白。该蛋白质作为神经分化期间轴突生长的负调节剂。它也可以防止细胞凋亡，由于氧化应激血管内皮细胞，并与动脉粥样硬化抗性相关。该基因在许多类型的癌症是甲基化。在多个转录剪接变异体导致编码不同亚型。 [由RefSeq的，2011年5月提供]

OMIM数据库中对CDH13基因的介绍     Wikipedia数据库中对CDH13基因的介绍

基因序列

基因序列

CDH13基因的碱基序列：[NCBI]
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基因突变

基因突变

CDH13基因的碱基突变：           仅显示部分snp
rs741589       rs741590       rs741591       rs741592       rs759828       rs759829       rs1025054       rs1108698       rs1469109       rs1574507       rs2194282       rs2325827       rs3049854       rs3859085       rs3859086       rs3919585       rs4782739      

基因表达

基因表达

CDH13基因在不同组织中的表达：    [UniProt]

基因在不同组织中的表达图

基因引物

基因引物

正向引物序列
正向Tm值
反向引物序列
反向Tm值
评分
CTGTCTGATCCTTCCAGCC
60
GACTGTGGCTTGAAACGTG
60
CCAGTCAATTCTAAACTTGACC
57
CACCTTGAAGTATGGGCTC
57
AAACTCTGTTCGTCCATGC
59
ATCGACTACCTGCAAGGAG
59
TCACTGCAACCTCCATCTC
59
TTAGACATCTTGGCCCTGC
60
GTCCATTGTGGTATCTCCCA
59
GGATTGTGGGTTCTCTTGC
59
GCTGAATTCATTGAGGACCA
58
CTTTGTCTACTGCAGATTTCCT
59
GCTGAATTCATTGAGGACCA
58
ACTATCGACTACCTTGCCA
57
AATTTCAAGCCACAGTCGA
58
GTCCAATGGTTTGACAACAG
58
AGAAGATTTGGACTGCACTC
58
AGCTGGCTGATTGATATGGA
59
AAACTCTGTTCGTCCATGC
59
ATCGACTACCTGCAAGGAG
59

转录因子

转录因子

转录因子
影响基因
影响类型
参考文献链接（PubMed）
POU3F2
CDH13
Unknown
23069940

基因本体信息

CDH13基因（以及对应的蛋白质）的细胞分布位置：

[UniProt]     [GenomeNet]

" d="M482.414,245.296c3.539,4.293,4.455,10.009,0.202,11 c-4.244,0.996-4.983-10.983-8.293-8.438c-5.271,4.08,9.834,12.271,5.144,17.287c-3.717,3.607-6.172-5.75-10.839-1.976 c-4.673,3.776,6.781,7.299,2.831,11.326c-4.354,4.045-6.979-1.449-9.837-5.517c-1.193-1.742-2.059-3.851-3.595-2.748 c-1.516,1.078-1.854,1.795-0.938,3.666c2.374,4.854,9.235,10.119,5.156,12.535c-5.636,3.346-5.044-8.871-9.426-7.574 c-4.388,1.291,2.557,10.66-1.245,11.141c-4.089,0.545-3.483-10.239-6.979-8.575c-2.522,1.206-0.929,3.071-0.938,4.899 c0.004,1.32-0.964,3.6-2.372,4.062c-3.593,1.171-8.544-1.065-10.251-3.59c-6.04-8.93,0.396-15.997,4.639-7.015 c3.023,4.642,5.182,0.834,2.839-2.219c-1.032-1.354-4.309-5.901-0.781-7.252c2.904-1.113,4.271,1.941,5.985,4.592 c2.61,4.016,5.485,0.117,3.031-3.414c-1.828-2.633-2.74-3.803,3.156-7.42c6.405-4.369,6.52,3.869,10.077,0.646 c2.309-1.832-4.783-5.149,0.06-8.995c2.896-2.293,5.18,6.207,7.961,3.516c3.523-2.737-7.717-7.369,0.117-11.736 C473.413,240.77,480.519,242.891,482.414,245.296z"/> Extracellular space Cytosol Plasma membrane Cytoskeleton Lysosome Endosome Peroxisome ER Golgi Apparatus Nucleus Mitochondrion 0 1 2 3 4 5 Confidence
  • 质膜
  • 细胞质
  • 细胞外
  • 高尔基体
  • 囊泡
  • 细胞骨架
  • 内质网
  • 细胞核
  • 内体
  • 溶酶体
  • 线粒体

