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GEO数据库检索

项目名称

GEO数据库检索

项目等级

5

项目类型

数据库

开始时间

2008-12-11 11:00:14

项目简介

NCBI的基因表达汇编(GEO)计划。GEO的目的是建立一个基因表达数据仓库和在线资源,主要目的为存储和检索模式动物或人类的基因图谱(基因表达数据)。

模块购买

新模块开发后的18个月为收费期,在此期间,您若是需要进行模块分析,请联系当地经销商,如果您无法找到当地经销商,请联系总部,获取经销商联系方式。

同时,如果您是一个开发者,也可以联系我们进行模块开发,我们将提供广阔的平台,给予一定的报酬。

项目详情

为了支持公共使用和分享基因表达数据,NCBI开始了基因表达汇编(GEO)计划。

GEO是努力建立一个基因表达数据仓库和在线资源,用于从任何物种或人造的来源检索基因表达数据。

此模块可以将GEO上的数据文件本地化,将其转化为平台所用的格式,使其可以在平台上进一步的处理,同时,也将记录相关的平台信息,注释信息等文件,对应下步的内容处理。

来自microarray、二代测序、高密度寡核苷酸array(HAD)、杂交膜(filter)和SAGE的许多类型的基因表达数据都可以被接受,登记,和存档,作为一个公共数据集合。

用户可以方便的在GEO搜索框中检索关于疾病的各种数据。即直接在搜索框中输入疾病的英文名称,就可以获得所有与这个疾病相关的基因表达数据。

点击进入GEO数据库

数据仓库简介

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GEO结果分为几个重要的部分

标题:数据集的名称,类似于文章的标题

综述:简要介绍数据集的内容,如实验方法,步骤,结果,结论等。

平台:高通量实验使用的平台,一般是平台的商品代码。

引用:如果此数据集已经发表,那么这里显示的就是数据集的文献。

平台号:一般以GSE加数字表示,是平台数据集的唯一识别号,这个号也可以用于数据集在基因云馆平台本地化。

 

平台模块的使用方法

在GEO平台中找到我们需要的数据后(例如,某些疾病数据,细胞系数据等等),您就可以记录下该数据的平台号,并在云馆平台中进行本地化了。

所谓本地化,就是将GEO里的数据,变成平台可以识读的格式。

点击上面的进入系统运行模块按钮,登入平台操作,如果您还没有注册,您需要先进行免费注册

登入后显示

1465310776071023660.png

在框中输入平台号,点击运行即可。结果如下所示:

1465311039008078945.png

结果即可进行进一步的预处理、分析等操作了。


 

 

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联系方式

山东省济南市 高新区 崇华路359号 三庆世纪财富中心C1115室

电话: 0531-88819269

E-mail: product@genelibs.com

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