SNP拷贝

　　计算SNP拷贝数和损失的杂合性(LOH)的基础上　　和基因SNP芯片数据为成对目标/正常样本. 在癌症基因组拷贝数变化的遗传不稳定性共同的特点之一　　对大多数人类癌症和肿瘤抑制基因的LOH的发展是一个至关重要的一步　　零星的和遗传性癌症(蒙蒂,2005).

开始之前

　　Affymetrix玻璃纸文件从500 k可以阵列晶片组(250 k猪圈,250 k NSP) 　　100 k阵列晶片组(50 k Xba,50 k后).
示例文件: GISTIC_Hind_subset.zip.
可选地,对于每一个玻璃纸文件,包含基因型的TXT文件要求苏格兰民族党数组。
示例文件: GISTIC_Hind_subset.zip.
tab-delmited文本文件 (s样本信息文件 format) 帽子描述了SNP数组。数组必须包括目标/正常配对样本拷贝数和LOH的决心.
示例文件: sample_info_subset.txt.

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文件格式

SNPFileCreator玻璃纸文件从一个数组转换成GenePattern.snp文件. Raw每个SNP探测器的探测数据集转换为一个每个SNP单一强度值使用四种建模算法: 平均差异,点/毫米差异模型(dChip默认),中间调查, 或削减意味着.

20-30 分钟: 处理本例GenePattern公共服务器上需要时间. 源数据,生成的SNP文件在这里为你提供方便: GISTIC_Hind_subset.zip, GISTIC_Hind_subset.snp.

SNPFileCreator接受移动电话文件从500 k阵列晶片组(250 k猪圈,250 k NSP　)或　　100 k阵列晶片组(50 k Xba,50 k后). 每个晶片组使用两个独特的高密度阵列在500000年和100000年的单核苷酸多态性基因型在一次实验中,分别。模块的玻璃纸文件转换成一个数组。snp文件创建一个。snp芯片文件设置使用MergeRows模块结合起来。两个数组的snp文件。
　SNPFileCreator可以转移玻璃纸GenePattern服务器进行处理或文件　　从网络读取的文件目录。由于文件的大小,是最佳实践　　存储移动电话网络目录中的文件和处理它们的目录。
SNPFileCreator生成写道。snp网络目录或文件　　GenePattern服务器。通常,编写文件GenePattern服务器提供　　更大的灵活性,使GenePattern管道文件可供使用。
SNPFileCreator创建一个。snp文件有两种格式: 　　非Allele-Specific(默认)或Allele-Specific。　　对于每个样本,非Allele-Specific格式包含一个强度值　　和基因型调用;Allele-Specific格式包含一个　　强度值为等位基因,强度值B等位基因和基因型的电话。　　所有GenePattern模块接受非Allele-Specific格式;许多还不接受Allele-Specific格式。
　　SNPFileCreator使用人类基因组的2004年5月(hg17)包括　　染色体中的列和物理位置。snp文件。默认情况下,这类单核苷酸多态性　　通过染色体和物理位置,根据SnpViewer模块。

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SNPFileCreator

　　性别样本,XChromosomeCorrect模块运行正确的强度值X染色体snp。　　对于每个样本男性捐赠者,模块双打在X染色体snp的强度值.

　　样例文件必须的信息　　包括一个列标记为性别,包含一个值M或F为每个样本.

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正确的

　CopyNumberDivideByNormals计算每个目标SNP的原始拷贝数除以其强度值　　意味着强度值的所有正常的SNPs。这种计算称为　　拷贝数标准化或正常化法线。

CopyNumberDivideByNormals创建两个文件之一:

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CopyNumberDivideByNormals

SnpViewer显示SNP拷贝数和杂合性丧失使用热图(LOH)数据。　　默认情况下,该查看器显示所有染色体。放大一个染色体,选择它的　　染色体在浏览器工具栏下拉列表。对染色体的一个区域放大, 　　选择 缩放在 工具,点击热图.

　查看。xcn或. cn文件在您的本地驱动器上,运行SnpViewer没有指定　　任何参数。当观众开始,使用文件菜单文件加载到观众。　　如果你指定一个本地文件作为参数SNPViewer模块, 　　GenePattern GenePattern服务器复制文件,可耗时大　　。xcn或. cn文件.
检测并显示LOH电话, 　　需要电话基因型(SnpViewer模块。xcn文件格式)。的LOH调用:
- 失:AB在正常和A或B的目标.
- 保留:AB在正常和目标或没有电话在正常和AB的目标.
- 冲突:A或B在正常和AB的目标.
- 欠/不叫:A或B在正常或不叫正常或目标.
　　默认情况下,该查看器显示所有染色体。放大一个染色体,选择它的　　染色体在浏览器工具栏下拉列表。对染色体的一个区域放大, 　　选择<我>放大< / i >工具并点击热图。
分类样本的拷贝数放大或删除:放大染色体;选择　定义一个感兴趣的区域< / i >工具;在热图,单击开始感兴趣的地区　　然后结束该地区;红色栏左边的热图定义感兴趣的地区; 　　右键单击并选择红酒吧 的放大 或者 的删除.

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