基因云馆新一代信息数据库

生命科学发展到今天，已经完全超越了以前传统单一层面的研究，而是需要综合地从基因组、转录组、蛋白质组、代谢组，以及生物大分子之间及与药物小分子的相互作用网络，以及生物学通路等，多层次全方位地分析，才能真正深入解释某个表型或生理现象的分子机理。所以从研究初期的知识收集、信息提取，到实验室方案的设计，数据的分析，到最终的结果解释，都需要丰富且全面的生物化学知识以及强大的分析工具作为支撑和辅助。

IPA作为Ingenuity公司的核心产品，基于后台高度结构化的Ingenuity Knowledge Base，包括人工阅读提取的两百六十多万条公开发表的科研成果和报告。IPA是一个一体化并以网络为基础的应用软件，通过它用户可用于分析、整合、理解来自于基因表达，micrornA，SNP微阵列的数据，代谢物组学和蛋白质组学的实验数据，和一些可产生基因、化学品列表的小规模实验的数据。通过IPA，您能够搜索到有关基因、蛋白质、化学品和药物的信息，并能为您建立起实验系统的交互模型。

IPA强大的数据分析和搜索能力能帮助您很好的理解您的数据、具体靶标或者更大规模生物、化学系统下的候选生物标记，这是依靠高度结构化和丰富的生物、化学内容构成的Ingenuity知识库的支持。其应用范围包括靶标的发现及验证、代谢组学研究、先导化合物的验证及作用机理研究、毒性及安全性评估、生物网络模拟及分析、生物标记物研究，等等。该软件已被世界顶尖的制药公司和科研机构广泛使用，至今引用该软件发表的高水平科研文献已超过3000篇。

My Pathways：建立客户化的通路及基因或化学列表库。您可以通过以下方式开始：IPA搜索的结果、系统为您建立的IPA网络或者经典路径，又或者是上传的目标分子或生物标记的列表。然后使用Build工具来识别上游的激活剂和抑制剂，或者下游的目标基因，结合多层次的生物信息或者实验数据，还能够建立特定的通路。

IPA Reagent View：能够很容易地找到您实验系统中基因和蛋白质实验的试剂信息，并且能够连接到供应商网站来获取更多的信息或者下订单；能快速设计验证实验来验证在特定的实验参数下的假设。

Context Filters：高度显示在某个具体日期范围内发表的一系列文献的关联性，识别在Network或My Pathways中的临床生物标记，聚焦那些在某种特定的细胞背景下出现的调控事件。

Path Explorer tooler：在感兴趣的基因之间找到相关的调控路径及物理相互作用，并能够利用最少的文献信息即刻抽取出相关药物或者基因与疾病或毒性表型之间的关联性。

使用基因云馆进行通路富集分析

在云馆，您只需要将关注的基因的简称收集起来，就可以进行通路的富集分析，可以方便的知道，我们的所研究的基因集合，在哪一个通路中。

富集分析的模块，采用的是经典的Fisher法进行基因的富集分析，使您的分析更具权威性。

分析方法：点击上面的“进入系统运行模块”按钮（如果没有注册需要先免费注册），在input_gene框里填写感兴趣的基因集合，基因名称使用标准简称（Symbol），基因与基因见用逗号隔开，输入基因后点击"运行"即可显示结果。