PDE6B (phosphodiesterase 6B)

symbol:
PDE6B
locus group:
protein-coding gene
location:
4p16.3
gene_family:
Phosphodiesterases
alias symbol:
CSNB3|rd1|RP40|CSNBAD2
alias name:
congenital stationary night blindn…
entrez id:
5158
ensembl gene id:
ENSG00000133256
ucsc gene id:
uc003gap.4
refseq accession:
NM_000283
hgnc_id:
HGNC:8786
approved reserved:
1991-01-15
4p16.3
基因染色体位置图

PDE6B(磷酸二酯酶6B)是磷酸二酯酶6(PDE6)基因家族的一员,主要参与视觉信号传导。PDE6家族是环核苷酸磷酸二酯酶超家族的一部分,其成员特异性水解cGMP(环磷酸鸟苷),在光感受器细胞(如视杆和视锥细胞)中发挥关键作用。PDE6B编码视杆细胞中的β亚基,与α和γ亚基共同构成PDE6异源三聚体,负责在光刺激下分解cGMP,从而关闭光感受器细胞膜上的离子通道,产生视觉信号。PDE6B突变会导致其功能异常,影响cGMP的降解,进而干扰视觉信号的正常传递。这类突变与常染色体隐性遗传的视网膜色素变性(RP)密切相关,这是一种进行性视网膜退行性疾病,表现为夜盲、视野缩小和最终视力丧失。PDE6B功能丧失性突变会导致cGMP在细胞内积累,引发光感受器细胞凋亡。PDE6B过表达可能干扰正常的视觉信号传导,导致光感受器功能紊乱;而表达降低则可能减少cGMP的水解效率,同样损害视觉功能。PDE6基因家族的共性在于它们都含有催化结构域,能够特异性水解cGMP或cAMP(环磷酸腺苷),并在光转导或其它信号通路中扮演重要角色。PDE6亚家族(包括PDE6A、PDE6B、PDE6C等)主要在视网膜中表达,对视觉功能至关重要。研究PDE6B不仅有助于理解视网膜疾病的机制,还可能为开发相关治疗策略提供靶点。

Photon absorption triggers a signaling cascade in rod photoreceptors that activates cGMP phosphodiesterase (PDE), resulting in the rapid hydrolysis of cGMP, closure of cGMP-gated cation channels, and hyperpolarization of the cell. PDE is a peripheral membrane heterotrimeric enzyme made up of alpha, beta, and gamma subunits. This gene encodes the beta subunit. Mutations in this gene result in retinitis pigmentosa and autosomal dominant congenital stationary night blindness. Multiple transcript variants encoding different isoforms have been found for this gene. [provided by RefSeq, Feb 2009]

光子吸收触发杆光感受器激活cGMP磷酸一个信号级联(PDE),产生的cGMP,cGMP的门控阳离子通道的关闭,并且细胞的超极化的快速水解。 PDE是由α,β和γ亚基的外周膜异酶。该基因编码的β亚基。突变这个基因导致色素性视网膜炎和常染色体显性遗传先天性静止性夜盲。已发现该基因编码不同亚型的多个抄本变形。 [由RefSeq的,2009年2月提供]

PDE6B基因的碱基序列:[NCBI]
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PDE6B基因的碱基突变:           仅显示部分snp
rs1135375       rs3864130       rs3864131       rs9992641       rs10024023       rs10027549       rs10902758       rs28478159       rs28483058       rs28514424       rs28535694       rs28569875       rs28630797       rs28742266       rs28742899       rs34524643       rs35436502      

PDE6B基因在不同组织中的表达:    [UniProt]

基因在不同组织中的表达图
正向引物序列
正向Tm值
反向引物序列
反向Tm值
评分
GCTGATGAGTATGAGGCCA
59
CTGTGCCTACTTTCTTGGC
59
GCTGATGAGTATGAGGCCA
59
ATTTCTGTGCCTTTCTTGGC
60
TTAACCACAGTACACAGGGT
59
CTCCTCAAACACCTTGTTGG
59
AGTCCAAGAACTACCAGGAC
59
ATCATCATGGCCATGACGA
59
GCTGATGAGTATGAGGCCA
59
CTGTGCCTACTTTCTTGGC
59
GACATGACCAAGGAGAAGGA
59
GTAGAAGACAATTTCCCGGC
59
AGGTGTTTGAGGAGCTGAC
60
TCCTTCTCCTTGGTCATGTC
59
GTTTCCACGAAGAGATCCTG
58
TCTGTGCCTATCATCAGCC
59
TTAACCACAGTACACAGGGT
59
CTCCTCAAACACCTTGTTGG
59
GATCAAGGTCATTCCCACAC
59
CATTCTTGATGAGCCACCC
59
转录因子
影响基因
影响类型
参考文献链接(PubMed)
NRL
PDE6B
Unknown
SP1
PDE6B
Unknown
SP4
PDE6B
Unknown

