您热爱生物信息学并且准备立足于生物界吗？您对于软件繁杂的使用方法和众多参数不知如何取舍吗？您有数据分析的需求却苦于不知从何着手吗？您面对众多的生物信息学分析软件却不知该如何选择应用吗？

　　……基因云馆帮你翻开生命科学事业新篇章。这里有一流的生物信息专家、个性魅力的教师团队、浓厚的科研氛围、宝贵的学习机会

GENELIBS生物信息学三天速通培训

第一天：Linux系统基础与生物信息学数据处理方法

上午：Linux核心指令集与数据预处理技术（3学时）

1. Linux基础操作实践（2学时）

文件处理技术：基于grep的序列筛选策略、sed正则表达式文本替换方法、awk字段提取范式

管道操作应用：从FASTQ格式文件中高效提取Phred质量值分布等质控指标

权限管理机制：通过chmod +x实现生物信息学脚本的可执行权限配置

2. 高通量测序数据质量评估（1学时）

应用FastQC进行质控分析，系统识别低质量碱基分布及接头污染区域

基于MultiQC的多样本质控数据整合方法，建立科学的数据过滤标准体系

下午：Linux高级功能与流程自动化（2学时）

批量化数据处理技术：

Shell脚本开发：实现多样本FASTQ文件的自动化重命名与合并处理

典型应用案例：集成Trimmomatic的序列修剪流程与管道输出标准化操作

科研数据存储管理方案：

建立分级存储架构：原始数据、质控报告、中间文件的分类存储规范

基于rsync工具实现服务器与本地数据的实时同步机制

第二天：R语言与生物信息统计分析

上午：R语言基础与数据操作（2学时）

1. R环境与数据结构（1学时）  

R/RStudio开发环境部署，掌握tidyverse程序包（dplyr、tidyr）的数据清洗方法 

数据框操作技术：基因表达矩阵的转置处理、缺失值插补等生物信息学数据处理  

2. 可视化方法实践（1学时）  

ggplot2绘制火山图、热图（基于模拟的差异表达数据）  

案例：系统解析TCGA数据库中基因表达谱数据，筛选与肿瘤发生、演进及预后相关的潜在生物标志物。通过TCGAplot实现泛癌表达谱可视化及基因表达与启动子甲基化相关性分析 

下午：R包与生物信息分析（2学时）

1. 核心R包应用（1.5学时）  

DESeq2、edgeR、RNAseq差异表达分析（模拟数据实操）  

clusterProfiler实现GO/KEGG通路富集分析  

案例：从原始计数矩阵导入至差异表达基因筛选，最终输出MA散点图与通路相互作用网络图  

2. 研究报告自动化生成（0.5学时）  

基于R Markdown实现分析流程的代码整合、可视化输出与结论阐述，动态生成PDF/HTML格式的可重复性研究文档

第三天：文献复现与基因云馆（Genelibs）平台实战

上午：文献复现方法论与案例实操（3学时）

空间多组学整合​（2学时）

空间转录组+蛋白质组：Harmony校正批次效应，空间网络构建

案例：阿尔茨海默病脑区星形胶质细胞与斑块的空间共定位

机器学习应用​（1学时）

细胞类型预测：SingleR基于参考图谱自动注释

空间区域分类：randomForest预测肿瘤边界（案例：胶质瘤微环境分区）

下午：基因云馆（Genelibs）平台教学（3学时）

1. 平台注册与功能概览（1学时）  

用户可轻松完成账号注册，并享受权限管理功能，平台还支持公共数据库的一键检索服务  

核心模块介绍：GEO数据检索、差异分析、通路富集、基因互作网络  

2. 全流程分析实战（2学时）  

案例：癌症基因组数据复现  

步骤1：检索GSE75037数据集，本地化处理表达矩阵，使用平台内置工具完成差异基因筛选。  

步骤2：基因互作网络构建、GO/KEGG富集分析，导出气泡图与通路网络图、免疫评分、lncRNA分析、代谢通路、生存分析、单因素多因素分析实战  

步骤3：单细胞-空间联合分析，Seurat映射空间坐标到单细胞聚类，UMAP发育轨迹可视化。

通过对比相关文献，验证复现结果的准确性，并优化参数设置，最终生成符合发表要求的图表  

课程特色与资源支持

1. 文献复现方法论：  

提供《生信文献高效复现模板》，内含完备代码框架及数据预处理详细清单  

融合AI利器DeepSeek，助力公式推导与代码调试过程  

2. Genelibs平台深度教学：  

演示平台自动化流程（从数据输入到报告生成）

自定义R脚本嵌入、多数据集整合分析

3. 案例库与持续学习：  

赠送10大经典生信复现案例，全面覆盖肿瘤、代谢、免疫等前沿领域  

赠送Genelibs平台VIP账号（12个月）  

免费后期指导，学会为止  

适用人群：  

需要快速发表论文的科研人员  

实验室技术人员（需独立完成数据分析）  

专向生物信息的研究者（无编程基础）  

本课程助力学员精通文献复现至独立分析的全链路技能，Genelibs平台VIP权限，实现科研数据分析“零代码”突破

 

电话报名：18611862419 刘老师

邮件报名：project@genelibs.com

热忱欢迎各位有识之士报名参加。

该培训每两个月滚动举办一次，小班授课，学费3000元，早鸟学生优惠，名额20人，报满即止。


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