ARHGAP19-SLIT1 (ARHGAP19-SLIT1 readthrough (NMD candidate))

symbol:
ARHGAP19-SLIT1
locus group:
other
location:
10q24.1
gene_family:
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None
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100533184
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refseq accession:
NR_037909
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HGNC:48348
approved reserved:
2013-05-10
10q24.1
基因染色体位置图

ARHGAP19-SLIT1是一个融合基因,由ARHGAP19基因和SLIT1基因的部分序列通过染色体易位或重排形成。ARHGAP19属于Rho GTP酶激活蛋白(RhoGAP)家族,该家族成员通过促进Rho家族GTP酶(如RhoA、Rac1和Cdc42)从活性GTP结合状态转变为非活性GDP结合状态,负调控这些信号分子的活性。RhoGAP家族在细胞骨架重组、细胞迁移、粘附和增殖等过程中发挥关键作用。SLIT1则属于SLIT基因家族,编码分泌型糖蛋白,作为轴突导向分子ROBO受体的配体,在神经发育中调控神经元迁移和轴突导向。SLIT家族成员(SLIT1-3)通过ROBO受体介导排斥性信号,参与神经系统发育和血管生成等过程。 ARHGAP19-SLIT1融合基因可能导致ARHGAP19的RhoGAP结构域与SLIT1的部分序列异常结合,可能干扰Rho GTP酶的正常调控或SLIT1-ROBO信号通路。Rho GTP酶失调可能影响细胞骨架动力学,导致细胞迁移和侵袭能力异常,这与肿瘤转移密切相关。SLIT1功能异常可能影响神经发育或血管生成。目前关于该融合基因的具体功能研究较少,但类似的基因融合事件(如BCR-ABL)常因异常激活或功能获得而驱动疾病发生。 若ARHGAP19-SLIT1过表达,可能过度抑制Rho GTP酶活性,导致细胞迁移和粘附缺陷,或干扰SLIT1-ROBO通路,影响神经或血管发育。降低表达可能减弱对Rho GTP酶的调控,增强细胞运动性,促进肿瘤侵袭。突变可能破坏ARHGAP19的GAP活性或SLIT1的分泌功能,具体影响取决于突变位点。 ARHGAP19-SLIT1融合基因的临床意义尚不明确,但RhoGAP家族成员和SLIT/ROBO通路在癌症中作用显著。例如,SLIT2常因甲基化沉默在多种肿瘤中失活,而RhoGAP失调与肿瘤转移相关。未来研究需明确该融合基因是否在特定癌症或发育异常中发挥作用,及其作为诊断或治疗靶点的潜力。

This locus represents naturally occurring read-through transcription between the neighboring Rho GTPase activating protein 19 (ARHGAP19) and slit homolog 1 (SLIT1) genes on chromosome 10. The read-through transcript is a candidate for nonsense-mediated mRNA decay (NMD), and is thus unlikely to produce a protein product. [provided by RefSeq, Feb 2011]

这一位点代表自然发生的通读邻近的Rho GTP酶激活蛋白19(ARHGAP19)之间的转录和狭缝同源染色体上10.1(SLIT1)基因的通读成绩单是无义介导的mRNA降解候选人(NMD),并且因此不太可能产生的蛋白质产物。 [由RefSeq的,2011年2月提供]

CCND1基因的碱基序列:[NCBI]
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ARHGAP19-SLIT1基因的碱基突变:           仅显示部分snp
rs13439       rs701802       rs701803       rs701804       rs701808       rs701810       rs701811       rs701812       rs701813       rs701814       rs701815       rs701816       rs701817       rs701818       rs701819       rs701820       rs701821      

ARHGAP19-SLIT1基因在不同组织中的表达:    [UniProt]

基因在不同组织中的表达图
正向引物序列
正向Tm值
反向引物序列
反向Tm值
评分
GCTTATTAAGCGGAAGGTCC
59
ATGGCCACAGATTCTGGAG
60
GGCATCAGGTCCTTTACTC
58
CAAATCCTGCTATGCTCCT
57
AGGCATCAGGTCCTTTACTC
59
AAATCCTGCTATGCTCCTG
57
CTTATTAAGCGGAAGGTCCTG
59
AATGGCCACAGATTCTGGA
59
GTTTCTAGGAGAGTTGCCG
58
AACTGCATCAAATCAGCGA
58
GGAAGCAGAAAGTCAAGGG
59
AACCACCCAAAGTTATGCC
58
      尚未收录相关数据

ARHGAP19-SLIT1基因(以及对应的蛋白质)的细胞分布位置:

[UniProt]     [GenomeNet]

" d="M482.414,245.296c3.539,4.293,4.455,10.009,0.202,11 c-4.244,0.996-4.983-10.983-8.293-8.438c-5.271,4.08,9.834,12.271,5.144,17.287c-3.717,3.607-6.172-5.75-10.839-1.976 c-4.673,3.776,6.781,7.299,2.831,11.326c-4.354,4.045-6.979-1.449-9.837-5.517c-1.193-1.742-2.059-3.851-3.595-2.748 c-1.516,1.078-1.854,1.795-0.938,3.666c2.374,4.854,9.235,10.119,5.156,12.535c-5.636,3.346-5.044-8.871-9.426-7.574 c-4.388,1.291,2.557,10.66-1.245,11.141c-4.089,0.545-3.483-10.239-6.979-8.575c-2.522,1.206-0.929,3.071-0.938,4.899 c0.004,1.32-0.964,3.6-2.372,4.062c-3.593,1.171-8.544-1.065-10.251-3.59c-6.04-8.93,0.396-15.997,4.639-7.015 c3.023,4.642,5.182,0.834,2.839-2.219c-1.032-1.354-4.309-5.901-0.781-7.252c2.904-1.113,4.271,1.941,5.985,4.592 c2.61,4.016,5.485,0.117,3.031-3.414c-1.828-2.633-2.74-3.803,3.156-7.42c6.405-4.369,6.52,3.869,10.077,0.646 c2.309-1.832-4.783-5.149,0.06-8.995c2.896-2.293,5.18,6.207,7.961,3.516c3.523-2.737-7.717-7.369,0.117-11.736 C473.413,240.77,480.519,242.891,482.414,245.296z"/> Extracellular space Cytosol Plasma membrane Cytoskeleton Lysosome Endosome Peroxisome ER Golgi Apparatus Nucleus Mitochondrion 0 1 2 3 4 5 Confidence
  • 质膜
  • 细胞质
  • 细胞外
  • 高尔基体
  • 囊泡
  • 细胞骨架
  • 内质网
  • 细胞核
  • 内体
  • 溶酶体
  • 线粒体

ARHGAP19-SLIT1基因的本体(GO)信息:

可能调控 ARHGAP19-SLIT1基因的相关microRNA:     

基因与其他基因之间的相互作用关系图
序号 作用方式 资源库来源/分值 基因名称 基因名称
疾病名称 关系值 NofPmids NofSnps 来源
疾病名称 关系值 NofPmids NofSnps 来源

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