基因云馆新一代信息数据库

主要序列数据库

DDBJ序列数据库
http://www.ddbj.nig.ac.jp
所有已知的核酸和蛋白质序列数据库，国际核酸序列数据库合作项目

EMBL序列数据库
http://www.ebi.ac.uk/embl.html
所有已知的核酸和蛋白质序列数据库，国际核酸序列数据库合作项目

GenBank序列数据库
http://www.ncbi.nlm.nih.gov
所有已知的核酸和蛋白质序列数据库，国际核酸序列数据库合作项目

STACK
http://www.sanbi.ac.za/Dbases.html
非冗余的基因簇

TIGR基因索引
http://www.tigr.org/tdb/index.shtml 
非冗余的基因簇

UniGene
http://www.ncbi.nlm.nih.gov/UniGene/
非冗余的基因簇


比较基因组学(comparative genomics)


COG数据库
http://www.ncbi.nlm.nih.gov/COG/
基于43个已完成基因组测序的微生物的蛋白质的进化分析的同源基因蔟

XREFdb
http://www.ncbi.nlm.nih.gov/XREFdb/
模式生物(model organism)遗传学和哺乳类表型之间的交叉索引

ASDB
http://Cbcg.nersc.gov/asdb
具有不同剪接形式基因的蛋白质产物和表达模式

基因表达

Axeldb
http://www.dkfz-heidelberg.de/abt0135/axeldb.htm
爪蟾的基因表达

BodyMap
http://Bodymap.ims.u-tokyo.ac.jp
人和小鼠基因表达数据

EpoDB
http://www.cbil.upenn.edu/EpoDB/
脊椎动物(vertebrates)红细胞基因表达

FlyView
http://Pbio07.uni-muenster.de
果蝇的发育和遗传

GXD基因表达数据库
http://www.informatics.jax.org/mgihome/GXD/aboutGXD.shtml 
小鼠的基因表达和遗传

肾脏发育数据库(KDD)
http://golgi.ana.ed.ac.uk/kidhome.html 
肾脏发育和基因表达

MAGEST
http://www.genome.ad.jp/magest/welcome.html
海鞘基因表达模式

MethDB
http://www.methdb.de
DNA甲基化数据、模式和轮廓

小鼠基因表达数据库(MAGED)
http://Genex.hgu.mrc.ac.uk
与组织相关的基因表达数据

PEDB
http://www.pedb.org/
正常和异常的前列腺基因表达

RECODE
http://Recode.genetics.utah.edu
表达过程中采用程序化翻译编码的基因

斯坦福微阵列数据库(SMD)
[url=http://genome-www.stanford.edu/microarray]http://Genome-www.Stanford.edu/microarray[/url]
来自微阵列实验的原始和均一化了的数据

TRIPLES
http://Ygac.med.yale.edu/triples/triples.htm
酵母中转座子—插入表型、定位和表达

牙齿发育数据库(TDD)
http://Bite-it.Helsinki.fi
牙组织发育中的基因表达


基因特征和结构


AllGenes
http://www.allgenes.org
人和小鼠基因索引、整合基因、转录和蛋白注释

Ares Lab Intron Site
http://www.cse.ucsc.edu/research/compbio/yeast_introns.html
酵母剪接体和内含子

COMPEL
http://compel.bionet.nsc.ru/
复合调控元件（Composite regulatory elements）

CUTG
http://www.kazusa.or.jp/codon/
遗传密码使用表

DBTBS
http://dbtbs.hgc.jp/
枯草杆菌反式作用因子和启动子

EID
http://mcb.harvard.edu/gilbert/EID/
内含子、外显子数据库

EPD
http://www.epd.isb-sib.ch/
通过实验获得的真核生物POL II启动子非冗余数据库

ExInt
http://intron.bic.nus.edu.sg/exint/exint.html 
真核生物外显子和内含子结构

HUNT
http://www.hri.co.jp/HUNT
注释了的人类全长cDNA序列

IDB/IEdb
http://nutmeg.bio.indiana.edu/intron/index.html
内含子序列和进化

PLACE
http://www.dna.affrc.go.jp/htdocs/PLACE
植物顺式调控元件



遗传学和物理图谱



DRESH
http://www.tigem.it/LOCAL/drosophila/dros.html

果蝇突变基因同源的人cDNA克隆

G3-RH
http://www-shgc.stanford.edu/RH/
斯坦福G3和TNG辐射杂交图谱

GB4-RH
http://www.Sanger.ac.uk/Software/RHserver/RHserver.shtml
人辐射杂交图谱Genebridge4 (GB4)