CDH13基因的本体（GO）信息：

GO库代码
对应的蛋白质
来源代码
GO:0005509
A0A087WZG7 (UniProtKB)
IEA
GO:0005886
A0A087WZG7 (UniProtKB)
IEA
GO:0007156
A0A087WZG7 (UniProtKB)
IEA
GO:0042803
A0A087WZG7 (UniProtKB)
IEA
GO:0005509
A0A087X0X6 (UniProtKB)
IEA
GO:0005886
A0A087X0X6 (UniProtKB)
IEA
GO:0007156
A0A087X0X6 (UniProtKB)
IEA
GO:0042803
A0A087X0X6 (UniProtKB)
IEA
GO:0005509
A0A0A0MTR1 (UniProtKB)
IEA
GO:0005886
A0A0A0MTR1 (UniProtKB)
IEA
GO:0007156
A0A0A0MTR1 (UniProtKB)
IEA
GO:0042803
A0A0A0MTR1 (UniProtKB)
IEA
GO:0007155
F5H7W7 (UniProtKB)
IEA
GO:0042803
F5H7W7 (UniProtKB)
IEA
GO:0007155
H3BRL7 (UniProtKB)
IEA
GO:0042803
H3BRL7 (UniProtKB)
IEA
GO:0007155
H3BV21 (UniProtKB)
IEA
GO:0042803
H3BV21 (UniProtKB)
IEA
GO:0000278
P55290 (UniProtKB)
IEA
GO:0001938
P55290 (UniProtKB)
IMP
GO:0001954
P55290 (UniProtKB)
IMP
GO:0002040
P55290 (UniProtKB)
IDA
GO:0005509
P55290 (UniProtKB)
IEA
GO:0005615
P55290 (UniProtKB)
IDA
GO:0005737
P55290 (UniProtKB)
IDA
GO:0005886
P55290 (UniProtKB)
IDA
GO:0005886
P55290 (UniProtKB)
TAS
GO:0005886
P55290 (UniProtKB)
TAS
GO:0005901
P55290 (UniProtKB)
IDA
GO:0005925
P55290 (UniProtKB)
IDA
GO:0007156
P55290 (UniProtKB)
IDA
GO:0007162
P55290 (UniProtKB)
IDA
GO:0007266
P55290 (UniProtKB)
IMP
GO:0008285
P55290 (UniProtKB)
IDA
GO:0009897
P55290 (UniProtKB)
IEA
GO:0016339
P55290 (UniProtKB)
IDA
GO:0016601
P55290 (UniProtKB)
IMP
GO:0030032
P55290 (UniProtKB)
IDA
GO:0030100
P55290 (UniProtKB)
IMP
GO:0030169
P55290 (UniProtKB)
IDA
GO:0030335
P55290 (UniProtKB)
IDA
GO:0031225
P55290 (UniProtKB)
IEA
GO:0034332
P55290 (UniProtKB)
TAS
GO:0042058
P55290 (UniProtKB)
IMP
GO:0042803
P55290 (UniProtKB)
IEA
GO:0043005
P55290 (UniProtKB)
IDA
GO:0043542
P55290 (UniProtKB)
IDA
GO:0043616
P55290 (UniProtKB)
IDA
GO:0045296
P55290 (UniProtKB)
IDA
GO:0045944
P55290 (UniProtKB)
IMP
GO:0048471
P55290 (UniProtKB)
IEA
GO:0048661
P55290 (UniProtKB)
IMP
GO:0050850
P55290 (UniProtKB)
IDA
GO:0050927
P55290 (UniProtKB)
IDA
GO:0051668
P55290 (UniProtKB)
IMP
GO:0055096
P55290 (UniProtKB)
IDA
GO:0055100
P55290 (UniProtKB)
ISS
GO:0070062
P55290 (UniProtKB)
IDA
GO:0070062
P55290 (UniProtKB)
IDA
GO:0071813
P55290 (UniProtKB)
IDA

基因相关microRNA

基因相关microRNA

可能调控 CDH13基因的相关microRNA：     

基因相互作用关系

基因相互作用关系

Reactome

MINT

BioGrid

IntAct

mentha

String

基因与其他基因之间的相互作用关系图
序号 作用方式 资源库来源/分值 基因名称 基因名称

基因通路

基因通路

基因相关疾病

基因相关疾病

疾病名称 关系值 NofPmids NofSnps 来源
疾病名称 关系值 NofPmids NofSnps 来源
Lung Neoplasms 0.20272435 3 0 CTD_human_LHGDN_RGD
Liver carcinoma 0.128987376 5 0 BeFree_CTD_human_LHGDN
Prostatic Neoplasms 0.12272435 2 0 CTD_human_LHGDN
Non-Small Cell Lung Carcinoma 0.122442977 9 0 BeFree_CTD_human
Schizophrenia 0.122367032 1 4 GAD_GWASCAT
Blood pressure finding 0.122367032 1 2 GAD_GWASCAT
Systemic arterial pressure 0.122367032 1 2 GAD_GWASCAT
Barrett Esophagus 0.12 1 0 CTD_human
Amphetamine-Related Disorders 0.12 1 0 CTD_human
Esophageal Neoplasms 0.12 1 0 CTD_human

基因相关服务

基因相关服务

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