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PMID: 16622047 Published · ppublish English Journal Article Research Support, Non-U.S. Gov't

The phylogeny of Staphylococcus aureus - which genes make the best intra-species markers?

Microbiology (Reading, England) ·Vol. 152 ·No. Pt 5 ·2006-05-00 ·Pages 1297-1305

Cooper JE, Feil EJ

Abstract

The ability to make informed decisions on the suitability of alternative marker loci is central for population and epidemiological investigations. This issue was addressed using Staphylococcus aureus as a model population by generating nucleotide sequence data from 33 gene fragments in a representative sample of 30 strains. Supplementing the data with pre-existing multilocus sequence typing data, an intra-species tree based on approximately 17.8 kb of sequence was reconstructed and the goodness of fit of each individual gene tree was computed. No strong association was noted between gene function per se and phylogenetic reliability, but it is suggested that candidate loci should possess at least the average degree of nucleotide diversity for all genes in the genome. In the case of S. aureus this threshold is >1 % mean pairwise diversity.

MeSH Terms
DNA, Bacterial/chemistry,genetics Genes, Bacterial Genetic Variation Molecular Sequence Data Phylogeny Sequence Analysis, DNA Sequence Homology, Nucleic Acid Staphylococcus aureus/classification,genetics
Chemicals
DNA, Bacterial
Authors & Affiliations
2 authors, click to expand affiliations / ORCID
Cooper Jessica E
Department of Biology and Biochemistry, University of Bath, Claverton Down, Bath BA2 7AY, UK.
Feil Edward J
Department of Biology and Biochemistry, University of Bath, Claverton Down, Bath BA2 7AY, UK.
Article Info
Journal
Microbiology (Reading, England)
Abbr.
Microbiology (Reading)
ISSN
1350-0872
Published
2006-05-00
Pages
1297-1305
Language
English
Region
England
NLM ID
9430468
Subset
IM
Databases
GENBANK
DQ413277, DQ413278, DQ413279, DQ413280, DQ413281, DQ413282, DQ413283, DQ413284, DQ413285, DQ413286, DQ413287, DQ413288, DQ413289, DQ413290, DQ413291, DQ413292, DQ413293, DQ413294, DQ413295, DQ413296, DQ413297, DQ413298, DQ413299, DQ413300, DQ413301, DQ413302, DQ413303, DQ413304, DQ413305, DQ413306, DQ413307, DQ413308, DQ413309, DQ413310, DQ413311, DQ413312, DQ413313, DQ413314, DQ413315, DQ413316, DQ413317, DQ413318, DQ413319, DQ413320, DQ413321, DQ413322, DQ413323, DQ413324, DQ413325, DQ413326, DQ413327, DQ413328, DQ413329, DQ413330, DQ413331, DQ413332, DQ413333, DQ413334, DQ413335, DQ413336, DQ413337, DQ413338, DQ413339, DQ413340, DQ413341, DQ413342, DQ413343, DQ413344, DQ413345, DQ413346, DQ413347, DQ413348, DQ413349, DQ413350, DQ413351, DQ413352, DQ413353, DQ413354, DQ413355, DQ413356, DQ413357, DQ413358, DQ413359, DQ413360, DQ413361, DQ413362, DQ413363, DQ413364, DQ413365, DQ413366, DQ413367, DQ413368, DQ413369, DQ413370, DQ413371, DQ413372, DQ413373, DQ413374, DQ413375, DQ413376, 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