PDE6B基因(以及对应的蛋白质)的细胞分布位置:

[UniProt]     [GenomeNet]

" d="M482.414,245.296c3.539,4.293,4.455,10.009,0.202,11 c-4.244,0.996-4.983-10.983-8.293-8.438c-5.271,4.08,9.834,12.271,5.144,17.287c-3.717,3.607-6.172-5.75-10.839-1.976 c-4.673,3.776,6.781,7.299,2.831,11.326c-4.354,4.045-6.979-1.449-9.837-5.517c-1.193-1.742-2.059-3.851-3.595-2.748 c-1.516,1.078-1.854,1.795-0.938,3.666c2.374,4.854,9.235,10.119,5.156,12.535c-5.636,3.346-5.044-8.871-9.426-7.574 c-4.388,1.291,2.557,10.66-1.245,11.141c-4.089,0.545-3.483-10.239-6.979-8.575c-2.522,1.206-0.929,3.071-0.938,4.899 c0.004,1.32-0.964,3.6-2.372,4.062c-3.593,1.171-8.544-1.065-10.251-3.59c-6.04-8.93,0.396-15.997,4.639-7.015 c3.023,4.642,5.182,0.834,2.839-2.219c-1.032-1.354-4.309-5.901-0.781-7.252c2.904-1.113,4.271,1.941,5.985,4.592 c2.61,4.016,5.485,0.117,3.031-3.414c-1.828-2.633-2.74-3.803,3.156-7.42c6.405-4.369,6.52,3.869,10.077,0.646 c2.309-1.832-4.783-5.149,0.06-8.995c2.896-2.293,5.18,6.207,7.961,3.516c3.523-2.737-7.717-7.369,0.117-11.736 C473.413,240.77,480.519,242.891,482.414,245.296z"/> Extracellular space Cytosol Plasma membrane Cytoskeleton Lysosome Endosome Peroxisome ER Golgi Apparatus Nucleus Mitochondrion 0 1 2 3 4 5 Confidence
  • 质膜
  • 细胞质
  • 细胞外
  • 高尔基体
  • 囊泡
  • 细胞骨架
  • 内质网
  • 细胞核
  • 内体
  • 溶酶体
  • 线粒体

PDE6B基因的本体(GO)信息:

GO库代码
对应的蛋白质
来源代码
GO:0004114
H7C4F7 (UniProtKB)
IEA
GO:0007165
H7C4F7 (UniProtKB)
IEA
GO:0004114
H7C4P9 (UniProtKB)
IEA
GO:0007165
H7C4P9 (UniProtKB)
IEA
GO:0016021
H7C4P9 (UniProtKB)
IEA
GO:0005886
P35913 (UniProtKB)
TAS
GO:0007223
P35913 (UniProtKB)
TAS
GO:0007601
P35913 (UniProtKB)
IEA
GO:0007603
P35913 (UniProtKB)
TAS
GO:0016056
P35913 (UniProtKB)
TAS
GO:0022400
P35913 (UniProtKB)
TAS
GO:0046037
P35913 (UniProtKB)
IMP
GO:0046872
P35913 (UniProtKB)
IEA
GO:0047555
P35913 (UniProtKB)
IMP
GO:0051480
P35913 (UniProtKB)
IMP
GO:0060041
P35913 (UniProtKB)
IEA
GO:0097381
P35913 (UniProtKB)
TAS
GO:0097381
P35913 (UniProtKB)
TAS

可能调控 PDE6B基因的相关microRNA:     

Reactome

BioGrid

mentha

String

基因与其他基因之间的相互作用关系图
序号 作用方式 资源库来源/分值 基因名称 基因名称
疾病名称 关系值 NofPmids NofSnps 来源
疾病名称 关系值 NofPmids NofSnps 来源
Retinitis Pigmentosa 0.451096779 11 6 BeFree_CLINVAR_CTD_human_GAD_MGD_ORPHANET
NIGHT BLINDNESS, CONGENITAL STATIONARY, AUTOSOMAL DOMINANT 2 0.44 1 1 CLINVAR_CTD_human_MGD_UNIPROT
RETINITIS PIGMENTOSA 40 (disorder) 0.32 7 10 CLINVAR_MGD_UNIPROT
Night blindness, congenital stationary 0.240542884 3 1 BeFree_CTD_human_ORPHANET
Retinal Degeneration 0.120814326 7 0 BeFree_CTD_human
Retinal Diseases 0.004734064 2 0 GAD
Night Blindness 0.002638474 2 0 BeFree_GAD
Autosomal recessive retinitis pigmentosa 0.002171535 8 0 BeFree
Photoreceptor degeneration 0.000542884 2 1 BeFree
Generalized progressive retinal atrophy 0.000542884 2 0 BeFree

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