SOX5 (SRY-box transcription factor 5)

symbol:
SOX5
locus group:
protein-coding gene
location:
12p12.1
gene_family:
SRY (sex determining region Y)-boxes
alias symbol:
L-SOX5|MGC35153
alias name:
None
entrez id:
6660
ensembl gene id:
ENSG00000134532
ucsc gene id:
uc058lyf.1
refseq accession:
NM_006940
hgnc_id:
HGNC:11201
approved reserved:
1997-07-07
12p12.1
基因染色体位置图

SOX5属于SOX基因家族(SRY-related HMG-box),该家族成员均含有保守的HMG结构域(高迁移率族蛋白盒),能够结合DNA并调控基因表达。SOX5编码的蛋白质是一种转录因子,在胚胎发育、神经分化、软骨形成及精子发生等过程中发挥关键作用。其生物学功能包括参与神经嵴细胞迁移、大脑皮层神经元分层、少突胶质细胞成熟,以及软骨细胞分化和骨骼发育。主要作用位点包括中枢神经系统、睾丸和软骨组织。SOX5通过调控下游靶基因(如COL2A1、ACAN等软骨相关基因)的表达影响细胞命运决定。突变可能导致神经发育异常(如智力障碍、自闭症谱系障碍)、骨骼畸形(如短指症)或生殖功能障碍。与疾病的关系包括关联于Lamb-Shaffer综合征(神经发育疾病)、Robinow综合征(骨骼发育异常)及某些癌症(如胶质瘤、前列腺癌)。过表达SOX5可能抑制神经元分化或促进肿瘤细胞侵袭,而表达降低可能导致软骨发育不全或髓鞘形成缺陷。SOX基因家族的共性是依赖HMG结构域识别特定DNA序列(如AACAAT motif),通过调控发育相关基因参与细胞类型特化。术语解释:HMG结构域(High Mobility Group box)是介导DNA结合的蛋白模块;神经嵴细胞(neural crest)是胚胎中具有多向分化潜能的迁移细胞群;少突胶质细胞(oligodendrocyte)负责中枢神经系统的髓鞘形成。若存在术语差异,如"高迁移率族蛋白盒"(HMG-box)可能被简称为"HMG结构域"。

This gene encodes a member of the SOX (SRY-related HMG-box) family of transcription factors involved in the regulation of embryonic development and in the determination of the cell fate. The encoded protein may act as a transcriptional regulator after forming a protein complex with other proteins. The encoded protein may play a role in chondrogenesis. A pseudogene of this gene is located on chromosome 8. Multiple transcript variants encoding distinct isoforms have been identified for this gene. [provided by RefSeq, Jul 2008]

该基因编码的萨班斯法案的成员(SRY相关HMG盒)家族参与胚胎发育的调节,并在细胞命运的决心转录因子。所编码的蛋白质也可以在形成与其他蛋白质的蛋白复合物后充当转录调节。所编码的蛋白质可在软骨中发挥作用。该基因的假基因位于染色体编码不同的亚型已经确定该基因8的多个抄本变形。 [由RefSeq的,2008年7月提供]

SOX5基因的碱基序列:[NCBI]
Loading Gene Browser...
SOX5基因的碱基突变:           仅显示部分snp
rs1002953       rs1006792       rs1006793       rs1123697       rs1357251       rs1464500       rs1464501       rs1464502       rs1568561       rs2686333       rs2686334       rs2728834       rs2728835       rs2728836       rs2728837       rs2728840       rs2728841      

SOX5基因在不同组织中的表达:    [UniProt]

基因在不同组织中的表达图
正向引物序列
正向Tm值
反向引物序列
反向Tm值
评分
ATTCTGATGGAAGTGCTGG
58
ATTGGACGCTTTATGTGGG
58
ATTCTGATGGAAGTGCTGG
58
ATTGGACGCTTTATGTGGG
58
GAGTTTGAAAGCTCTTCATGAG
58
TGGAAGTAGAAGCTTCTTGAC
58
TTGTCTAGTACAGCCCTGG
58
GTTAATGAGAGCCTTCCGG
58
ATAGCTACAGATTGCAAGACAG
58
AATCATTAATGGCGGCAGC
59
TTTGAAAGGATGTCTTCCAAGC
59
TTCTGTCTGCTTGTCACCA
59
ACAAGCAGACAGAAAGTGG
58
ATTGCCATCAACTTCATGCA
59
CAATACAATGGAAGTTGATGGC
58
TTCTTCTGCCTTCTGAGGT
58
ATTCTGATGGAAGTGCTGG
58
ATTGGACGCTTTATGTGGG
58
GCTGCAAGACAGTTATATGCT
59
TAGGAGATACAGCAGCACC
59
转录因子
影响基因
影响类型
参考文献链接(PubMed)
SOX5
SPAG6
Unknown

SOX5基因(以及对应的蛋白质)的细胞分布位置:

[UniProt]     [GenomeNet]

