基因云馆新一代信息数据库

第一部分

一 Unix/Linux操作系统介绍

基本命令介绍
    系统环境介绍
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二   数据的基本处理

    (1)测序原理介绍:
    (2)峰图转化：Phred、Phd2fasta
    (3)载体屏蔽：Cross_match
    (4)序列聚类拼接：Phrap、consed、Cap3
    (5)引物设计：Primer3
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三   序列的比对

     (1)全局比对: Clustalw、Mumer、Hmmer
     (2)局部比对:
    Blast、Blat、Blaatz、Genewise、Fasta、Sim4
    Exonerate
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第二部分

四   基因组/基因注释分析

    (1)重复序列分析:   Repeatmasker、Trf
    (2)RNA分析:tRNAScan、microrna、snorna、rrna
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    基因预测:
    A:原核生物及古菌 Glimmer
    B:真核生物 GlimmerM、Genscan、Twinscan、BGF
    (4) 基因功能注释:
    Nt、Nr、SwissProt、Kegg、Interpro、GO(WEGO)
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五 SNP分析

    Polyphred、SNPdetector、Crossmatch
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六   分子进化专题

    (1) 进化树，分歧年代计算: Phylip、PAML、FGF、Mega
    (2) 进化压力: kaks_calculator、K_estimator
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第三部分

七   基因表达分析专题

    (1) 表达序列标签（EST）分析: 
    A EST数据的基本处理; B 差异表达分析;
    C 功能注释及分类
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    (2) 生物芯片(Microarray)分析:
    A 芯片介绍 ; B Oligo设计; C 芯片数据分析
    (3)Motif预测:
    A Meme/Mast; B MDScan
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八   蛋白质结构预测专题

    (1) 保守区域（domain)预测: Interpro、Pfam
    (2) 信号胎的预测: SignalP
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    (3) 跨膜区结构预测: TMHMM、SOSUI
    (4) 三维结构预测: BGI Protein Pipeline
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第四部分

九   公用数据介绍

NCBI、EST、STS、SNP、Genome、cDNA、UCSC、NSEMBL、SWISSPROT、PDB、Rice   Genome、Silkworm Genome、Treefam

第6期

2016年4月24日-5月5日

济南循证研究中心

济南市舜华路359号  

每两月一期，具体时间请随时关注本公司网站或通过电话邮件咨询