GeneLib软件基本上都会将基因表达数据转换成为基因表达集（eSet）文件，这个文件来源于R语言的表达谱集合数据。数据中有些包含很多基因表达之外的信息，如实验分组、实验名称、实验平台、时间、临床数据、采样情况等等。
总的来说，基因表达数据是非常复杂的。通常在我们平台本地化应用的表达集，是由以下几部分构成：
表达数据即基因的表达谱，这个表达谱可以是芯片中基因表达值密度值，也可以是测序中的拷贝数。一般数据都是进行过预处理后，得到的相对表达量，这个值更利于后续基因差异等分析的计算。同时注意的是，这个值一般都不能包含缺失值。 同时，表达值变化过小（所有样本都是同一个值），极大值、极小值等等，一般都会在预处理中去掉，因此，合适的基因表达谱中是不含有这些数据的。
元数据（meta-data,phenoData）记录着样本的变化数据，以及样本各种相关的信息
特征数据（featureData）记录着实验所用的平台数据，以及平台参数等，如Affy、illum