GDB
http://www.gdb.org/
人类基因和基因组图谱

GenAtlas
http://www.dsi.univ-paris5.fr/genatlas/ 
人类基因、标记和表型

GenMapdb
http://genomics.med.upenn.edu/genmapdb
已经定位的人BAC克隆

GenMap’99
http://www.ncbi.nlm.nih.gov/genemap/
国际辐射图谱合作项目下的人类基因图谱

HugeMap
http://www.infobiogen.fr/services/Hugemap
人类基因组遗传和物理图谱数据

IXDB
http://ixdb.mpimg-berlin-dahlem.mpg.de/
人类x染色体物理图谱

RHdb
http://www.ebi.ac.uk/RHdb
辐射杂交图谱数据基因组数据库


AceDB
http://www.sanger.ac.uk/Software/Acedb/
线虫(C.elegans),酵母(S.pombe)的序列和基因组信息

AmmtDB
http://bighost.area.ba.cnr.it/mitochondriome/
寄生虫(Metazoan)线粒体DNA序列

ArkDB
http://www.thearkdb.org/sites.html
农业相关和其他动物的基因组数据库

综合的微生物资源(CMR)
http://www.tigr.org/tigr-scripts/CMR2/CMRHomePage.spl
已完成测序的微生物基因组

CropNet
http://ukcrop.net/
农作物基因组图谱

CyanoBase
http://www.kazusa.or.jp/cyano/

Synechocystis sp.基因组

EMGlib
http://pbil.univ-lyon1.fr/emglib/emglib.html
已完成基因组测序的细菌、古细菌、酵母

EcoGene
http://bmb.med.miami.edu/EcoGene/EcoWeb/
大肠杆菌(Escherichia coli)(E.coli)K-12的序列

FlyBase
http://www.fruitfly.org/
果蝇基因序列和基因组信息

Full-Malaria
http://fullmal.ims.u-tokyo.ac.jp/
红细胞期恶性疟原虫的全长cDNA文库

GOBASE
http://megasun.bch.umontreal.ca/gobase/gobase.html
细胞器基因组数据库

GOLD
http://igweb.integratedgenomics.com/GOLD/
已完成和正在进行测序项目的信息

HIV序列数据库
http://hiv-web.lanl.gov/


HIV的RNA序列

Human BAC Ends Database
http://www.tigr.org/tdb/humgen/bac_end_search/bac_end_intro.html
非冗余的人类BAC末端序列

ICB
http://www.mbio.co.jp/icb
采用蛋白编码进行细菌的分类和鉴定

INE
http://rgp.dna.affrc.go.jp/giot/INE.html
水稻(Rice)的遗传学、物理图谱和序列数据

MITOMAP
http://www.mitomap.org/ 
人类线粒体基因组

MITOP
http://mips.gsf.de/proj/medgen/mitop/
线粒体蛋白、基因和疾病

苜蓿属基因组数据库(MGI)
http://www.noble.org/medicago/


模式苜蓿属荚果(1egumeMedicago)的ESTs、基因表达和蛋白质组数据

Mendel数据库
http://www.mendelbio.com/
利用基因家族信息注释的植物EST和STS序列数据库

MitoDat
http://www-lecb.ncifcrf.gov/mitoDat/
线粒体蛋白(以人类为主)

小鼠基因组数据库(MGD)
http://www.informatics.jax.org/


小鼠遗传学和基因组

慕尼黑蛋白质序列信息中心(MIPS)
http://www.mips.biochem.mpg.de/


蛋白质和基因组序列

NRSub
http://pbil.univ-lyon1.fr/nrsub/nrsub.html


枯草芽胞杆菌(Bacillus subtilis)基因组

PlasmoDB
http://plasmodb.org/


疟原虫属(Plasmodium)基因组

酵母基因组数据库(SGD)
[url=http://genome-www.stanford.edu/Saccharomyces]http://genome-www.stanford.edu/Saccharomyces[/url]


酿酒酵母基因组

TIGR微生物数据库
http://www.tigr.org/tdb/mdb/mdbcomplete.html


微生物基因组和染色体

拟南芥(Arabidopsis thaliana)信息资源(TAIR)
http://www.arabidopsis.org/


拟南芥(Arabidopsis thaliana)基因组

ZFIN
http://www.zfm.org/


斑马鱼遗传学、基因组和发育数据

ZmDB
http://zmdb.iastate.edu/


玉米基因组数据库






分子间相互作用



生物分子交互作用网络数据库(BIND)
http://binddb.org/


分子间相互作用、复合物和通路
DIP
http://dip.doe-mbi.ucla.edu/


蛋白质之间相互作用目录
DPInteract
http://arep.med.harvard.edu/dpinteract/


大肠杆菌(Escherichia coli)DNA结合蛋白的结合位点

核糖体交叉链接数据库(DRC)
http://www.mpimg-berlin-dahlem.mpg.de/~ag_ribo/ag_brimacombe/drc/



ENZYME
http://www.expasy.ch/enzyme/


酶命名
EcoCyc
http://biocyc.org/ecocyc/


大肠杆菌(Escherichia coli)(K-12)基因组、基因产物和代谢通路

EpoDB
http://www.cbil.upenn.edu/EpoDB/


人红细胞生成过程中的基因表达

京都基因和基因组百科全书(KEGG)
http://www.genome.ad.jp/kegg/


代谢和调节通路

LIGAND