" d="M482.414,245.296c3.539,4.293,4.455,10.009,0.202,11 c-4.244,0.996-4.983-10.983-8.293-8.438c-5.271,4.08,9.834,12.271,5.144,17.287c-3.717,3.607-6.172-5.75-10.839-1.976 c-4.673,3.776,6.781,7.299,2.831,11.326c-4.354,4.045-6.979-1.449-9.837-5.517c-1.193-1.742-2.059-3.851-3.595-2.748 c-1.516,1.078-1.854,1.795-0.938,3.666c2.374,4.854,9.235,10.119,5.156,12.535c-5.636,3.346-5.044-8.871-9.426-7.574 c-4.388,1.291,2.557,10.66-1.245,11.141c-4.089,0.545-3.483-10.239-6.979-8.575c-2.522,1.206-0.929,3.071-0.938,4.899 c0.004,1.32-0.964,3.6-2.372,4.062c-3.593,1.171-8.544-1.065-10.251-3.59c-6.04-8.93,0.396-15.997,4.639-7.015 c3.023,4.642,5.182,0.834,2.839-2.219c-1.032-1.354-4.309-5.901-0.781-7.252c2.904-1.113,4.271,1.941,5.985,4.592 c2.61,4.016,5.485,0.117,3.031-3.414c-1.828-2.633-2.74-3.803,3.156-7.42c6.405-4.369,6.52,3.869,10.077,0.646 c2.309-1.832-4.783-5.149,0.06-8.995c2.896-2.293,5.18,6.207,7.961,3.516c3.523-2.737-7.717-7.369,0.117-11.736 C473.413,240.77,480.519,242.891,482.414,245.296z"/> Extracellular space Cytosol Plasma membrane Cytoskeleton Lysosome Endosome Peroxisome ER Golgi Apparatus Nucleus Mitochondrion 0 1 2 3 4 5 Confidence
  • 质膜
  • 细胞质
  • 细胞外
  • 高尔基体
  • 囊泡
  • 细胞骨架
  • 内质网
  • 细胞核
  • 内体
  • 溶酶体
  • 线粒体

SOX5基因的本体(GO)信息:

GO库代码
对应的蛋白质
来源代码
GO:0003677
P35711 (UniProtKB)
IEA
GO:0003700
P35711 (UniProtKB)
TAS
GO:0005515
P35711 (UniProtKB)
IPI
GO:0005515
P35711 (UniProtKB)
IPI
GO:0005515
P35711 (UniProtKB)
IPI
GO:0005515
P35711 (UniProtKB)
IPI
GO:0005515
P35711 (UniProtKB)
IPI
GO:0005515
P35711 (UniProtKB)
IPI
GO:0005515
P35711 (UniProtKB)
IPI
GO:0005515
P35711 (UniProtKB)
IPI
GO:0005515
P35711 (UniProtKB)
IPI
GO:0005515
P35711 (UniProtKB)
IPI
GO:0005515
P35711 (UniProtKB)
IPI
GO:0005515
P35711 (UniProtKB)
IPI
GO:0005515
P35711 (UniProtKB)
IPI
GO:0005515
P35711 (UniProtKB)
IPI
GO:0005515
P35711 (UniProtKB)
IPI
GO:0005515
P35711 (UniProtKB)
IPI
GO:0005634
P35711 (UniProtKB)
IEA
GO:0006355
P35711 (UniProtKB)
IEA
GO:0006366
P35711 (UniProtKB)
TAS
GO:0032332
P35711 (UniProtKB)
IDA
GO:0055059
P35711 (UniProtKB)
IGI
GO:0061036
P35711 (UniProtKB)
IDA
GO:0071560
P35711 (UniProtKB)
IDA
GO:2000741
P35711 (UniProtKB)
IDA

可能调控 SOX5基因的相关microRNA:     

MINT

BioGrid

IntAct

mentha

基因与其他基因之间的相互作用关系图
序号 作用方式 资源库来源/分值 基因名称 基因名称
疾病名称 关系值 NofPmids NofSnps 来源
疾病名称 关系值 NofPmids NofSnps 来源
Systemic Scleroderma 0.122638474 1 1 BeFree_GAD_GWASCAT
Child Development Disorders, Pervasive 0.12 1 0 CTD_human
Atrial Fibrillation 0.12 1 0 CTD_human
Non-obstructive azoospermia 0.12 1 1 GWASCAT
Tobacco Use Disorder 0.004734064 2 0 GAD
Glioma 0.00272435 1 0 LHGDN
Seminoma 0.00272435 1 0 LHGDN
Lymphoma, Follicular 0.00272435 1 0 LHGDN
Acquired Immunodeficiency Syndrome 0.002367032 1 1 GAD
Azoospermia 0.002367032 1 1 GAD

联系方式

山东省济南市章丘区文博路2号 齐鲁师范学院 genelibs生信实验室

山东省济南市高新区舜华路750号大学科技园北区F座4单元2楼

电话: 0531-88819269

E-mail: product@genelibs.com

微信公众号

关注微信订阅号,实时查看信息,关注医学生物学动态。