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PMID: 20018713
Published · ppublish
English
Journal Article
Research Support, Non-U.S. Gov't
Research Support, U.S. Gov't, Non-P.H.S.
Allelic diversities in rice starch biosynthesis lead to a diverse array of rice eating and cooking qualities.
Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America
·Vol. 106
·No. 51
·2009-12-22
·Pages 21760-5
Abstract
More than half of the world's population uses rice as a source of carbon intake every day. Improving grain quality is thus essential to rice consumers. The three main properties that determine rice eating and cooking quality--amylose content, gel consistency, and gelatinization temperature--correlate with one another, but the underlying mechanism of these properties remains unclear. Through an association analysis approach, we found that genes related to starch synthesis cooperate with each other to form a fine regulating network that controls the eating and cooking quality and defines the correlation among these three properties. Genetic transformation results verified the association findings and also suggested the possibility of developing elite cultivars through modification with selected major and/or minor starch synthesis-related genes.
MeSH Terms
Alleles
Cooking
Food
Genes, Plant
Molecular Sequence Data
Oryza/genetics,metabolism
Plants, Genetically Modified/genetics,metabolism
Starch/biosynthesis
Chemicals
Starch
References (32)
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-
Map-based cloning of the ALK gene, which controls the gelatinization temperature of rice.Sci China C Life Sci. 2003 Dec;46(6):661-8 PMID: 18758723
-
Clustal W and Clustal X version 2.0.Bioinformatics. 2007 Nov 1;23(21):2947-8 PMID: 17846036
-
TASSEL: software for association mapping of complex traits in diverse samples.Bioinformatics. 2007 Oct 1;23(19):2633-5 PMID: 17586829
-
Starch synthesis in the cereal endosperm.Curr Opin Plant Biol. 2003 Jun;6(3):215-22 PMID: 12753970
-
From glycogen to amylopectin: a model for the biogenesis of the plant starch granule.Cell. 1996 Aug 9;86(3):349-52 PMID: 8756717
-
A gel consistency test for eating quality of rice.J Sci Food Agric. 1973 Dec;24(12):1589-94 PMID: 4771843
-
Microsatellites, single nucleotide polymorphisms and a sequence tagged site in starch-synthesizing genes in relation to starch physicochemical properties in nonwaxy rice (Oryza sativa L.).Theor Appl Genet. 2006 Nov;113(7):1185-96 PMID: 16964521
-
Mapping of a gene responsible for the difference in amylopectin structure between japonica-type and indica-type rice varieties.Theor Appl Genet. 2002 Jan;104(1):1-8 PMID: 12579422
-
Inference of population structure using multilocus genotype data.Genetics. 2000 Jun;155(2):945-59 PMID: 10835412
-
Recent progress toward understanding biosynthesis of the amylopectin crystal.Plant Physiol. 2000 Apr;122(4):989-97 PMID: 10759494
-
A unified mixed-model method for association mapping that accounts for multiple levels of relatedness.Nat Genet. 2006 Feb;38(2):203-8 PMID: 16380716
-
Dwarf8 polymorphisms associate with variation in flowering time.Nat Genet. 2001 Jul;28(3):286-9 PMID: 11431702
-
The three important traits for cooking and eating quality of rice grains are controlled by a single locus in an elite rice hybrid, Shanyou 63.Theor Appl Genet. 1999 Aug;99(3-4):642-8 PMID: 22665200
-
Genetic diversity and selection in the maize starch pathway.Proc Natl Acad Sci U S A. 2002 Oct 1;99(20):12959-62 PMID: 12244216
-
DnaSP, DNA polymorphism analyses by the coalescent and other methods.Bioinformatics. 2003 Dec 12;19(18):2496-7 PMID: 14668244
-
Role of granule-bound starch synthase in determination of amylopectin structure and starch granule morphology in potato.J Biol Chem. 2002 Mar 29;277(13):10834-41 PMID: 11801600
-
Using natural allelic diversity to evaluate gene function.Methods Mol Biol. 2003;236:123-40 PMID: 14501062
-
The amylose content in rice endosperm is related to the post-transcriptional regulation of the waxy gene.Plant J. 1995 Apr;7(4):613-22 PMID: 7742858
-
Dissection of maize kernel composition and starch production by candidate gene association.Plant Cell. 2004 Oct;16(10):2719-33 PMID: 15377761
-
The complexities of starch biosynthesis in cereal endosperms.Curr Opin Biotechnol. 2008 Apr;19(2):160-5 PMID: 18400487
-
Genome-wide association studies for common diseases and complex traits.Nat Rev Genet. 2005 Feb;6(2):95-108 PMID: 15716906
-
Association mapping in structured populations.Am J Hum Genet. 2000 Jul;67(1):170-81 PMID: 10827107
-
Simultaneous improvement for four quality traits of Zhenshan 97, an elite parent of hybrid rice, by molecular marker-assisted selection.Theor Appl Genet. 2003 Jan;106(2):326-31 PMID: 12582859
-
QTL detection for rice grain quality traits using an interspecific backcross population derived from cultivated Asian (O. sativa L.) and African (O. glaberrima S.) rice.Genome. 2004 Aug;47(4):697-704 PMID: 15284874
-
Molecular structure of three mutations at the maize sugary1 locus and their allele-specific phenotypic effects.Plant Physiol. 2001 Mar;125(3):1406-18 PMID: 11244120
-
Allelic diversification at the wx locus in landraces of Asian rice.Theor Appl Genet. 2008 May;116(7):979-89 PMID: 18305920
-
Genome-wide association study of 14,000 cases of seven common diseases and 3,000 shared controls.Nature. 2007 Jun 7;447(7145):661-78 PMID: 17554300
-
QTL mapping of grain quality traits from the interspecific cross Oryza sativa x O. glaberrima.Theor Appl Genet. 2004 Aug;109(3):630-9 PMID: 15105992
-
Selection under domestication: evidence for a sweep in the rice waxy genomic region.Genetics. 2006 Jun;173(2):975-83 PMID: 16547098
-
Identification of quantitative trait loci for grain quality in an advanced backcross population derived from the Oryza sativa variety IR64 and the wild relative O. rufipogon.Theor Appl Genet. 2003 Nov;107(8):1433-41 PMID: 14513216
-
Amylose is synthesized in vitro by extension of and cleavage from amylopectin.J Biol Chem. 1998 Aug 28;273(35):22232-40 PMID: 9712837
-
Towards a better understanding of the metabolic system for amylopectin biosynthesis in plants: rice endosperm as a model tissue.Plant Cell Physiol. 2002 Jul;43(7):718-25 PMID: 12154134
Article Info
Journal
Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America
Abbr.
Proc Natl Acad Sci U S A
ISSN
1091-6490
Published
2009-12-22
Epub
2009-00-14
Pages
21760-5
Language
English
Region
United States
NLM ID
7505876
PMCID
PMC2793318
Subset
IM
Databases
GENBANK
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