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E-MTAB-5205 ERP019904 ATAC-seq Homo sapiens

ATAC-seq of human lymphoblastoid cells (LCL)

提交 2016年8月2日 ·发布 2017年2月28日 ·更新 2016年12月28日
54
样本数
54
实验数
1
相关文献
实验描述

We generated these data to compare two modifications of the original ATAC-seq protocol. One was the cleavage of mtDNA using CRISPR/Cas9 and 100 gRNAs targeting mtDNA. The other was the removal of detergent from the cell lysis step. There are 27 sample pairs, untreated and treated with anti-mt CRISPR/Cas9 grouped by sample pair number. Refer to Supplemental File 1 of the article describing this data set for more information on the samples.

参考文献
Reducing mitochondrial reads in ATAC-seq using CRISPR/Cas9.
Montefiori L, Hernandez L, Zhang Z, Gilad Y, Ober C, Crawford G, Nobrega M, Jo Sakabe N.
PMID: 28550296
样本属性
cell line
lymphoblastoid cell line
incubation time
0 hour, 1 hour, 2 hour
organism
Homo sapiens
实验信息
登记号
E-MTAB-5205
GEO 编号
ERP019904
实验类型
ATAC-seq
物种
Homo sapiens
提交日期
2016年8月2日
发布日期
2017年2月28日
更新日期
2016年12月28日
提交者
Noboru Sakabe
分析服务
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