AFF1 (ALF transcription elongation factor 1)

symbol:
AFF1
locus group:
protein-coding gene
location:
4q21.3-q22.1
gene_family:
alias symbol:
AF-4|AF4|FEL
alias name:
ALL1-fused gene from chromosome 4
entrez id:
4299
ensembl gene id:
ENSG00000172493
ucsc gene id:
uc003hqj.5
refseq accession:
NM_005935
hgnc_id:
HGNC:7135
approved reserved:
2005-06-27
4q21.3-q22.1
基因染色体位置图

AFF1(AF4/FMR2家族成员1)属于AF4/FMR2基因家族,这个家族的共性在于它们都含有转录激活结构域,参与调控基因表达,尤其在神经发育和造血系统中发挥重要作用。AFF1编码的蛋白质是一种转录调控因子,能够与其他蛋白质如AF9和ENL形成复合物,影响RNA聚合酶II的活性,从而调控下游基因的转录。AFF1的主要作用位点包括细胞核,尤其在造血干细胞和淋巴细胞中表达较高。突变或染色体易位(如与MLL基因融合)会导致AFF1功能异常,进而引发急性淋巴细胞白血病(ALL)或混合谱系白血病(MLL),因为这些突变会破坏正常的转录调控网络,促进癌基因的异常表达。AFF1过表达可能增强其转录激活功能,导致细胞增殖失控,与白血病的发生密切相关;而降低表达则可能影响造血和免疫系统的正常功能,导致发育缺陷或免疫功能障碍。此外,AFF1还参与神经系统的发育,其异常表达可能与某些神经发育障碍有关。该基因家族的成员通常具有保守的蛋白相互作用域,如SEF和ALF结构域,这些结构域帮助它们与其他转录因子或染色质修饰蛋白结合,共同调控基因表达。研究AFF1及其家族成员有助于深入理解白血病等疾病的分子机制,并为靶向治疗提供潜在方向。

None

AFF1基因的碱基序列:[NCBI]
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AFF1基因的碱基突变:           仅显示部分snp
rs1408       rs11214       rs16930       rs19026       rs79002       rs79003       rs151450       rs151451       rs168161       rs168204       rs186873       rs187346       rs189333       rs191462       rs193166       rs236674       rs236675      

AFF1基因在不同组织中的表达:    [UniProt]

基因在不同组织中的表达图
正向引物序列
正向Tm值
反向引物序列
反向Tm值
评分
TCTGGAAGATGAACAGACTAGC
60
TAAGGCATCATCTGACAGCA
59
AACTGAAGATGCCTTCTCAG
58
CTGAGAGTCCTTCAGAATCTC
57
AAAGAGAAAGGGTGAAGCAG
58
AGGATGAAGATGAAGATGACTG
58
CACTTAAGAGGTCAAGGCG
58
GGAATGGAAGAGTCTGTGG
58
GGGTCTGGAAGATGAACAG
58
ACTAGACAGCTCATCACCT
57
TTTAATGCGGTGGTTCCCT
60
TTGGAGTAGGTCTGCAACAG
60
AAACAGACTTGAAAGTGCCTG
59
TCATTGGAGTAGGTCTCAACTG
60
AGATTCTGAAGGAAATGACCCA
60
GAAACTTGGATGGCTCAGC
59
AGTGACAGTGAACAAACCC
58
CTTTCTGACTCTGCACTGC
59
GGCAACAGTTTGTACAATGAC
58
TTCACTTCTTCGTAGTTTCCC
58
      尚未收录相关数据

AFF1基因(以及对应的蛋白质)的细胞分布位置:

[UniProt]     [GenomeNet]

" d="M482.414,245.296c3.539,4.293,4.455,10.009,0.202,11 c-4.244,0.996-4.983-10.983-8.293-8.438c-5.271,4.08,9.834,12.271,5.144,17.287c-3.717,3.607-6.172-5.75-10.839-1.976 c-4.673,3.776,6.781,7.299,2.831,11.326c-4.354,4.045-6.979-1.449-9.837-5.517c-1.193-1.742-2.059-3.851-3.595-2.748 c-1.516,1.078-1.854,1.795-0.938,3.666c2.374,4.854,9.235,10.119,5.156,12.535c-5.636,3.346-5.044-8.871-9.426-7.574 c-4.388,1.291,2.557,10.66-1.245,11.141c-4.089,0.545-3.483-10.239-6.979-8.575c-2.522,1.206-0.929,3.071-0.938,4.899 c0.004,1.32-0.964,3.6-2.372,4.062c-3.593,1.171-8.544-1.065-10.251-3.59c-6.04-8.93,0.396-15.997,4.639-7.015 c3.023,4.642,5.182,0.834,2.839-2.219c-1.032-1.354-4.309-5.901-0.781-7.252c2.904-1.113,4.271,1.941,5.985,4.592 c2.61,4.016,5.485,0.117,3.031-3.414c-1.828-2.633-2.74-3.803,3.156-7.42c6.405-4.369,6.52,3.869,10.077,0.646 c2.309-1.832-4.783-5.149,0.06-8.995c2.896-2.293,5.18,6.207,7.961,3.516c3.523-2.737-7.717-7.369,0.117-11.736 C473.413,240.77,480.519,242.891,482.414,245.296z"/> Extracellular space Cytosol Plasma membrane Cytoskeleton Lysosome Endosome Peroxisome ER Golgi Apparatus Nucleus Mitochondrion 0 1 2 3 4 5 Confidence
  • 质膜
  • 细胞质
  • 细胞外
  • 高尔基体
  • 囊泡
  • 细胞骨架
  • 内质网
  • 细胞核
  • 内体
  • 溶酶体
  • 线粒体

AFF1基因的本体(GO)信息:

GO库代码
对应的蛋白质
来源代码
GO:0003700
P51825 (UniProtKB)
TAS
GO:0005515
P51825 (UniProtKB)
IPI
GO:0006355
P51825 (UniProtKB)
IEA
GO:0008023
P51825 (UniProtKB)
IDA

可能调控 AFF1基因的相关microRNA:     

MINT

BioGrid

IntAct

mentha

String

基因与其他基因之间的相互作用关系图
序号 作用方式 资源库来源/分值 基因名称 基因名称
疾病名称 关系值 NofPmids NofSnps 来源
疾病名称 关系值 NofPmids NofSnps 来源
Lupus Erythematosus, Systemic 0.122909916 2 2 BeFree_GAD_GWASCAT
Alzheimer's Disease 0.12 1 1 GWASCAT
LEUKEMIA, ACUTE LYMPHOBLASTIC, SUSCEPTIBILITY TO, 3 0.12 0 0 ORPHANET
Precursor Cell Lymphoblastic Leukemia Lymphoma 0.011983168 8 0 BeFree_LHGDN
leukemia 0.010344586 10 0 BeFree_LHGDN
Leukemia, Myelocytic, Acute 0.002995792 2 0 BeFree_LHGDN
Coronary Artery Disease 0.002367032 1 0 GAD
Tobacco Use Disorder 0.002367032 1 0 GAD
Acute leukemia 0.002171535 8 0 BeFree
Acute lymphocytic leukemia 0.001900093 7 0 BeFree

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