TGFβ signaling directs serrated adenomas to the mesenchymal colorectal cancer subtype [organoids]

·发布 2016年6月1日 ·更新 2016年6月3日

样本数

实验数

芯片平台

实验描述

The aim of this study was to determine the effects of TGFβ at the premalignant stage of CRC development. Organoid cultures were isolated from normal colon and from tubular adenomas. One normal colon culture was genetically engineered using the CRISPR-Cas9 system to carry the BRAFV600E mutation. Organoid cultures of three different tubular adenomas and two normal colon samples, and one BRAFV600E-mutant organoid culture received TGFβ or control treatment after which gene expression was analyzed by microarray (Affymetrix U133+ PM Genechip Array).

芯片平台

A-GEOD-13158

[HT_HG-U133_Plus_PM] Affymetrix HT HG-U133+ PM Array Plate（20 例）

样本属性

batch

1, 2, 3

organism

Homo sapiens

organism part

normal colon, organoid culture, organoid culture of tubular adenoma

organoid

BRAFV600E_CRISPR, N2, N3, TA1, TA2, TA3

实验信息

登记号

E-GEOD-79461

GEO 编号

GSE79461

实验类型

transcription profiling by array

物种

Homo sapiens

发布日期

2016年6月1日

更新日期

2016年6月3日

提交者

Jarno Drost、 Janneke F Linnekamp、 Marnix Jansen、 Xin Wang、 Evelyn Fessler、 Carel J van Noesel、 Sander Roeland van Hooff、 Marek Franitza、 Louis Vermeulen、 Pramudita R Prasetyanti、 Sander R van Hooff、 Jan Medema、 Felipe De Sousa E Melo、 Hans Clevers、 Evelien Dekker、 Peter Nürnberg、 Joep E Ijspeert

外部链接

ArrayExpress 原始页 NCBI GEO：GSE79461

分析服务

TGFβ signaling directs serrated adenomas to the mesenchymal colorectal cancer subtype [organoids]

联系地址

微信公众号