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E-MTAB-2983 ERP007170 RNA-seq of coding RNA from single cells Homo sapiens

Functional germ line stem cells do not exist in adult mammalian ovaries

提交 2014年9月7日 ·发布 2015年10月1日 ·更新 2015年4月24日
38
样本数
38
实验数
1
相关文献
实验描述

Single-cell RNA-seq of DDX4 FACS sorted cells from ovarian cortical tissue. Regarding singe cell quality, genes were filtered based on a RPKM greater than or equal to 1 in at least one cell, where the RPKM cutoff was determined from histograms of number of expressed transcripts versus RPKM, and it was also sensible with respect to the number of molecules per RPKM estimated from the ERCC spike-in. Three clear outliers were observed in a principal component analysis and therefore removed from further analysis.

参考文献
Functional germ line stem cells do not exist in adult mammalian ovaries
Hua Zhang, Sarita Panula, Kiran Kumar Busayavalasa, Wenjing Zheng, Sophie Petropoulos, Daniel Edsgard, Romana Gerner, Mona Sheikhi, Rickard Sandberg, Iyadh Douagi, Fredrik Lanner, Jan-ke Gustafsson, Outi Hovatta, and Kui Liu
样本属性
developmental stage
adult
individual
1, 10, 11, 12, 13, 14, 15, 16, 17, 18, 19, 2, 20, 21, 22, 23, 24, 25, 26, 27, 28, 29, 3, 30, 31, 32, 33, 34, 35, 36, 37, 38, 4, 5, 6, 7, 8, 9
organism
Homo sapiens
organism part
animal ovary
sex
female
single cell well quality
OK
实验信息
登记号
E-MTAB-2983
GEO 编号
ERP007170
实验类型
RNA-seq of coding RNA from single cells
物种
Homo sapiens
提交日期
2014年9月7日
发布日期
2015年10月1日
更新日期
2015年4月24日
提交者
Outi Hovatta、 Daniel Edsgard、 Sarita Panula
分析服务
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