基因差异表达高通量分析是研究肿瘤分子生物学，如分化、药理等的有力武器。
近年来发展了多种分析基因表达差异的技术，包括表达序列标签比较测序、差异展示、消减克隆、基因阵列的mRNA杂交和基因表达系列分析，有力地推动了肿瘤发生发展机制的研究。
差异表达研究典型的应用是确认肿瘤发生或细胞分化中的关键基因，确认多种物理、化学刺激介导细胞学反应的基因，理解基因突变引起的生物学事件，其他包括确认肿瘤的分子标志，确认潜在的药物靶点，药物遗传学等。
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