Single-cell transcriptomics reveals unique features of human pancreatic islet cell subtypes

·发布 2016年1月5日 ·更新 2016年1月9日

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实验描述

We report the single-cell RNA-seq based identification of 6 known human islet cell types (alpha cells, beta cells, delta cells, pp cells, acinar cells and duct cells) based on the expression of known marker genes. We further assess cell type specific gene expression and suggest novel marker genes for several cell types. Transcriptional dissection of human pancreatic islets of one donor using single-cell RNA-seq

参考文献

Single-cell transcriptomes reveal characteristic features of human pancreatic islet cell types.

Li J, Klughammer J, Farlik M, Penz T, Spittler A, Barbieux C, Berishvili E, Bock C, Kubicek S

PMID: 26691212

样本属性

assigned cell type

acinar, alpha, beta, delta, duct, islet, NA, pp, undefined

cell count

1, 500

ercc_dilution

1000000

ercc_mix

mix2

organism

Homo sapiens

qc pass

FALSE, TRUE

实验信息

登记号

E-GEOD-73727

GEO 编号

SRP064464, GSE73727

实验类型

RNA-seq of coding RNA

物种

Homo sapiens

发布日期

2016年1月5日

更新日期

2016年1月9日

提交者

Thomas Penz、 Christoph Bock、 Ekaterine Berishvili、 Matthias Farlik、 Jin Li、 Johanna Klughammer、 Andreas Spittler、 Christoph Bock、 Charlotte Barbieux、 Stefan Kubicek

外部链接

ArrayExpress 原始页 NCBI GEO：SRP064464, GSE73727

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Single-cell transcriptomics reveals unique features of human pancreatic islet cell subtypes

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